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- PDB-3oho: catalytic domain of stromelysin-1 in complex with N-Hydroxy-2-(4-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oho
タイトルcatalytic domain of stromelysin-1 in complex with N-Hydroxy-2-(4-methylphenylsulfonamido)acetamide
要素Stromelysin-1
キーワードHYDROLASE / Matrixmetalloproteinase
機能・相同性
機能・相同性情報


stromelysin 1 / cellular response to UV-A / regulation of neuroinflammatory response / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Activation of Matrix Metalloproteinases / response to amyloid-beta / Collagen degradation / collagen catabolic process / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / extracellular matrix disassembly ...stromelysin 1 / cellular response to UV-A / regulation of neuroinflammatory response / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Activation of Matrix Metalloproteinases / response to amyloid-beta / Collagen degradation / collagen catabolic process / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / EGFR Transactivation by Gastrin / extracellular matrix / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular response to nitric oxide / regulation of cell migration / cellular response to reactive oxygen species / cellular response to amino acid stimulus / positive regulation of protein-containing complex assembly / protein catabolic process / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / peptidase activity / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / endopeptidase activity / Extra-nuclear estrogen signaling / innate immune response / serine-type endopeptidase activity / mitochondrion / proteolysis / extracellular space / extracellular region / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Putative peptidoglycan binding domain ...Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Z79 / Stromelysin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kowatz, T. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Non-Resonance Raman Difference Spectroscopy as a Tool to Probe Enthalpy-Entropy Compensation and the Interfacial Mobility Model
著者: Kowatz, T. / Naismith, J.H.
履歴
登録2010年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stromelysin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6108
ポリマ－19,0021
非ポリマー6077
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Stromelysin-1
ヘテロ分子

A: Stromelysin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,21916
ポリマ－38,0042
非ポリマー1,21514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area2230 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area15100 Å2
手法PISA
3
A: Stromelysin-1
ヘテロ分子

A: Stromelysin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,21916
ポリマ－38,0042
非ポリマー1,21514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area15450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.482, 121.044, 46.872
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-267-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Stromelysin-1 / SL-1 / Matrix metalloproteinase-3 / MMP-3 / Transin-1


分子量: 19002.119 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN (UNP Residues 100-268) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMP3, STMY1 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 (DE3)Gold / 参照: UniProt: P08254, stromelysin 1

-
非ポリマー , 5種, 22分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-Z79 / N-hydroxy-N~2~-[(4-methoxyphenyl)sulfonyl]glycinamide


分子量: 260.267 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12N2O5S
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M (NH4)2SO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 6.5, 26% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25.6 Å / Num. obs: 5809 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 26.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0079精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1b8y

1b8y


解像度: 2.5→25.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 24.34 / SU ML: 0.266 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.328 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26448 276 4.7 %RANDOM
Rwork0.25466 ---
obs0.25512 5540 99.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 94.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.73 Å2-0 Å20 Å2
2---2.12 Å20 Å2
3----1.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→25.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1271 0 27 15 1313
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221356
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7821.9571818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7573.0022144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2055156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.02423.48566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.44115190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.519157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.2187
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211488
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02292
LS精密化 シェル解像度: 2.498→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 22 -
Rwork0.262 354 -
obs--90.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.38520.5243-0.36929.92821.19243.28680.2031-0.1739-0.06491.5716-0.1389-1.07640.37010.3706-0.06420.4342-0.0174-0.14540.4050.09960.41878.683-15.2661.108
22.5982-0.4037-0.37076.33681.76595.78490.0167-0.1208-0.1690.5718-0.0015-0.6980.36480.2936-0.01520.28870.0037-0.03470.36970.040.36278.738-14.999-4.487
31.9609-3.297-2.52869.8252-0.20518.5845-0.1541-0.26050.71850.93370.1131-2.5348-0.03510.84220.0410.51240.0947-0.39470.53920.03161.193218.895-14.326-2.253
423.21062.1765-6.46697.4055-4.48673.9054-0.5568-1.69773.37871.0469-0.6418-3.5383-0.37960.86961.19862.33150.8299-1.92581.2547-0.58833.953223.424-17.384.52
50.32730.4248-0.06260.5613-0.09720.20670.03050.03890.24960.0450.01490.3967-0.16730.1356-0.04540.620.23840.18430.4081-0.01270.91568.17-19.563-17.109
60.11-0.1740.09470.3143-0.18650.1473-0.02160.00010.08560.0764-0.0611-0.17710.04530.1140.08270.5020.0497-0.0690.37850.01540.24953.223-9.072.317
70.15740.09610.04320.07880.05520.0613-0.00840.0120.1869-0.052700.0691-0.06340.00580.00840.3071-0.04990.08760.36630.02060.395813.443-11.305-16.684
80.0268-0.02420.00290.0230.00040.0089-0.00110.0030.0571-0.0068-0.0065-0.0475-0.0271-0.00790.00760.336-0.0234-0.02920.34250.0560.38696.808-7.637-8.573
90.06080.06680.01440.1988-0.00030.0418-0.0004-0.04070.0436-0.04460.02570.154-0.00990.1033-0.02520.315-0.0294-0.0590.53170.13790.860818.298-9.999-4.926
100.58110.2247-6.111946.62177.614466.47860.1314-0.0848-0.1071-0.2245-1.0807-0.6974-1.54330.76890.94930.0469-0.0618-0.0060.24030.02770.243918.2906-11.9922-8.2683
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A83 - 116
2X-RAY DIFFRACTION2A117 - 192
3X-RAY DIFFRACTION3A193 - 220
4X-RAY DIFFRACTION4A221 - 249
5X-RAY DIFFRACTION5A1
6X-RAY DIFFRACTION6A2
7X-RAY DIFFRACTION7A3
8X-RAY DIFFRACTION8A4
9X-RAY DIFFRACTION9A5
10X-RAY DIFFRACTION10A252

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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