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- PDB-3ogm: Structure of COI1-ASK1 in complex with coronatine and the JAZ1 degron -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ogm
タイトルStructure of COI1-ASK1 in complex with coronatine and the JAZ1 degron
要素
  • Coronatine-insensitive protein 1
  • JAZ1 degron peptide
  • SKP1-like protein 1A
キーワードPROTEIN BINDING / Leucine Rich Repeats / Ubiquitin ligase / SCF
機能・相同性
機能・相同性情報


jasmonic acid and ethylene-dependent systemic resistance / regulation of cellular response to alkaline pH / shade avoidance / negative regulation of defense response / regulation of jasmonic acid mediated signaling pathway / regulation of defense response / anther dehiscence / extracellular ATP signaling / response to insect / regulation of flower development ...jasmonic acid and ethylene-dependent systemic resistance / regulation of cellular response to alkaline pH / shade avoidance / negative regulation of defense response / regulation of jasmonic acid mediated signaling pathway / regulation of defense response / anther dehiscence / extracellular ATP signaling / response to insect / regulation of flower development / phragmoplast / jasmonic acid mediated signaling pathway / stamen development / ethylene-activated signaling pathway / stomatal movement / response to far red light / flower development / root development / pollen development / response to jasmonic acid / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / negative regulation of DNA recombination / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / defense response to fungus / chromosome segregation / defense response / response to wounding / microtubule cytoskeleton organization / spindle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / defense response to bacterium / mitochondrion / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tify domain / CO/COL/TOC1, conserved site / TIFY/JAZ family / tify domain / Jas motif / Tify domain profile. / TIFY / Transport inhibitor response 1 domain / COI1, F-box / F-box ...Tify domain / CO/COL/TOC1, conserved site / TIFY/JAZ family / tify domain / Jas motif / Tify domain profile. / TIFY / Transport inhibitor response 1 domain / COI1, F-box / F-box / Transport inhibitor response 1 protein domain / Monooxygenase - #50 / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / Monooxygenase / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Alpha-Beta Horseshoe / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OGK / PHOSPHATE ION / Coronatine-insensitive protein 1 / SKP1-like protein 1A / Protein TIFY / Protein TIFY 10A
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Sheard, L.B. / Tan, X. / Mao, H. / Withers, J. / Ben-Nissan, G. / Hinds, T.R. / Hsu, F. / Sharon, M. / Browse, J. / He, S.Y. ...Sheard, L.B. / Tan, X. / Mao, H. / Withers, J. / Ben-Nissan, G. / Hinds, T.R. / Hsu, F. / Sharon, M. / Browse, J. / He, S.Y. / Rizo, J. / Howe, G.A. / Zheng, N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Jasmonate perception by inositol-phosphate-potentiated COI1-JAZ co-receptor.
著者: Sheard, L.B. / Tan, X. / Mao, H. / Withers, J. / Ben-Nissan, G. / Hinds, T.R. / Kobayashi, Y. / Hsu, F.F. / Sharon, M. / Browse, J. / He, S.Y. / Rizo, J. / Howe, G.A. / Zheng, N.
履歴
登録2010年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SKP1-like protein 1A
B: Coronatine-insensitive protein 1
Q: JAZ1 degron peptide
C: SKP1-like protein 1A
D: Coronatine-insensitive protein 1
R: JAZ1 degron peptide
E: SKP1-like protein 1A
F: Coronatine-insensitive protein 1
S: JAZ1 degron peptide
G: SKP1-like protein 1A
H: Coronatine-insensitive protein 1
I: SKP1-like protein 1A
J: Coronatine-insensitive protein 1
U: JAZ1 degron peptide
K: SKP1-like protein 1A
L: Coronatine-insensitive protein 1
V: JAZ1 degron peptide
M: SKP1-like protein 1A
N: Coronatine-insensitive protein 1
W: JAZ1 degron peptide
O: SKP1-like protein 1A
P: Coronatine-insensitive protein 1
X: JAZ1 degron peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)708,81463
ポリマ－703,20423
非ポリマー5,61040
水00
1
A: SKP1-like protein 1A
B: Coronatine-insensitive protein 1
Q: JAZ1 degron peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9278
ポリマ－88,2253
非ポリマー7015
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7110 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area30920 Å2
手法PISA
2
C: SKP1-like protein 1A
D: Coronatine-insensitive protein 1
R: JAZ1 degron peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9278
ポリマ－88,2253
非ポリマー7015
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7140 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area30940 Å2
手法PISA
3
E: SKP1-like protein 1A
F: Coronatine-insensitive protein 1
S: JAZ1 degron peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9278
ポリマ－88,2253
非ポリマー7015
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7110 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area30930 Å2
手法PISA
4
O: SKP1-like protein 1A
P: Coronatine-insensitive protein 1
X: JAZ1 degron peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9278
ポリマ－88,2253
非ポリマー7015
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7160 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area30920 Å2
手法PISA
5
I: SKP1-like protein 1A
J: Coronatine-insensitive protein 1
U: JAZ1 degron peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9278
ポリマ－88,2253
非ポリマー7015
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7130 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area30880 Å2
手法PISA
6
K: SKP1-like protein 1A
L: Coronatine-insensitive protein 1
V: JAZ1 degron peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9278
ポリマ－88,2253
非ポリマー7015
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7150 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area30910 Å2
手法PISA
7
M: SKP1-like protein 1A
N: Coronatine-insensitive protein 1
W: JAZ1 degron peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9278
ポリマ－88,2253
非ポリマー7015
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7240 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area30870 Å2
手法PISA
8
G: SKP1-like protein 1A
H: Coronatine-insensitive protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3287
ポリマ－85,6262
非ポリマー7015
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area31020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.170, 220.758, 149.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81
12
22
32
42
52
62
72
13
23
33
43
53
63
73

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and resid 5:113
211chain C and resid 5:113
311chain E and resid 5:113
411chain G and resid 5:113
511chain I and resid 5:113
611chain K and resid 5:113
711chain M and resid 5:113
811chain O and resid 5:113
112chain B or (chain A and resid 114:160)
212chain D or (chain C and resid 114:160)
312chain F or (chain E and resid 114:160)
412chain J or (chain I and resid 114:160)
512chain L or (chain K and resid 114:160)
612chain N or (chain M and resid 114:160)
712chain P or (chain O and resid 114:160)
113chain Q
213chain R
313chain S
413chain U
513chain V
613chain W
713chain X

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
SKP1-like protein 1A / SKP1-like 1 / UFO-binding protein 1


分子量: 17876.043 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SKP1A, ASK1, SKP1, UIP1, At1g75950, T4O12.17
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q39255
#2: タンパク質
Coronatine-insensitive protein 1 / F-box/LRR-repeat protein 2 / AtFBL2 / AtCOI1 / COI-1


分子量: 67750.234 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: COI1, FBL2, At2g39940, T28M21.10
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O04197
#3: タンパク質・ペプチド
JAZ1 degron peptide


分子量: 2599.090 Da / 分子数: 7 / Fragment: UNP RESIDUES 134-154 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q3ED96, UniProt: Q9LMA8*PLUS
#4: 化合物
ChemComp-OGK / (1S,2S)-2-ethyl-1-({[(3aS,4S,6R,7aS)-6-ethyl-1-oxooctahydro-1H-inden-4-yl]carbonyl}amino)cyclopropanecarboxylic acid / Coronatine


分子量: 321.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H27NO4 / コメント: 毒素*YM
#5: 化合物...
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.07 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.7M ammonium phosphate, 100mM BTP, 100mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月26日
放射モノクロメーター: Si III channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.34→50 Å / Num. all: 95997 / Num. obs: 95997 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3.34→3.41 Å / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 3.34→49.942 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 26.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2698 1876 1.95 %
Rwork0.2258 --
obs0.2266 95997 85.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.08 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.8519 Å20 Å2-1.2141 Å2
2---6.8062 Å2-0 Å2
3----8.0457 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.34→49.942 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数46533 0 344 0 46877
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0147860
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27464671
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.35718279
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0847235
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058307
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A767X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C767X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.046
13E767X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
14G767X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
15I767X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.042
16K767X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.042
17M767X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.044
18O767X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
21B4986X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D4986X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.054
23F4986X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.055
24J4986X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.052
25L4986X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
26N4986X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.066
27P4986X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.054
31Q157X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32R157X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.044
33S157X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.038
34U157X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.038
35V157X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.04
36W157X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.046
37X157X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.037
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.34-3.430.3341160.29615833X-RAY DIFFRACTION70
3.43-3.53090.33371400.28866782X-RAY DIFFRACTION81
3.5309-3.64490.29681330.28376951X-RAY DIFFRACTION83
3.6449-3.77510.33361500.26947145X-RAY DIFFRACTION85
3.7751-3.92620.32521420.25767250X-RAY DIFFRACTION86
3.9262-4.10480.2841450.23437388X-RAY DIFFRACTION87
4.1048-4.32110.27081460.21337394X-RAY DIFFRACTION88
4.3211-4.59170.22821500.19497562X-RAY DIFFRACTION90
4.5917-4.94590.25481510.18847568X-RAY DIFFRACTION90
4.9459-5.44310.24261510.18847559X-RAY DIFFRACTION90
5.4431-6.22940.23261500.18967575X-RAY DIFFRACTION90
6.2294-7.84350.23681530.18087610X-RAY DIFFRACTION90
7.8435-49.94780.18541490.16857504X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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