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万見
- PDB-3ogf: Crystal structure of Difoil-4P homo-trimer: de novo designed dime... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ogf
タイトルCrystal structure of Difoil-4P homo-trimer: de novo designed dimeric trefoil-fold sub-domain which forms homo-trimer assembly
要素de novo designed dimeric trefoil-fold sub-domain which forms homo-trimer assembly
キーワードDE NOVO PROTEIN / beta-trefoil
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.864 Å
データ登録者Lee, J. / Blaber, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Experimental support for the evolution of symmetric protein architecture from a simple peptide motif.
著者: Lee, J. / Blaber, M.
履歴
登録2010年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: de novo designed dimeric trefoil-fold sub-domain which forms homo-trimer assembly
B: de novo designed dimeric trefoil-fold sub-domain which forms homo-trimer assembly
C: de novo designed dimeric trefoil-fold sub-domain which forms homo-trimer assembly
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5076
ポリマ－30,2193
非ポリマー2883
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5590 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area11480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.242, 85.414, 86.086
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

#1: タンパク質 de novo designed dimeric trefoil-fold sub-domain which forms homo-trimer assembly


分子量: 10072.896 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Synthetic sequence derived from human acidic fibroblast growth factor with a symmetric deconstruction method. The protein produced by this sequence forms a dimeric trefoil-fold sub-domain and ...詳細: Synthetic sequence derived from human acidic fibroblast growth factor with a symmetric deconstruction method. The protein produced by this sequence forms a dimeric trefoil-fold sub-domain and exists as a homo-trimer assembly adopting a beta-trefoil architecture.
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, 17mg/mL protein concentration, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月4日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. all: 6757 / Num. obs: 6415 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 62.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 33
反射 シェル解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 218 / % possible all: 61.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.864→43.043 Å / SU ML: 2.37 / σ(F): 0.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3111 315 4.91 %RANDOM
Rwork0.2269 ---
obs0.2308 6415 89.35 %-
all-6757 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.182 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--29.4168 Å20 Å20 Å2
2--12.9741 Å2-0 Å2
3---16.4426 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.864→43.043 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1902 0 15 0 1917
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021965
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5492672
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.228754
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034292
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003366
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.864-2.90.35651450.20572676267680
3.6086-43.04780.29541700.23343424342498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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