PDB-3oiy: Helicase domain of reverse gyrase from Thermotoga maritima

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oiy

タイトル

Helicase domain of reverse gyrase from Thermotoga maritima

要素

reverse gyrase helicase domain

キーワード

ISOMERASE / TOPOISOMERASE / DNA SUPERCOILING / ARCHAEA / HELICASE

機能・相同性

P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / PYROPHOSPHATE 2-

機能・相同性情報

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Rudolph, M.G. / Klostermeier, D.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: The latch modulates nucleotide and DNA binding to the helicase-like domain of Thermotoga maritima reverse gyrase and is required for positive DNA supercoiling.
著者: Ganguly, A. / Del Toro Duany, Y. / Rudolph, M.G. / Klostermeier, D.

履歴

登録	2010年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oiy.cif.gz	345.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oiy.ent.gz	283.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oiy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/3oiy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/3oiy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gkuS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5uav-3 5uav-4 5uav-2 6r2h-d 1c81-1 4txa-d 3b8z-d 3hyg-d 3tri-d 2iln-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#116 - 2009年8月
硫酸転移酵素 (Sulfotransferases)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: reverse gyrase helicase domain

B: reverse gyrase helicase domain

ヘテロ分子

96.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: reverse gyrase helicase domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: reverse gyrase helicase domain

登録者が定義した集合体
48.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.646, 126.514, 132.707
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	reverse gyrase helicase domain 分子量: 48161.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2- 分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₇P₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.68 %
結晶化	詳細: 0.2 M Magnesium formiate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→132.71 Å / Num. obs: 42547 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.099 / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 2.35→2.44 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.659 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / R_sym value: 0.659 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
XDS	(VERSION May 10	データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1GKU

1gku

解像度: 2.35→44.358 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2511	1955	5.07 %
R_work	0.2084	-	-
obs	0.2105	38558	90.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.82 Å² / k_sol: 0.296 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2688 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.9468 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.2156 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→44.358 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6633	0	10	99	6742

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	6772
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.564	9093
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.218	2582
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.113	994
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1143

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.4088	0.4151	127	0.3937	2083	X-RAY DIFFRACTION	74
2.4088-2.4739	0.3947	114	0.3573	2232	X-RAY DIFFRACTION	78
2.4739-2.5467	0.4489	123	0.3428	2308	X-RAY DIFFRACTION	81
2.5467-2.6289	0.4178	135	0.332	2407	X-RAY DIFFRACTION	84
2.6289-2.7229	0.3864	127	0.319	2379	X-RAY DIFFRACTION	83
2.7229-2.8319	0.3275	141	0.2909	2514	X-RAY DIFFRACTION	88
2.8319-2.9607	0.3329	130	0.2678	2662	X-RAY DIFFRACTION	93
2.9607-3.1168	0.3132	155	0.2438	2764	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1168-3.312	0.3201	156	0.2385	2812	X-RAY DIFFRACTION	97
3.312-3.5676	0.2493	153	0.2168	2815	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5676-3.9265	0.2416	147	0.2119	2750	X-RAY DIFFRACTION	95
3.9265-4.4942	0.1903	145	0.1586	2900	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4942-5.6603	0.1963	140	0.1474	2950	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6603-44.3664	0.1844	162	0.1742	3027	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1062	-0.6498	-0.8101	1.5227	0.0713	0.5631	0.0518	0.281	0.0003	0.0375	-0.0887	-0.0449	-0.0325	-0.282	0.0339	0.158	0.034	0.0098	0.2774	-0.0328	0.1165	-11.7928	18.9934	49.2548
2	1.0435	-0.1829	-0.7929	1.5696	0.4482	6.3034	-0.0156	-0.1384	0.008	0.2107	-0.0335	-0.0955	0.1447	0.4076	0.04	0.2482	0.0388	0.0174	0.3848	-0.0634	0.1044	17.994	6.1835	22.4115
3	2.0292	-0.3605	0.0609	2.0043	0.364	3.0373	0.1448	-0.265	0.3698	0.0397	0.1066	0.32	-0.5437	0.1421	-0.2226	0.4212	-0.1364	0.1916	0.2568	-0.2047	0.3682	-2.8209	-21.5283	29.5013
4	2.1687	-0.5952	0.5174	1.5858	-0.6318	0.8778	0.1206	-0.0574	-0.0503	-0.2175	-0.0773	0.0058	0.2526	0.2073	-0.0394	0.1996	0.0512	0.0326	0.2774	0.0086	0.0313	18.6463	-2.8023	58.6046

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 58:282)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 283:534)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN B AND (RESID 59:281)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESID 284:534)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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