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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3oee | ||||||
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タイトル | Structure of four mutant forms of yeast F1 ATPase: alpha-F405S | ||||||
![]() | (ATP synthase subunit ...) x 5 | ||||||
![]() | HYDROLASE / ATP SYNTHASE / ATP PHOSPHATASE / F1F0 ATPASE / ATP SYNTHESIS / ADP / PO4 / MITOCHONDRIA | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / : / : / Mitochondrial protein degradation / : / : / mitochondrial nucleoid / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis ...: / : / : / Mitochondrial protein degradation / : / : / mitochondrial nucleoid / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / mitochondrial intermembrane space / ADP binding / mitochondrial inner membrane / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Arsenieva, D. / Symersky, J. / Wang, Y. / Pagadala, V. / Mueller, D.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of four mutant forms of yeast F1 ATPase: alpha-F405S 著者: Arsenieva, D. / Symersky, J. / Wang, Y. / Pagadala, V. / Mueller, D.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.5 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 3 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2hldS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-ATP synthase subunit ... , 5種, 27分子 ABCJKLSTUDEFMNOVWXGPYHQZIR1
#1: タンパク質 | 分子量: 54947.309 Da / 分子数: 9 / 断片: UNP RESIDUES 36-545 / 変異: F405S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ATP1, YBL099W, YBL0827 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 52009.965 Da / 分子数: 9 / 断片: UNP RESIDUES 34-511 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ATP2, YJR121W, J2041 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 30657.160 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 34-311 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ATP3, ATP3a, ATP3b, YBR039W, YBR0408 / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 14565.385 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 23-160 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ATP16, YDL004W, YD8119.03, D2935 / 発現宿主: ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 6618.359 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 2-62 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ATP15, YPL271W, P0345 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 116分子 ![](data/chem/img/ANP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-ANP / #7: 化合物 | ChemComp-MG / #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | CHAIN A, J, S: ALPHA SUBUNIT(E) CHAIN B, K, T: ALPHA SUBUNIT (TP) CHAIN C, L, U: ALPHA SUBUNIT (DP) ...CHAIN A, J, S: ALPHA SUBUNIT(E) CHAIN B, K, T: ALPHA SUBUNIT (TP) CHAIN C, L, U: ALPHA SUBUNIT (DP) CHAIN D, M, V: BETA SUBUNIT (DP) CHAIN E, N, W: BETA SUBUNIT (E) CHAIN F, O, X: BETA SUBUNIT (TP) CHAIN G, P, Y: GAMMA SUBUNIT CHAIN H, Q, Z: DELTA SUBUNIT CHAIN I, R, 1: EPSILON SUBUNIT |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.96 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 7.3 詳細: 5.5% PEG 6000, 10% GLYCEROL, 4% METHANOL, 0.05M SODIUM ACETATE, 0.5MM NICKEL SULPHATE, 0.5MM AMP/PNP, 0.025 MM ADP, 2MM MAGNESIUM CHLORIDE, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.74→40 Å / Num. obs: 289154 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 73 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.74→2.84 Å / Rsym value: 0.718 / % possible all: 97.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2HLD 解像度: 2.74→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU ML: 0.323 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.359 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MSAK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 89.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.359 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.74→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.74→2.81 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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