PDB-3uno: Mycobacterium tuberculosis ferritin homolog, BfrB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uno

タイトル

Mycobacterium tuberculosis ferritin homolog, BfrB

要素

Probable bacterioferritin BfrB

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ferritin / ferroxidase activity / iron storage / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC

機能・相同性

機能・相同性情報

Mtb iron assimilation by chelation / response to nitrosative stress / encapsulin nanocompartment / iron ion sequestering activity / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / peptidoglycan-based cell wall / ferric iron binding / ferrous iron binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.503 Å

データ登録者

McMath, L.M. / Contreras, H. / Goulding, C.W. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Mycobacterium tuberculosis ferritin homolog, BfrB
著者: McMath, L.M. / Contreras, H. / Goulding, C.W.

履歴

登録	2011年11月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uno.cif.gz	820.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uno.ent.gz	687.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uno.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3uno_validation.pdf.gz	607.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3uno_full_validation.pdf.gz	645.2 KB	表示
XML形式データ	3uno_validation.xml.gz	154.7 KB	表示
CIF形式データ	3uno_validation.cif.gz	219.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/3uno ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/3uno	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3oj5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3kx9-d 2fkz-1 30103 3fvb-1 2jd6-2 4iwk-1 3r2h-1 3r2s-1 9890 6a4u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: TB-Rv3841

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (8) #193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable bacterioferritin BfrB

B: Probable bacterioferritin BfrB

C: Probable bacterioferritin BfrB

D: Probable bacterioferritin BfrB

E: Probable bacterioferritin BfrB

F: Probable bacterioferritin BfrB

G: Probable bacterioferritin BfrB

H: Probable bacterioferritin BfrB

I: Probable bacterioferritin BfrB

J: Probable bacterioferritin BfrB

K: Probable bacterioferritin BfrB

L: Probable bacterioferritin BfrB

M: Probable bacterioferritin BfrB

N: Probable bacterioferritin BfrB

O: Probable bacterioferritin BfrB

P: Probable bacterioferritin BfrB

Q: Probable bacterioferritin BfrB

R: Probable bacterioferritin BfrB

S: Probable bacterioferritin BfrB

T: Probable bacterioferritin BfrB

U: Probable bacterioferritin BfrB

V: Probable bacterioferritin BfrB

W: Probable bacterioferritin BfrB

X: Probable bacterioferritin BfrB

514 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	226.234, 226.750, 113.678
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.75, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	O-229- HOH
2	1	O-237- HOH
3	1	S-211- HOH
4	1	S-266- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

#1: タンパク質	... Probable bacterioferritin BfrB / Non-heme ferritin Ftn / Nox19 分子量: 21436.947 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: bfrB, ftn, MT3949 / プラスミド: pET28b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P96237, UniProt: P9WNE5*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

...
Probable bacterioferritin BfrB / Non-heme ferritin Ftn / Nox19

分子量: 21436.947 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: bfrB, ftn, MT3949 / プラスミド: pET28b+ / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P96237, UniProt: P9WNE5*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 2143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.44 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 11.9%(w/v) PEG MME 5000, 100 mM Tris maleate, 0.54%(w/v) 1,6-hexanediol, 0.44%(w/v) lauryldimethylamine oxide, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月1日
放射	モノクロメーター: liquid nitrogen cooled dual crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 19297 / % possible obs: 99.9 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.503→49.352 Å / SU ML: 0.75 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2471	19306	9.95 %	10%
R_work	0.2058	-	-	-
obs	0.21	19297	99.13 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.679 Å² / k_sol: 0.356 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.4309 Å²	0 Å²	1.3371 Å²
2-	-	-0.6259 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.0568 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.503→49.352 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32424	0	0	2143	34567

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	32948
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.249	44529
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.861	12125
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	4905
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	6007

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1340	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1340	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.105
1	3	C	1340	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.12
1	4	D	1340	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.108
1	5	E	1340	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.087
1	6	F	1340	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.111
1	7	G	1333	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.117
1	8	H	1336	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.078
1	9	I	1340	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.122
1	10	J	1340	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.135
1	11	K	1340	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.082
1	12	L	1340	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.116
1	13	M	1340	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.113
1	14	N	1340	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.082
1	15	O	1338	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.127
1	16	P	1340	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.118
1	17	Q	1329	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.115
1	18	R	1340	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.105
1	19	S	1332	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.079
1	20	T	1340	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.101
1	21	U	1340	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.122
1	22	V	1340	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.12
1	23	W	1340	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.112
1	24	X	1340	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.07

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.503-2.5315	0.3028	468	0.2449	4837	X-RAY DIFFRACTION	82
2.5315-2.5613	0.3149	669	0.2431	5840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5613-2.5925	0.2919	666	0.2303	5862	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5925-2.6253	0.2665	615	0.2207	5885	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6253-2.6599	0.276	608	0.1977	5863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6599-2.6963	0.2647	622	0.2099	5895	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6963-2.7348	0.2649	637	0.2042	5824	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7348-2.7756	0.2431	686	0.2052	5854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7756-2.819	0.2759	653	0.2051	5831	X-RAY DIFFRACTION	100
2.819-2.8652	0.2596	662	0.2132	5844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8652-2.9146	0.2714	665	0.2081	5902	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9146-2.9676	0.2535	628	0.2008	5826	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9676-3.0247	0.2419	625	0.2048	5880	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0247-3.0864	0.2524	671	0.2012	5832	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0864-3.1535	0.2605	613	0.2188	5902	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1535-3.2269	0.253	659	0.1929	5813	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2269-3.3075	0.2413	673	0.1974	5822	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3075-3.397	0.2344	677	0.1964	5819	X-RAY DIFFRACTION	100
3.397-3.4969	0.2552	629	0.2074	5870	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4969-3.6097	0.2378	701	0.1923	5843	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6097-3.7387	0.2434	656	0.1985	5868	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7387-3.8883	0.2558	663	0.2033	5868	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8883-4.0652	0.221	656	0.1949	5831	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0652-4.2794	0.221	660	0.1842	5851	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2794-4.5474	0.2065	662	0.1816	5845	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5474-4.8982	0.224	623	0.1909	5886	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8982-5.3906	0.2345	624	0.2072	5920	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3906-6.1693	0.2972	640	0.2482	5892	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1693-7.7678	0.2603	649	0.2392	5860	X-RAY DIFFRACTION	99
7.7678-49.3617	0.2201	646	0.2136	5770	X-RAY DIFFRACTION	97

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)