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- PDB-3ogj: Crystal structure of partial apo (92-227) of cGMP-dependent prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ogj
タイトルCrystal structure of partial apo (92-227) of cGMP-dependent protein kinase
要素PRKG1 protein
キーワードTRANSFERASE / serine/threonine kinase / TF2I and IRAG
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of glutamate secretion / negative regulation of inositol phosphate biosynthetic process / cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase activity / cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of testosterone biosynthetic process / collateral sprouting / negative regulation of platelet aggregation / positive regulation of circadian rhythm / relaxation of vascular associated smooth muscle ...negative regulation of glutamate secretion / negative regulation of inositol phosphate biosynthetic process / cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase activity / cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of testosterone biosynthetic process / collateral sprouting / negative regulation of platelet aggregation / positive regulation of circadian rhythm / relaxation of vascular associated smooth muscle / Rap1 signalling / regulation of GTPase activity / cGMP-mediated signaling / mitogen-activated protein kinase p38 binding / spermatid development / cGMP effects / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / dendrite development / cGMP binding / forebrain development / calcium channel regulator activity / cerebellum development / acrosomal vesicle / sarcolemma / neuron migration / actin cytoskeleton organization / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / Ca2+ pathway / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / Golgi apparatus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
cGMP-dependent protein kinase, N-terminal coiled-coil domain / Coiled-coil N-terminus of cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent kinase / cGMP-dependent protein kinase, catalytic domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. ...cGMP-dependent protein kinase, N-terminal coiled-coil domain / Coiled-coil N-terminus of cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent kinase / cGMP-dependent protein kinase, catalytic domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / Jelly Rolls / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Jelly Rolls / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / cGMP-dependent protein kinase 1 / cGMP-dependent protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.751 Å
データ登録者Kim, J.J. / Huang, G. / Kwon, T.K. / Zwart, P. / Headd, J. / Kim, C.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Co-Crystal Structures of PKG Ibeta (92-227) with cGMP and cAMP Reveal the Molecular Details of Cyclic-Nucleotide Binding
著者: Kim, J.J. / Casteel, D.E. / Huang, G. / Kwon, T.H. / Ren, R.K. / Zwart, P. / Headd, J.J. / Brown, N.G. / Chow, D.C. / Palzkill, T. / Kim, C.
履歴
登録2010年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PRKG1 protein
B: PRKG1 protein
C: PRKG1 protein
D: PRKG1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2778
ポリマ－62,4294
非ポリマー8484
水905
1
A: PRKG1 protein
ヘテロ分子

D: PRKG1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6394
ポリマ－31,2142
非ポリマー4242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z+1/41
Buried area2400 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area12650 Å2
手法PISA
2
B: PRKG1 protein
ヘテロ分子

C: PRKG1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6394
ポリマ－31,2142
非ポリマー4242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_564-y,x+1,z-1/41
Buried area2420 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area12600 Å2
手法PISA
3
A: PRKG1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9362
ポリマ－15,6071
非ポリマー3291
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
B: PRKG1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9362
ポリマ－15,6071
非ポリマー3291
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
C: PRKG1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7022
ポリマ－15,6071
非ポリマー951
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
D: PRKG1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7022
ポリマ－15,6071
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.588, 62.588, 199.522
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質
PRKG1 protein


分子量: 15607.178 Da / 分子数: 4 / 断片: Cyclic nucleotie binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pQTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q6P5T7, UniProt: Q13976*PLUS, cGMP-dependent protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.7 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.1
詳細: 1.4 M sodium/potassium phosphate, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, temperature 295.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月8日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→45 Å / Num. all: 19782 / Num. obs: 19584 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 31.17

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
BALBES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.751→44.256 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 0.12 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2514 915 5.11 %RANDOM
Rwork0.1796 ---
all0.1834 19782 --
obs0.1834 17902 90.14 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.048 Å2 / ksol: 0.308 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.9808 Å20 Å2-0 Å2
2--14.9808 Å20 Å2
3----29.9616 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.751→44.256 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3983 0 54 5 4042
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054104
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9425550
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2891538
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056648
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004685
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7506-2.89560.35521040.28291938X-RAY DIFFRACTION73
2.8956-3.0770.38581120.26182213X-RAY DIFFRACTION82
3.077-3.31450.32891210.24982419X-RAY DIFFRACTION89
3.3145-3.64790.32261360.21492536X-RAY DIFFRACTION94
3.6479-4.17540.24881340.16552592X-RAY DIFFRACTION96
4.1754-5.25920.2131550.13942635X-RAY DIFFRACTION98
5.2592-44.26210.2081530.15332654X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7321.0033-0.67272.6011-0.3117-0.0952-0.33850.2376-0.1526-0.38480.34130.06040.19710.86020.080.45330.0868-0.02840.69670.00150.42784.542718.335112.4963
22.57262.10591.67783.756-1.01954.62951.1441-0.82130.2526-0.1346-0.8434-2.1031-1.1028-0.06730.17260.3905-0.05670.14481.2072-0.01010.957917.418924.833818.1069
30.9152-1.47260.50653.7336-0.79547.4792-0.2440.8401-0.2490.6024-1.39960.16471.39253.52771.00210.51870.1760.0371.61210.03630.522517.217916.647820.8682
43.8975-2.14652.58985.6742-1.00652.84661.3046-0.7615-0.2661-1.6422-0.81710.52770.4203-0.3097-0.19680.53390.1163-0.14560.82520.1770.70615.310318.973116.0029
52.72341.0134-0.02411.52770.2173.3076-0.5935-0.1248-0.1027-0.1580.5423-0.0147-0.4480.26510.20290.6302-0.114-0.06590.8618-0.13270.6322-0.308838.060520.6628
62.1384-2.01050.23583.7865-1.65531.22170.4163-0.69610.56981.11291.03620.1236-1.0759-0.6596-0.63151.04290.2578-0.09071.464-0.32220.70222.481133.158534.1893
71.92882.1706-2.16612.6387-3.59416.12110.9113-0.07771.89020.32521.41351.6654-0.7048-0.5899-0.92510.75350.09850.10130.70250.11560.93085.613829.20820.4274
85.5546-0.503-0.29094.8796-0.92149.2919-2.4246-0.12512.10040.7892-0.2541-2.5298-0.2577-1.211.57540.9281-0.1185-0.24250.6424-0.17261.38979.601440.401623.7554
93.70122.7046-0.27435.8338-4.60065.04731.673-2.05563.63792.26710.03142.3932-1.39981.0192-1.23910.61580.1301-0.22171.0854-0.67981.368912.036841.723933.4766
103.2974-4.02070.04628.6868-2.65022.2007-1.4985-3.12390.57840.28121.828-2.7217-0.15550.5819-0.36370.6289-0.32110.06221.4976-0.47330.842413.594335.030620.4928
112.77872.10392.4991.9071.13172.4448-0.21951.04821.3443-0.03021.1770.11610.54973.4698-0.55680.7530.0673-0.27430.909-0.07930.726610.137825.950729.1541
125.52720.8720.72952.0329-5.78947.7904-2.55360.50720.34832.76496.24920.81770.2867-0.564-0.73881.4959-0.0221-0.48651.2995-0.41941.26057.96228.168334.9558
131.0675-1.18161.26444.88280.83661.38310.53150.24640.7570.77350.1917-1.61270.1811.3044-0.3450.6969-0.0931-0.02330.7541-0.07411.02563.794636.162118.3382
143.0077-1.5992-3.42972.79342.59753.9356-0.0181-0.35110.15633.21270.46220.91361.52541.084-0.57860.7240.0827-0.06020.93320.22770.42924.09117.38425.989
153.58363.73071.58986.3026-1.61895.015-1.6492-1.4398-3.0803-0.5671.8588-0.540.3043-1.6343-0.53011.0313-0.0481-0.25030.8590.1571.174311.17519.906124.6001
166.15861.77940.12862.34511.74311.0762-1.3697-1.0085-0.509-0.22370.49810.1211-0.51430.43680.81590.70910.0977-0.11050.7544-0.03990.5046-19.738731.2824-0.8623
171.2437-0.31040.63220.45730.01890.365-0.4713-0.63890.50570.02440.24640.3815-0.7147-0.37870.07481.0735-0.0949-0.06190.4076-0.02920.6484-7.497442.36296.4662
181.6172-1.23291.39913.29510.51193.1476-0.95-0.25140.447-0.35790.6871-0.2647-2.4811-0.17750.36941.3625-0.10750.02980.62610.02830.6666-9.234450.158-5.8235
193.48510.8166-2.17033.31011.69412.7482-0.0172-1.00380.77880.5260.13120.038-1.1715-0.365-0.13610.80380.29920.08390.59770.07660.5554-16.650643.23220.326
203.4661-3.22692.36733.5976-1.57961.9961-0.6881-0.94531.2825-0.42470.209-0.819-0.38770.15570.41320.986-0.0906-0.05580.45640.10270.5177-5.598831.97520.1968
213.0285-1.9810.20852.7369-2.32.62321.52710.3614-0.5173-1.35140.0420.1830.64151.0698-0.75720.96520.10.25650.83610.09790.777.057932.2602-8.7453
227.72740.6939-0.46047.1013-0.22822.8986-0.9808-0.36290.0635-1.70360.598-0.7224-0.28530.45430.29330.7587-0.06770.04490.62070.03090.5964-4.162933.51-14.0515
239.7276-0.0313-2.62052.7852-2.14524.56590.30391.73011.34090.7409-0.17240.1639-1.3411-1.66750.01540.6925-0.0180.04860.76830.15810.82223.823139.0127-1.4673
248.80180.191-6.84046.2166-1.73387.89180.44660.8212-0.0542-2.02640.7739-1.53812.03980.2932-0.79781.1212-0.11240.45011.30190.1241.06169.618441.6697-17.6177
254.2109-1.56440.84572.5111-0.72120.45421.2668-0.40484.10031.0046-0.3253-1.62041.65390.7439-0.27641.4487-0.52570.24060.9351-0.04481.67487.129245.0635-6.5991
266.8585-2.4495-1.41025.75942.40921.98840.98651.0618-0.75360.36760.38920.1049-3.6186-2.1512-1.35790.6278-0.13680.17480.58480.32240.4696-3.646842.0107-9.8746
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44X-RAY DIFFRACTION44(chain C and resid 208:213)
45X-RAY DIFFRACTION45(chain C and resid 214:218)
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47X-RAY DIFFRACTION47(chain D and resid 107:112)
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60X-RAY DIFFRACTION60(chain D and resid 214:218)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る