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- PDB-3ofe: Structured Domain of Drosophila melanogaster Boca p41 2 2 Crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ofe
タイトルStructured Domain of Drosophila melanogaster Boca p41 2 2 Crystal form
要素LDLR chaperone boca
キーワードCHAPERONE / mesd / molecular chaperone / protein folding / YWTD propeller / LRP
機能・相同性
機能・相同性情報


protein targeting to membrane / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endomembrane system / Wnt signaling pathway / apical part of cell / protein folding / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LRP chaperone MESD / Chaperone for wingless signalling and trafficking of LDL receptor / ACT domain / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LDLR chaperone boca
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.288 Å
データ登録者Collins, M.N. / Hendrickson, W.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structural Characterization of the Boca/Mesd Maturation Factors for LDL-Receptor-Type beta-Propeller Domains
著者: Collins, M.N. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録2010年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32026年2月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_wavelength_list

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LDLR chaperone boca
B: LDLR chaperone boca


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4492
ポリマ－21,4492
非ポリマー00
水2,180121
1
A: LDLR chaperone boca


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7251
ポリマ－10,7251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LDLR chaperone boca


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7251
ポリマ－10,7251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.106, 34.106, 311.238
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-44-

HOH

21A-57-

HOH

31A-183-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 LDLR chaperone boca


分子量: 10724.560 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 88-172 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: boca, CG30498 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8T9B6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 18-21% PEG 3350, 100-200mM Na citrate, 100mM CHES pH9.0, and 10mM DTT with macroseeding, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X2510.9795, 0.9802, 0.9645
シンクロトロンNSLS X2520.9794
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2005年9月14日DCM + mirrors
ADSC QUANTUM 3152CCD2005年9月14日DCM + mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SILICONMADMx-ray1
2SILICONSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.98021
30.96451
40.97941
Reflection冗長度: 14.6 % / Av σ(I) over netI: 27.96 / 数: 155098 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1 / D res high: 2.5 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 10635 / % possible obs: 85.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.352095.410.0381.00413.9
4.265.3598.710.0391.00414.9
3.734.2699.210.0450.99915.2
3.393.7399.210.0610.99815.4
3.153.3998.910.0870.99915.5
2.963.159910.1191.00315.3
2.812.968910.1571.00415.1
2.692.8171.710.1721.00513.3
2.592.6959.210.2311.00412.6
2.52.5947.310.2821.00212.4
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 15868 / Num. obs: 15757 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.3-2.386.50.28215260.99799.3
2.38-2.486.60.22716030.99999.4
2.48-2.596.50.19915510.99799.6
2.59-2.736.50.1581587199.6
2.73-2.96.60.11715871.00299.6
2.9-3.126.50.08615921.00399.4
3.12-3.436.50.06315931.00399.4
3.43-3.936.40.04715401.00199.6
3.93-4.936.20.0416071.00199.6
4.93-206.10.03515711.00197.6

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
3 wavelength110.97956.71-8.16
3 wavelength120.98023.04-11.68
3 wavelength130.96455.26-4.36
Phasing dmFOM : 0.78 / FOM acentric: 0.79 / FOM centric: 0.76 / 反射: 5109 / Reflection acentric: 3414 / Reflection centric: 1695
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
8-19.7810.90.950.8725888170
5-80.890.920.86734408326
4-50.890.920.83877559318
3.5-40.850.870.81861599262
3-3.50.730.750.6614931081412
2.8-30.570.590.53886679207

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.08位相決定
RESOLVE2.08位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.288→19.781 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / SU ML: 0.25 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 19.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2279 750 4.85 %Random
Rwork0.1892 ---
obs0.1911 15471 97.97 %-
all-15792 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.335 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 130.75 Å2 / Biso mean: 27.323 Å2 / Biso min: 9.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7694 Å20 Å2-0 Å2
2--0.7694 Å20 Å2
3----3.8839 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.288→19.781 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1284 0 0 121 1405
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031328
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6011803
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046198
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002234
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.268479
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.288-2.46440.25081340.19552858299295
2.4644-2.71180.25531660.19782911307798
2.7118-3.10290.27031390.18673009314899
3.1029-3.90440.2271600.16632964312499
3.9044-19.78220.19141510.192979313098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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