PDB-3of7: The Crystal Structure of Prp20p from Saccharomyces cerevisiae and...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3of7

タイトル

The Crystal Structure of Prp20p from Saccharomyces cerevisiae and Its Binding Properties to Gsp1p and Histones

要素

Regulator of chromosome condensation

キーワード

CELL CYCLE / Beta-Propeller / guanine nucleotide exchange factor (GEF) / Gsp1p / Histones / nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

response to pheromone / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / regulation of mitotic spindle assembly / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nucleus organization / ribosomal subunit export from nucleus / regulation of mitotic cell cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / protein import into nucleus / cell division ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Wu, F. / Liu, Y. / Zhu, Z. / Huang, H. / Ding, B. / Wu, J. / Shi, Y.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: The 1.9A crystal structure of Prp20p from Saccharomyces cerevisiae and its binding properties to Gsp1p and histones.
著者: Wu, F. / Liu, Y. / Zhu, Z. / Huang, H. / Ding, B. / Wu, J. / Shi, Y.

履歴

登録	2010年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3of7.cif.gz	110.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3of7.ent.gz	81.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3of7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/3of7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/3of7	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5yhs-1 2cbv-2 3vij-d 3scp-2 6wgd-1 4q9t-1 3ahx-3 4q9t-2 5yhs-2 3o24-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Regulator of chromosome condensation

52.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.510, 75.131, 92.019
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 119.640, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Regulator of chromosome condensation / Protein PRP20 / Pheromone response pathway component SRM1 分子量: 52557.938 Da / 分子数: 1 / 断片: RCC1-like domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: S288C / 遺伝子: MTR1, PRP20, SRM1, YGL097W / プラスミド: p28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: P21827
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Regulator of chromosome condensation / Protein PRP20 / Pheromone response pathway component SRM1

分子量: 52557.938 Da / 分子数: 1 / 断片: RCC1-like domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: MTR1, PRP20, SRM1, YGL097W / プラスミド: p28 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: P21827

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.42 % / Mosaicity: 0.432 °
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2M tri-Sodium Citrate dihydrate, 15% (w/v) PEG 3350, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793, 0.9794, 0.9300

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月16日

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9793	1
2	0.9794	1
3	0.93	1

Reflection

冗長度: 6.9 % / Av σ(I) over netI: 33.43 / R_merge(I) obs: 0.079 / Χ²: 1.9 / D res high: 1.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 71254 / % possible obs: 87.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.34	50	97.8	1	0.045	3.344	6.7
3.45	4.34	86.4	1	0.047	3.262	5.8
3.01	3.45	98.5	1	0.057	3.054	7.5
2.74	3.01	98.4	1	0.069	2.65	7.7
2.54	2.74	97.9	1	0.08	2.31	7.7
2.39	2.54	97.8	1	0.092	2.031	7.8
2.27	2.39	97.5	1	0.123	2.167	7.7
2.17	2.27	97.4	1	0.138	2.568	7.6
2.09	2.17	97	1	0.131	1.444	7.8
2.02	2.09	96.8	1	0.153	1.267	7.8
1.95	2.02	96.8	1	0.234	1.382	7.8
1.9	1.95	96.3	1	0.244	1.789	7.7
1.85	1.9	96.4	1	0.443	1.47	7.5
1.8	1.85	95.9	1	0.387	1.001	7.2
1.76	1.8	94.7	1	0.415	0.905	6.6
1.72	1.76	85.2	1	0.419	0.866	5.5
1.69	1.72	73.9	1	0.46	0.852	5
1.66	1.69	60.5	1	0.517	0.826	4.5
1.63	1.66	49	1	0.543	0.818	3.9
1.6	1.63	35.7	1	0.507	0.821	3.4

反射

解像度: 1.6→79.98 Å / Num. obs: 71254 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Χ²: 1.899 / Net I/σ(I): 11

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.6-1.63	3.4	0.507	1436	0.821	35.7
1.63-1.66	3.9	0.543	1972	0.818	49
1.66-1.69	4.5	0.517	2465	0.826	60.5
1.69-1.72	5	0.46	2990	0.852	73.9
1.72-1.76	5.5	0.419	3447	0.866	85.2
1.76-1.8	6.6	0.415	3875	0.905	94.7
1.8-1.85	7.2	0.387	3866	1.001	95.9
1.85-1.9	7.5	0.443	3907	1.47	96.4
1.9-1.95	7.7	0.244	3902	1.789	96.3
1.95-2.02	7.8	0.234	3946	1.382	96.8
2.02-2.09	7.8	0.153	3907	1.267	96.8
2.09-2.17	7.8	0.131	3938	1.444	97
2.17-2.27	7.6	0.138	3983	2.568	97.4
2.27-2.39	7.7	0.123	3985	2.167	97.5
2.39-2.54	7.8	0.092	3973	2.031	97.8
2.54-2.74	7.7	0.08	3959	2.31	97.9
2.74-3.01	7.7	0.069	4035	2.65	98.4
3.01-3.45	7.5	0.057	4032	3.054	98.5
3.45-4.34	5.8	0.047	3542	3.262	86.4
4.34-50	6.7	0.045	4094	3.344	97.8

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD

D res high: 1.8 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.52 / 反射: 51448

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
3 wavelength	1	1	0.9794	2.88	-7.41
3 wavelength	1	2	0.9792	5.9	-10.43
3 wavelength	1	3	0.93	3.07	-1.86

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	-9.098	20.327	40.013	SE	21.6	0.72
2	86.859	26.668	17.229	SE	25.5	0.77
3	16.935	16.664	29.465	SE	32.3	0.59
4	0.495	31.061	17.303	SE	49.4	0.69
5	20.778	6.701	28.218	SE	48.9	0.64
6	85.492	16.169	26.69	SE	48.9	0.63
7	83.963	11.091	27.687	SE	25.1	0.21

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
6.35-20	0.83	2731
4.05-6.35	0.74	4240
3.18-4.05	0.78	5813
2.7-3.18	0.72	6812
2.39-2.7	0.58	7361
2.17-2.39	0.44	8034
1.99-2.17	0.31	8431
1.86-1.99	0.2	8026

Phasing dm

FOM : 0.65 / FOM acentric: 0.65 / FOM centric: 0.69 / 反射: 51432 / Reflection acentric: 49914 / Reflection centric: 1518

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
5.1-19.994	0.96	0.97	0.94	2444	2233	211
3.2-5.1	0.95	0.95	0.9	7043	6720	323
2.6-3.2	0.86	0.86	0.78	9288	9002	286
2.3-2.6	0.71	0.72	0.68	8973	8749	224
1.9-2.3	0.5	0.5	0.44	15282	14960	322
1.8-1.9	0.27	0.28	0.26	8402	8250	152

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE	2.13	位相決定
REFMAC	refmac_5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / WR_factor R_free: 0.222 / WR_factor R_work: 0.187 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.791 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2242	2355	5 %	RANDOM
R_work	0.189	-	-	-
all	0.1908	48414	-	-
obs	0.1908	46695	96.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 66.69 Å² / B_iso mean: 23.0956 Å² / B_iso min: 9.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.72 Å²	0 Å²	1.37 Å²
2-	-	0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3340	0	0	465	3805

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	3467
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.125	1.952	4708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.403	5	452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.004	24.605	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.044	15	572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.538	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2649
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.536	1.5	2190
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.986	2	3518
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.393	3	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.123	4.5	1182

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.299	152	0.283	3291	3576	96.281
1.949-2.003	0.25	156	0.24	3230	3499	96.771
2.003-2.061	0.248	185	0.197	3082	3373	96.857
2.061-2.124	0.228	151	0.185	3010	3259	96.993
2.124-2.194	0.24	147	0.205	2948	3199	96.749
2.194-2.271	0.283	151	0.251	2810	3050	97.082
2.271-2.356	0.275	118	0.246	2756	2976	96.573
2.356-2.452	0.268	137	0.199	2646	2846	97.786
2.452-2.561	0.246	125	0.197	2576	2756	98.004
2.561-2.686	0.238	135	0.204	2453	2637	98.142
2.686-2.831	0.232	117	0.193	2314	2478	98.103
2.831-3.003	0.25	132	0.196	2197	2369	98.312
3.003-3.21	0.204	112	0.179	2098	2241	98.617
3.21-3.467	0.198	125	0.168	1886	2047	98.241
3.467-3.797	0.208	96	0.159	1581	1921	87.298
3.797-4.244	0.169	72	0.137	1373	1750	82.571
4.244-4.898	0.142	75	0.139	1442	1532	99.021
4.898-5.993	0.184	76	0.147	1206	1291	99.303
5.993-8.452	0.253	58	0.185	956	1025	98.927
8.452-79.977	0.279	35	0.225	485	587	88.586

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