PDB-3oh4: Protein structure of USP from L. major bound to URIDINE-5'-DIPHOS...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oh4

タイトル

Protein structure of USP from L. major bound to URIDINE-5'-DIPHOSPHATE Glucose

要素

UDP-sugar pyrophosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / left handed beta helix / Rossmann Fold / UDP sugar pyrophosphorylase

機能・相同性

機能・相同性情報

UTP-monosaccharide-1-phosphate uridylyltransferase / uridylyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Dickmanns, A. / Damerow, S. / Neumann, P. / Schulz, E.-C. / Lamerz, A. / Routier, F.H. / Ficner, R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for the broad substrate range of the UDP-sugar pyrophosphorylase from Leishmania major.
著者: Dickmanns, A. / Damerow, S. / Neumann, P. / Schulz, E.C. / Lamerz, A.C. / Routier, F.H. / Ficner, R.

履歴

登録	2010年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oh4.cif.gz	252.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oh4.ent.gz	202.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oh4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/3oh4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/3oh4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ogzSC 3oh0C 3oh1C 3oh2C 3oh3C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3oh0-d 2bia-d 2bi5-d 4azk-d 2c0r-d 3hdo-d 2bi1-d 1w3u-1 2bi2-d 1yjz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (4) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-sugar pyrophosphorylase

ヘテロ分子

71.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.814, 121.665, 61.393
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.730, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-712- HOH
2	1	A-728- HOH
3	1	A-758- HOH

#1: タンパク質	UDP-sugar pyrophosphorylase 分子量: 70539.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 株: 5ASKH / 遺伝子: USP / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: D3G6S4, UTP-monosaccharide-1-phosphate uridylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス分子量: 566.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₁₇P₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.23 %

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9814 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9814 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.21→50 Å / Num. all: 37828 / Num. obs: 37828 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 42.17 Å² / R_merge(I) obs: 0.051 / R_sym value: 0.052 / Χ²: 1.007 / Net I/σ(I): 15.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.21-2.3	4	0.502	3707	1.022	98.4
2.3-2.39	4.3	0.437	3787	1.029	99.8
2.39-2.5	4.4	0.307	3769	1.017	100
2.5-2.63	4.5	0.224	3807	1.005	100
2.63-2.8	4.5	0.154	3784	1.002	100
2.8-3.01	4.5	0.094	3779	0.992	100
3.01-3.32	4.5	0.059	3784	0.997	100
3.32-3.8	4.5	0.039	3790	1	100
3.8-4.78	4.5	0.028	3827	0.996	100
4.78-50	4.4	0.025	3794	1.011	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.6.1_357	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3OGZ

3ogz

解像度: 2.21→32.891 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / SU ML: 0.31 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2124	1839	4.87 %	RANDOM
R_work	0.1784	-	-	-
obs	0.18	37766	99.14 %	-
all	-	37766	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 55.673 Å² / k_sol: 0.345 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 216.23 Å² / B_iso mean: 61.0035 Å² / B_iso min: 24.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.7861 Å²	-0 Å²	-6.9762 Å²
2-	-	-7.585 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.2011 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.32 Å	0.31 Å
Luzzati d res low	-	8 Å
Luzzati sigma a	0.33 Å	0.33 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.21→32.891 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4547	0	42	219	4808

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4751
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.881	6466
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	737
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	841
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.354	1798

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.21-2.2697	0.3288	145	0.2654	2575	2720	93
2.2697-2.3365	0.2816	137	0.2208	2735	2872	99
2.3365-2.4119	0.2391	143	0.2082	2736	2879	99
2.4119-2.498	0.2718	143	0.1949	2797	2940	100
2.498-2.598	0.2701	157	0.2024	2742	2899	100
2.598-2.7162	0.2385	146	0.2038	2800	2946	100
2.7162-2.8593	0.2437	139	0.1971	2753	2892	100
2.8593-3.0383	0.2319	129	0.1964	2800	2929	100
3.0383-3.2727	0.2465	132	0.1877	2803	2935	100
3.2727-3.6017	0.202	125	0.1788	2814	2939	100
3.6017-4.122	0.1902	152	0.1544	2787	2939	100
4.122-5.1901	0.1513	143	0.1338	2796	2939	100
5.1901-32.8947	0.1822	148	0.1595	2789	2937	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4375	0.2909	-1.0358	0.6454	0.1958	1.4576	0.0302	0.0054	0.2316	0.2993	0.0731	0.1079	0.7325	-0.3819	-0.0612	0.5937	-0.2934	0.0255	0.6611	-0.0403	0.5712	7.3331	29.6847	48.4325
2	2.7537	2.1166	0.8518	2.0776	0.9441	0.4574	0.1766	-0.191	0.492	-0.3983	-0.2566	-0.5612	-0.7526	0.5977	-0.016	0.8245	-0.4864	0.0307	0.7863	0.0161	0.8795	30.5334	13.4811	24.6998
3	1.2651	-0.1559	0.4783	1.7419	0.1916	2.8533	0.1317	-0.0833	0.0155	0.0714	-0.1511	-0.1658	-0.0805	0.084	0.0189	0.2882	-0.0785	0.0093	0.3282	0.0548	0.2648	9.4513	-6.744	24.8297
4	0.0824	-0.0599	-0.0763	0.283	0.3046	0.3288	0.0828	0.0853	0.147	-0.4647	0.0133	0.2145	-0.1485	-0.0332	-0.0927	0.8705	-0.1852	-0.106	0.5116	0.0251	0.5776	14.3901	25.6558	30.2406
5	1.2031	-0.1013	0.4557	0.1377	-0.242	0.7717	0.0343	0.0141	0.1959	-0.3045	-0.1672	0.2543	0.3943	-0.2524	0.0885	0.5808	-0.2313	-0.1315	0.5266	-0.0986	0.557	5.2214	25.6749	38.0894

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 1:76)	A	1 - 76
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 77:85 or resid 300:356)	A	77 - 85
3	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 77:85 or resid 300:356)	A	300 - 356
4	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resid 86:195 or resid 224:299 or resid 357:378 or resid 406:615)	A	86 - 195
5	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resid 86:195 or resid 224:299 or resid 357:378 or resid 406:615)	A	224 - 299
6	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resid 86:195 or resid 224:299 or resid 357:378 or resid 406:615)	A	357 - 378
7	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resid 86:195 or resid 224:299 or resid 357:378 or resid 406:615)	A	406 - 615
8	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and (resid 379:405)	A	379 - 405
9	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and (resid 196:223)	A	196 - 223

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