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- PDB-3oit: Crystal structure of curcuminoid synthase CUS from Oryza sativa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oit
タイトルCrystal structure of curcuminoid synthase CUS from Oryza sativa
要素Os07g0271500 protein
キーワードTRANSFERASE / type III polyketide synthases
機能・相同性
機能・相同性情報


bisdemethoxycurcumin synthase / bisdemethoxycurcumin synthase activity / flavonoid biosynthetic process / polyketide biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bisdemethoxycurcumin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Miyazono, K. / Um, J. / Imai, F.L. / Katsuyama, Y. / Ohnishi, Y. / Horinouchi, S. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of curcuminoid synthase CUS from Oryza sativa
著者: Miyazono, K. / Um, J. / Imai, F.L. / Katsuyama, Y. / Ohnishi, Y. / Horinouchi, S. / Tanokura, M.
履歴
登録2010年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月26日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Os07g0271500 protein
B: Os07g0271500 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,6112
ポリマ－83,6112
非ポリマー00
水7,891438
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area25710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.780, 68.510, 211.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Os07g0271500 protein / CUS / curcuminoid synthase / chalcone synthase


分子量: 41805.637 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 17-400 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) / 株: subsp. japonica / 遺伝子: OJ1001_C01.122, OSJNBb0002J01.6, Os07g0271500 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8LIL0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CDNA WITH ACCESSION NUMBER AK109558 WAS USED FOR THE PRODUCTION OF PROTEIN CUS. AND AUTHOR STATED ...CDNA WITH ACCESSION NUMBER AK109558 WAS USED FOR THE PRODUCTION OF PROTEIN CUS. AND AUTHOR STATED RESIDUE 46 SHOULD BE ILE IN THE SEQUENCE OF AK109558.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM Tris-HCl, 20% PEG 4000, 200mM NaCl, 6% 1,6-hexanediol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 57647 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 38.965 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 22.48
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2-2.050.2870.485.140967419941990.507100
2.05-2.110.2120.3836.539963409940980.404100
2.11-2.170.2060.3327.339002400240010.35100
2.17-2.240.1850.2848.438140391939140.399.9
2.24-2.310.1810.259.336562377137560.26499.6
2.31-2.390.1460.20610.935208363036230.21799.8
2.39-2.480.130.17612.234286353735250.18599.7
2.48-2.580.10.13714.632632338633740.14599.6
2.58-2.70.0850.12315.831413326232510.1399.7
2.7-2.830.070.10517.230005313631270.11199.7
2.83-2.980.0590.08818.728807301830080.09399.7
2.98-3.160.0410.0722.726494279227860.07499.8
3.16-3.380.0270.05427.725346269626960.057100
3.38-3.650.0210.04632.322861249324930.049100
3.65-40.0190.04333.920577227622720.04699.8
4-4.470.0150.0526133701213021300.054100
4.47-5.160.0140.04771.928732185818570.04999.9
5.16-6.320.0150.04964.624705160016000.051100
6.32-8.940.0110.03887.617852127012700.04100
8.94-200.0080.026125.168327516670.02788.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMACrefmac_5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BI5

1bi5


解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 8.808 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2253 2921 5.1 %RANDOM
Rwork0.1952 ---
obs0.1968 54728 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.16 Å2 / Biso mean: 36.755 Å2 / Biso min: 16.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.64 Å20 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3----2.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5598 0 0 438 6036
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225703
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2311.9687737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.865734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.02323.11254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.8915917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9071555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2882
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214359
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5241.53663
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.01425841
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.72732040
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8614.51896
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 240 -
Rwork0.288 3958 -
all-4198 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.57090.08460.01820.89780.34921.40660.0303-0.0997-0.06490.1058-0.051-0.0670.13820.02390.02070.02380.0023-0.0140.05940.01380.0544-4.59248.4587-14.989
20.5739-0.0872-0.07590.8486-0.03611.03730.02290.06450.0133-0.2282-0.03970.1168-0.0505-0.13510.01680.0670.0235-0.03720.0379-0.01680.0266-13.84417.0347-42.0415
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A17 - 399
2X-RAY DIFFRACTION2B20 - 398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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