PDB-3ofv: Crystal structure of peptidyl-tRNA hydrolase from Escherichia Col...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ofv

タイトル

Crystal structure of peptidyl-tRNA hydrolase from Escherichia Coli, I222 crystal form

要素

Peptidyl-tRNA hydrolase

キーワード

HYDROLASE / PEPTIDYL-TRNA

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-tRNA hydrolase / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / translation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Lam, R. / McGrath, T.E. / Romanov, V. / Gothe, S.A. / Peddi, S.R. / Razumova, E. / Lipman, R.S. / Branstrom, A.A. / Chirgadze, N.Y.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of peptidyl-tRNA hydrolase from Escherichia Coli, I222 crystal form
著者: Lam, R. / McGrath, T.E. / Romanov, V. / Gothe, S.A. / Peddi, S.R. / Razumova, E. / Lipman, R.S. / Branstrom, A.A. / Chirgadze, N.Y.

履歴

登録	2010年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ofv.cif.gz	226.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ofv.ent.gz	183.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ofv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ofv_validation.pdf.gz	451.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ofv_full_validation.pdf.gz	461.6 KB	表示
XML形式データ	3ofv_validation.xml.gz	21.8 KB	表示
CIF形式データ	3ofv_validation.cif.gz	29.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/3ofv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/3ofv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pthS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4cbm-3 6h3s-1 5i3q-d 2bex-1 6xd1-d 1yf9-d 4peq-2 6izz-d 5hmy-d 5ghr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peptidyl-tRNA hydrolase

B: Peptidyl-tRNA hydrolase

C: Peptidyl-tRNA hydrolase

68.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.380, 96.960, 207.678
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 1 - 170 / Label seq-ID: 22 - 191

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C

#1: タンパク質	Peptidyl-tRNA hydrolase / PTH 分子量: 22924.225 Da / 分子数: 3 / 変異: M1V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: B354 / 遺伝子: ECEG_00530, ECs1709, pth / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CODONPLUS RIPL / 参照: UniProt: D6J9H8, peptidyl-tRNA hydrolase

#1: タンパク質

Peptidyl-tRNA hydrolase / PTH

分子量: 22924.225 Da / 分子数: 3 / 変異: M1V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: B354 / 遺伝子: ECEG_00530, ECs1709, pth / プラスミド: PET15B / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CODONPLUS RIPL / 参照: UniProt: D6J9H8, peptidyl-tRNA hydrolase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.82 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG3350, 0.2M K/NA TARTRATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月26日 / 詳細: VARIMAX HR

放射

モノクロメーター: VARIMAX HR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 12759 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.211 / Net I/σ(I): 4.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
3.2-3.31	7.3	0.559	1	100
3.31-3.45	7.3	0.441	1	100
3.45-3.6	7.3	0.37	1	100
3.6-3.79	7.3	0.308	1	100
3.79-4.03	7.2	0.247	1	100
4.03-4.34	7.3	0.165	1	100
4.34-4.78	7.3	0.142	1	100
4.78-5.47	7.3	0.153	1	100
5.47-6.89	7.2	0.155	1	100
6.89-50	6.6	0.059	1	98.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 46.55 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	29.86 Å
Translation	3.5 Å	29.86 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC	refmac_5.6.0081	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
StructureStudio		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PTH

2pth

解像度: 3.2→48.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.877 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.779 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 59.476 / SU ML: 0.436 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.551 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28298	625	4.9 %	RANDOM
R_work	0.22644	-	-	-
obs	0.22927	12131	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.495 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.27 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4330	0	0	0	4330

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	4433
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.477	1.933	5990
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.083	5	578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.056	23.474	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.546	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	673
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3304
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	680	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
2	B	680	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
3	C	680	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	A	549	LOOSE POSITIONAL	0.08	5
2	B	549	LOOSE POSITIONAL	0.07	5
3	C	549	LOOSE POSITIONAL	0.08	5
1	A	680	TIGHT THERMAL	8.26	0.5
2	B	680	TIGHT THERMAL	5.26	0.5
3	C	680	TIGHT THERMAL	11.66	0.5
1	A	549	LOOSE THERMAL	8.17	10
2	B	549	LOOSE THERMAL	6.85	10
3	C	549	LOOSE THERMAL	11.74	10

LS精密化シェル

解像度: 3.201→3.284 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.349	42	-
R_work	0.276	866	-
obs	-	-	99.67 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6684	-0.2615	-0.2123	2.2505	-0.6824	2.8293	-0.0057	0.1689	0.0838	-0.0233	0.0415	0.0415	-0.0152	-0.0901	-0.0358	0.0121	0.0137	-0.0254	0.1158	0.0112	0.0711	-4.559	-27.524	54.881
2	2.1826	-0.0786	0.6317	0.5256	-0.5016	3.5568	-0.0547	-0.0969	0.0339	0.1779	0.1288	0.12	-0.1336	-0.5075	-0.0741	0.2568	-0.0097	0.0366	0.164	-0.0056	0.1161	-12.318	-32.674	87.8
3	0.3265	0.242	-0.559	1.5852	-2.695	11.671	0.1999	-0.1047	-0.0103	0.7891	-0.3506	-0.1566	-2.085	1.0183	0.1506	0.6401	-0.2915	-0.0904	0.2003	0.0181	0.1744	13.236	-16.065	79.575

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 190
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 190
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 190

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関連情報:EMDBヘッダ

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