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万見
- PDB-3oe0: Crystal structure of the CXCR4 chemokine receptor in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oe0
タイトルCrystal structure of the CXCR4 chemokine receptor in complex with a cyclic peptide antagonist CVX15
要素
  • C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
  • Polyphemusin analog, CXC chemokine receptor antagonist
キーワードSIGNALING PROTEIN / HYDROLASE/ANTIBIOTIC / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure / ATCG3D / 7TM / G protein-coupled receptor / GPCR / Signal transduction / Hydrolase / Cancer / HIV-1 co-receptor / chemokine / CXCL12 / Chimera / T4L fusion / Membrane protein / Transmembrane / antimicrobial / antibiotic / polyphemusin / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex / PSI-Biology / GPCR Network
機能・相同性
機能・相同性情報


C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / regulation of viral process / positive regulation of vascular wound healing / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / neuron recognition / telencephalon cell migration / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / response to tacrolimus / response to ultrasound / Specification of primordial germ cells ...C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / regulation of viral process / positive regulation of vascular wound healing / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / neuron recognition / telencephalon cell migration / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / response to tacrolimus / response to ultrasound / Specification of primordial germ cells / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / myosin light chain binding / myelin maintenance / C-X-C chemokine receptor activity / regulation of programmed cell death / positive regulation of vasculature development / endothelial tube morphogenesis / endothelial cell differentiation / Signaling by ROBO receptors / regulation of chemotaxis / positive regulation of dendrite extension / Formation of definitive endoderm / C-C chemokine receptor activity / positive regulation of chemotaxis / C-C chemokine binding / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / Chemokine receptors bind chemokines / anchoring junction / dendritic cell chemotaxis / epithelial cell development / cellular response to cytokine stimulus / small molecule binding / cell leading edge / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / regulation of calcium ion transport / Binding and entry of HIV virion / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / regulation of cell adhesion / viral release from host cell by cytolysis / coreceptor activity / cardiac muscle contraction / neurogenesis / peptidoglycan catabolic process / ubiquitin binding / response to activity / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / brain development / G protein-coupled receptor activity / response to virus / neuron migration / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / late endosome / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of cold-induced thermogenesis / actin binding / virus receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cytoplasmic vesicle / G alpha (i) signalling events / host cell cytoplasm / early endosome / response to hypoxia / lysosome / defense response to bacterium / immune response / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / external side of plasma membrane / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / cell surface / protein-containing complex / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 4 N-terminal domain / CXCR4 Chemokine receptor N terminal / CXC chemokine receptor 4/atypical chemokine receptor 2 / Chemokine receptor family / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme ...CXC chemokine receptor 4 N-terminal domain / CXCR4 Chemokine receptor N terminal / CXC chemokine receptor 4/atypical chemokine receptor 2 / Chemokine receptor family / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyphemusin analog, CXC chemokine receptor antagonist / Endolysin / C-X-C chemokine receptor type 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo Sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wu, B. / Mol, C.D. / Han, G.W. / Katritch, V. / Chien, E.Y.T. / Liu, W. / Cherezov, V. / Stevens, R.C. / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure (ATCG3D) / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
著者: Wu, B. / Chien, E.Y. / Mol, C.D. / Fenalti, G. / Liu, W. / Katritch, V. / Abagyan, R. / Brooun, A. / Wells, P. / Bi, F.C. / Hamel, D.J. / Kuhn, P. / Handel, T.M. / Cherezov, V. / Stevens, R.C.
履歴
登録2010年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年5月2日Group: Structure summary
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.52021年10月6日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_ref
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
I: Polyphemusin analog, CXC chemokine receptor antagonist


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8252
ポリマ－58,8252
非ポリマー00
水1086
1
A: C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
I: Polyphemusin analog, CXC chemokine receptor antagonist

A: C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
I: Polyphemusin analog, CXC chemokine receptor antagonist


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,6504
ポリマ－117,6504
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area7360 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area44420 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)82.080, 144.860, 73.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera / CXC-R4 / CXCR-4 / Stromal cell-derived factor 1 receptor / SDF-1 receptor / Fusin / Leukocyte- ...CXC-R4 / CXCR-4 / Stromal cell-derived factor 1 receptor / SDF-1 receptor / Fusin / Leukocyte-derived seven transmembrane domain receptor / LESTR / LCR1 / FB22 / NPYRL / HM89 / Lysis protein / Muramidase / Endolysin


分子量: 56685.508 Da / 分子数: 1
断片: CXCR4 residues 2-228, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 231-319
変異: L125W, T240P, C1054T, C1097T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo Sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: CXCR4, CXCR4_HUMAN, E / プラスミド: pFastBac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P61073, UniProt: P00720, lysozyme
#2: タンパク質・ペプチド Polyphemusin analog, CXC chemokine receptor antagonist


タイプ: Oligopeptide / クラス: Antagonist / 分子量: 2139.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: synthetic analog and derivative of polyphemusin from Limulus polyphemus (horseshoe crab)
参照: Polyphemusin analog, CXC chemokine receptor antagonist
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE PROTEIN IS A FUSION PROTEIN WITH RESIDUES ASN1002-TYR1161 OF T4 LYSOZYME INSERTED BETWEEN ...THE PROTEIN IS A FUSION PROTEIN WITH RESIDUES ASN1002-TYR1161 OF T4 LYSOZYME INSERTED BETWEEN HIS228 AND GLY231 OF CXCR4, AS INDICATED AS CXCR4-3 IN THE PUBLICATION. THE SMALL CYCLIC PEPTIDE NAMED CVX15 IS CXC CHEMOKINE RECEPTOR (CXCR)4 ANTAGONIST, AS WELL AS ANALOG OF POLYPHEMUSIN FROM LIMULUS POLYPHEMUS (HORSESHOE CRAB). PART OF THE SEQUENCE OF THE SMALL PEPTIDE HAS SIMILARITY TO UNITPROT ENTRY P14215 WITH SEQUENCE RRWCFRVCYRGFCYRKCR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 14

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7
詳細: Lipidic cubic phase made of monoolein and cholesterol, 25% PEG400, 0.3M Potassium sodium tartrate, 0.1 M Tris pH 7.0, LIPIDIC CUBIC PHASE, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 17656 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 73.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→19.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 34.246 / SU ML: 0.309 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.839 / ESU R Free: 0.374 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26699 898 5.1 %RANDOM
Rwork0.21463 ---
obs0.21732 16707 95.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å20.2 Å2
2---0.41 Å20 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3634 0 0 6 3640
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223728
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022530
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1011.9565053
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85536125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8015441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.36622.84162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.64615625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9241525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02822
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3851.52232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0451.5901
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.73323608
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.80231496
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4194.51445
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.902→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 40 -
Rwork0.34 961 -
obs--73.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.13260.29620.23341.6844-0.26761.1636-0.05940.0472-0.0348-0.1450.141-0.2135-0.02190.1337-0.08170.0526-0.01060.06570.1669-0.06960.23956.855815.00346.2863
24.4070.9320.74470.3599-0.36471.9082-0.28320.0474-0.0242-0.11040.0112-0.05910.09040.08060.2720.1686-0.0329-0.01350.08920.01870.10535.2422-20.830224.5296
30.4506-0.6918-0.47113.71150.56011.04190.0483-0.05620.01830.4368-0.140.00680.0942-0.00590.09170.1509-0.07580.0310.1712-0.02630.151150.113616.367315.7284
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 228
2X-RAY DIFFRACTION2A1002 - 1161
3X-RAY DIFFRACTION3A231 - 303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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