PDB-3oj6: Crystal structure of Blasticidin S Deaminase from Coccidioides Immitis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oj6

タイトル

Crystal structure of Blasticidin S Deaminase from Coccidioides Immitis

要素

Blasticidin-S deaminase

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / Blasticidin S deaminase / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

blasticidin-S deaminase / blasticidin-S deaminase activity / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

COCCIDIOIDES IMMITIS (菌類)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Blasticidin S Deaminase from Coccidioides Immitis
著者: SSGCID / Abendroth, J. / Gardberg, A.S. / Staker, B.

履歴

登録	2010年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oj6.cif.gz	221.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oj6.ent.gz	176.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oj6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3oj6_validation.pdf.gz	464.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3oj6_full_validation.pdf.gz	465.8 KB	表示
XML形式データ	3oj6_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	3oj6_validation.cif.gz	36.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/3oj6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/3oj6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wn5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ldl-d 4ar9-2 2wwx-d 5tl4-2 4l0f-d 6t0f-3 6anv-1 6csd-2 5o74-5 4o6y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: CoimA.00173.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Blasticidin-S deaminase

B: Blasticidin-S deaminase

C: Blasticidin-S deaminase

D: Blasticidin-S deaminase

ヘテロ分子

66.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.480, 56.280, 90.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.09, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Blasticidin-S deaminase 分子量: 16519.791 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) COCCIDIOIDES IMMITIS (菌類) / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0CI02*PLUS, blasticidin-S deaminase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: EBS JCSG+ SCREEN A9: 200MM AMMOINUM CHLORIDE, 20% PEG 3350; COIMA.00173.A.A1 PS00476 AT 69MG/ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K, pH 7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月11日 / 詳細: RIGAKU VariMax HF
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 51288 / Num. obs: 50904 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.8 % / B_iso Wilson estimate: 22.35 Å² / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 31.96
反射シェル	解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.289 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3779 / % possible all: 90.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1wn5

1wn5

解像度: 1.7→46.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 3.703 / SU ML: 0.057 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.189	2587	5.1 %	RANDOM
R_work	0.151	-	-	-
obs	0.153	50841	99.2 %	-
all	-	51288	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6 Å²	0 Å²	0.24 Å²
2-	-	0.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3798	0	25	415	4238

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	3980
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2572
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.428	1.968	5449
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.948	3	6341
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.1	5	559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.247	24.113	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.489	15	588
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.062	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	651
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	4560
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	753
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.794	1.5	2674
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.243	1.5	1101
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.293	2	4289
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.057	3	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.296	4.5	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	155	-
R_work	0.238	3259	-
obs	-	-	90.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7804	-0.2175	-0.0085	0.3546	0.0723	0.5703	0.0355	-0.066	0.1057	-0.006	-0.0273	0.0172	-0.0444	-0.0156	-0.0082	0.0109	-0.0037	0.0105	0.0155	-0.0262	0.06	24.109	15.845	61.523
2	0.5442	-0.2514	-0.0734	0.4292	0.1314	0.8693	-0.0333	-0.1817	0.0281	0.0354	0.0181	0.0312	0.0394	-0.0491	0.0152	0.0224	-0.0107	0.0044	0.1146	-0.0203	0.0084	26.135	3.929	82.365
3	0.517	-0.2199	-0.0645	0.634	-0.1623	0.5446	-0.0282	-0.0995	-0.0745	0.0281	0.027	0.0302	0.0922	0.046	0.0012	0.0486	0.0044	0.0057	0.0348	0.0218	0.0184	38.861	-11.718	72.205
4	0.6098	0.0045	-0.318	0.7076	0.0844	0.4261	0.0134	-0.0085	-0.0011	-0.0481	-0.0196	-0.0221	0.0371	-0.0117	0.0062	0.0182	0.0031	-0.0049	0.009	-0.0089	0.0409	40.802	3.536	53.169

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-10 - 9999
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-10 - 9999

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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