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- PDB-3og7: B-Raf Kinase V600E oncogenic mutant in complex with PLX4032 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3og7
タイトルB-Raf Kinase V600E oncogenic mutant in complex with PLX4032
要素AKAP9-BRAF fusion protein
キーワードtransferase/transferase inhibitor / B-Raf / BRAF / PROTO-ONCOGENE / V600E / Kinase / TRANSFERASE / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of axon regeneration / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / myeloid progenitor cell differentiation / endothelial cell apoptotic process / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function ...CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of axon regeneration / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / myeloid progenitor cell differentiation / endothelial cell apoptotic process / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / negative regulation of fibroblast migration / establishment of protein localization to membrane / positive regulation of axonogenesis / regulation of T cell differentiation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / mitogen-activated protein kinase kinase binding / Frs2-mediated activation / stress fiber assembly / face development / MAP kinase kinase activity / synaptic vesicle exocytosis / thyroid gland development / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / MAP kinase kinase kinase activity / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / response to cAMP / positive regulation of stress fiber assembly / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to calcium ion / thymus development / animal organ morphogenesis / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H3S10 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / histone H3T45 kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / RAF activation / cellular response to nerve growth factor stimulus / Spry regulation of FGF signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / visual learning / response to peptide hormone / centriolar satellite / long-term synaptic potentiation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by RAF1 mutants / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cellular response to xenobiotic stimulus / MAPK cascade / T cell differentiation in thymus / T cell receptor signaling pathway / presynapse / regulation of cell population proliferation / cell body / scaffold protein binding / molecular adaptor activity / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / postsynapse / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / neuron projection / protein phosphorylation / ciliary basal body / cilium / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / centrosome / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse
類似検索 - 分子機能
ELK domain / A-kinase anchor protein 9/Pericentrin / ELK / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) ...ELK domain / A-kinase anchor protein 9/Pericentrin / ELK / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ubiquitin-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-032 / Serine/threonine-protein kinase B-raf / non-specific serine/threonine protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Zhang, Y. / Zhang, K.Y. / Zhang, C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Clinical efficacy of a RAF inhibitor needs broad target blockade in BRAF-mutant melanoma.
著者: Bollag, G. / Hirth, P. / Tsai, J. / Zhang, J. / Ibrahim, P.N. / Cho, H. / Spevak, W. / Zhang, C. / Zhang, Y. / Habets, G. / Burton, E.A. / Wong, B. / Tsang, G. / West, B.L. / Powell, B. / ...著者: Bollag, G. / Hirth, P. / Tsai, J. / Zhang, J. / Ibrahim, P.N. / Cho, H. / Spevak, W. / Zhang, C. / Zhang, Y. / Habets, G. / Burton, E.A. / Wong, B. / Tsang, G. / West, B.L. / Powell, B. / Shellooe, R. / Marimuthu, A. / Nguyen, H. / Zhang, K.Y. / Artis, D.R. / Schlessinger, J. / Su, F. / Higgins, B. / Iyer, R. / D'Andrea, K. / Koehler, A. / Stumm, M. / Lin, P.S. / Lee, R.J. / Grippo, J. / Puzanov, I. / Kim, K.B. / Ribas, A. / McArthur, G.A. / Sosman, J.A. / Chapman, P.B. / Flaherty, K.T. / Xu, X. / Nathanson, K.L. / Nolop, K.
履歴
登録2010年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Structure summary / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.32018年5月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct_keywords
Item: _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AKAP9-BRAF fusion protein
B: AKAP9-BRAF fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4453
ポリマ－65,9552
非ポリマー4901
水1,17165
1
A: AKAP9-BRAF fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4682
ポリマ－32,9781
非ポリマー4901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: AKAP9-BRAF fusion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9781
ポリマ－32,9781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.770, 104.424, 110.128
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 AKAP9-BRAF fusion protein / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 32977.742 Da / 分子数: 2 / 断片: Kinase domain (unp residues 1175-1446)
変異: I544A, I551K, Q562R, L588N, K630S, F667E, Y673S, A688R, L706S, A688R, L706S, Q709R, S713E, L716E, S720E
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF, BRAF1, RAFB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5IBP5, UniProt: P15056*PLUS, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-032 / N-(3-{[5-(4-chlorophenyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl]carbonyl}-2,4-difluorophenyl)propane-1-sulfonamide / Vemurafenib / PLX4032 / ベムラフェニブ


分子量: 489.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H18ClF2N3O3S / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100MM BISTRIS AT PH 6.0, 12.5% 2,5-HEXANEDIOL, AND 12% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,l,k / Fraction: 0.086
反射解像度: 2.45→110.128 Å / Num. obs: 22230 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.45-2.584.50.5241.41451531930.52499.9
2.58-2.744.60.3562.11393430060.35699.9
2.74-2.934.70.2323.31329128540.232100
2.93-3.164.60.15251239226790.152100
3.16-3.464.60.09281137224590.092100
3.46-3.874.60.06111.61013522270.06199.8
3.87-4.474.50.0513.3892219870.0599.8
4.47-5.484.30.04713.8738217010.04799.7
5.48-7.754.10.03519.3547513370.03599.4
7.75-104.4244.30.02420.133567870.02498.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLM3.3.15データ削減
SCALA3.3.15データスケーリング
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→21.3 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7343 / 位相誤差: 32.22 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2575 1146 5.19 %RANDOM
Rwork0.2125 ---
all0.2143 22101 --
obs0.2143 21223 99.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.403 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 205.71 Å2 / Biso mean: 65.2303 Å2 / Biso min: 12.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-24.0938 Å2-0 Å2-0 Å2
2---6.2523 Å2-0 Å2
3----17.8415 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→21.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4002 0 33 65 4100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034119
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6495553
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048600
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004707
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6341535
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4507-2.5620.31731420.33232570271294
2.562-2.69680.34151290.30232602273195
2.6968-2.86540.34661370.28372581271895
2.8654-3.08610.34981420.2692581272395
3.0861-3.39550.29771420.23192615275795
3.3955-3.88420.24051300.20122639276995
3.8842-4.88390.22281290.16792646277595
4.8839-21.27560.20141560.17662744290094
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.42710.20920.19090.58130.53450.39050.02950.12940.05170.4450.08150.03080.28170.0987-0.08960.2830.02790.00650.1799-0.01490.1414-1.3512-12.829-19.0118
20.9070.0673-0.0545-0.02940.11361.4032-0.065-0.09990.53130.1643-0.0917-0.04310.62960.1890.1035-0.07930.0770.12640.1906-0.0440.03691.49178.62126.049
30.33240.08810.02560.22010.05360.0130.0039-0.01080.0148-0.0181-0.03940.02960.01730.00670.04850.22320.0830.06760.28430.05680.24481.8508-2.7808-20.087
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA449 - 720
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB449 - 720
3X-RAY DIFFRACTION3chain L and resseq 1:1A1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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