PDB-3oj5: Mycobacterium tuberculosis ferritin homolog, BfrB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oj5

タイトル

Mycobacterium tuberculosis ferritin homolog, BfrB

要素

Ferritin family protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ferroxidase / cytosol

機能・相同性

機能・相同性情報

ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.845 Å

データ登録者

McMath, L.M. / Goulding, C.W.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Mycobacterium tuberculosis ferritin homolog, BfrB
著者: McMath, L.M. / Goulding, C.W.

履歴

登録	2010年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oj5.cif.gz	735.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oj5.ent.gz	616.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oj5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/3oj5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/3oj5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3unoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2jd8-1 1krq-2 3qd8-d 2jd6-2 1z4a-2 2jd6-1 6ls3-1 3kx9-d 2jd7-2 4reu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (6) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin family protein

B: Ferritin family protein

C: Ferritin family protein

D: Ferritin family protein

E: Ferritin family protein

F: Ferritin family protein

G: Ferritin family protein

H: Ferritin family protein

I: Ferritin family protein

J: Ferritin family protein

K: Ferritin family protein

L: Ferritin family protein

M: Ferritin family protein

N: Ferritin family protein

O: Ferritin family protein

P: Ferritin family protein

Q: Ferritin family protein

R: Ferritin family protein

S: Ferritin family protein

T: Ferritin family protein

U: Ferritin family protein

V: Ferritin family protein

W: Ferritin family protein

X: Ferritin family protein

514 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	231.768, 231.997, 114.324
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.67, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	O-195- HOH
2	1	S-207- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

#1: タンパク質	... Ferritin family protein 分子量: 21436.947 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC 25177 / H37Ra / 遺伝子: bfrB, MRA_3881, Rv3841 / プラスミド: pET28b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: A5U9H0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.68 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 14% (w/v) PEG 3350, 5% (w/v) Tacsimate, 100 mM glycine, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月21日詳細: vertically collimating premirror, LN2 cooled double-crystal silicon (111) monoc hromator, toroidal focusing M2 mirror
放射	モノクロメーター: Liquid Nitrogen cooled Dual Crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.845→49.899 Å / Num. obs: 139618 / % possible obs: 98.94 % / 冗長度: 4.7 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.2_432)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.845→49.899 Å / SU ML: 0.81 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2395	6983	5.02 %
R_work	0.2075	-	-
obs	0.2091	139070	98.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 18.086 Å² / k_sol: 0.386 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.5115 Å²	-0 Å²	1.4216 Å²
2-	-	-9.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	14.8815 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.845→49.899 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30624	0	0	330	30954

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	31176
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.198	42168
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.197	11544
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	4680
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	5664

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.112
1	3	C	1268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.11
1	4	D	1268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.143
1	5	E	1268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.144
1	6	F	1268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.138
1	7	G	1268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.104
1	8	H	1268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.111
1	9	I	1268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.09
1	10	J	1268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.114
1	11	K	1268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.149
1	12	L	1268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.116
1	13	M	1268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.123
1	14	N	1268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.113
1	15	O	1268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.094
1	16	P	1268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.114
1	17	Q	1268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.121
1	18	R	1268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.12
1	19	S	1268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.09
1	20	T	1268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.115
1	21	U	1268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.11
1	22	V	1268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.115
1	23	W	1268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.109
1	24	X	1268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.113

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.845-2.8775	0.3565	182	0.3099	3485	X-RAY DIFFRACTION	78
2.8775-2.9114	0.345	229	0.3034	4434	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9114-2.9469	0.3256	253	0.2763	4400	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9469-2.9842	0.311	226	0.2471	4400	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9842-3.0234	0.2805	216	0.238	4417	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0234-3.0648	0.2987	233	0.2339	4412	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0648-3.1086	0.2698	212	0.2201	4465	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1086-3.155	0.2914	234	0.2313	4433	X-RAY DIFFRACTION	100
3.155-3.2043	0.2721	222	0.2246	4400	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2043-3.2568	0.2695	225	0.2103	4468	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2568-3.313	0.272	266	0.214	4367	X-RAY DIFFRACTION	100
3.313-3.3732	0.2632	213	0.2217	4446	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3732-3.4381	0.2709	239	0.2192	4402	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4381-3.5082	0.2425	234	0.2129	4446	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5082-3.5845	0.2033	230	0.1936	4425	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5845-3.6678	0.2473	254	0.2074	4425	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6678-3.7595	0.2542	240	0.2042	4406	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7595-3.8611	0.2536	244	0.2073	4430	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8611-3.9747	0.2301	214	0.2049	4455	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9747-4.1029	0.198	263	0.167	4437	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1029-4.2495	0.1651	234	0.1536	4426	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2495-4.4196	0.1769	231	0.1547	4459	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4196-4.6206	0.191	232	0.1677	4425	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6206-4.864	0.223	244	0.1917	4456	X-RAY DIFFRACTION	100
4.864-5.1684	0.1965	241	0.1688	4459	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1684-5.567	0.2395	238	0.2148	4436	X-RAY DIFFRACTION	100
5.567-6.1263	0.2889	221	0.2511	4480	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1263-7.0108	0.2326	251	0.2169	4459	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0108-8.8248	0.194	225	0.1835	4503	X-RAY DIFFRACTION	100
8.8248-49.9066	0.2302	237	0.2391	4431	X-RAY DIFFRACTION	98

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関連情報:EMDBヘッダ

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