PDB-3odm: Archaeal-type phosphoenolpyruvate carboxylase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3odm

タイトル

Archaeal-type phosphoenolpyruvate carboxylase

要素

Phosphoenolpyruvate carboxylase

キーワード

LYASE / beta-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoenolpyruvate carboxylase / phosphoenolpyruvate carboxylase activity / carbon fixation / oxaloacetate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Dunten, P.W.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Structure of an archaeal-type phosphoenolpyruvate carboxylase sensitive to inhibition by aspartate.
著者: Dharmarajan, L. / Kraszewski, J.L. / Mukhopadhyay, B. / Dunten, P.W.

履歴

登録	2010年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3odm.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3odm.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3odm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3odm_validation.pdf.gz	559.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3odm_full_validation.pdf.gz	626 KB	表示
XML形式データ	3odm_validation.xml.gz	142.4 KB	表示
CIF形式データ	3odm_validation.cif.gz	193.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/3odm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/3odm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1dee-d 6ust-d 1v0j-d 4u59-d 4aid-d 4ras-d 4u48-d 6h7v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase

D: Phosphoenolpyruvate carboxylase

E: Phosphoenolpyruvate carboxylase

F: Phosphoenolpyruvate carboxylase

G: Phosphoenolpyruvate carboxylase

H: Phosphoenolpyruvate carboxylase

ヘテロ分子

516 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase

D: Phosphoenolpyruvate carboxylase

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ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
258 kDa, 4 ポリマー
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2

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase

F: Phosphoenolpyruvate carboxylase

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3

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase

E: Phosphoenolpyruvate carboxylase

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4

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase

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5

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase

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6

F: Phosphoenolpyruvate carboxylase

G: Phosphoenolpyruvate carboxylase

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	121.420, 161.580, 279.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Phosphoenolpyruvate carboxylase / PEPCase / PEPC 分子量: 63350.449 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: pET19b vector 由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) 遺伝子: CPE1094, ppcA / プラスミド: pJLK15-19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)(pRIL) / 参照: UniProt: Q8XLE8, phosphoenolpyruvate carboxylase
#2: 化合物	... ChemComp-AUC / GOLD (I) CYANIDE ION 分子量: 249.001 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂AuN₂
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.61 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.5M sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1.03948 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月28日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03948 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→56.83 Å / Num. obs: 116208 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.3 % / R_merge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 2.95→3.03 Å / 冗長度: 9.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 8359 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
SHELX		モデル構築
REFMAC	5.5.0110	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.95→56.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 34.934 / SU ML: 0.294 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.357 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22316	1135	1 %	THIN SHELLS
R_work	0.17777	-	-	-
obs	0.17833	116208	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.524 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.45 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→56.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	33256	0	107	200	33563

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	33866
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.337	1.982	45628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.794	5	4200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.894	25.111	1491
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.247	15	6474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.795	15	176
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	5186
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	24912
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.346	1.5	20953
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.71	2	33988
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.203	3	12913
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.162	4.5	11640

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1976	tight positional	0.33	0.05
1	1	B	1976	tight positional	0.47	0.05
1	1	C	1976	tight positional	0.31	0.05
1	1	D	1976	tight positional	0.23	0.05
1	1	E	1976	tight positional	0.27	0.05
1	1	F	1976	tight positional	0.33	0.05
1	1	G	1976	tight positional	0.28	0.05
1	1	H	1976	tight positional	0.22	0.05
1	1	A	1909	medium positional	0.58	0.5
1	1	B	1909	medium positional	0.66	0.5
1	1	C	1909	medium positional	0.53	0.5
1	1	D	1909	medium positional	0.52	0.5
1	1	E	1909	medium positional	0.52	0.5
1	1	F	1909	medium positional	0.58	0.5
1	1	G	1909	medium positional	0.54	0.5
1	1	H	1909	medium positional	0.5	0.5
2	2	A	185	loose positional	0.59	5
2	2	B	185	loose positional	0.67	5
2	2	C	185	loose positional	0.78	5
2	2	D	185	loose positional	0.87	5
2	2	E	185	loose positional	0.85	5
2	2	F	185	loose positional	0.78	5
2	2	G	185	loose positional	0.7	5
2	2	H	185	loose positional	0.68	5
1	1	A	1976	tight thermal	1.72	5
1	1	B	1976	tight thermal	1.38	5
1	1	C	1976	tight thermal	1.24	5
1	1	D	1976	tight thermal	1.48	5
1	1	E	1976	tight thermal	1.55	5
1	1	F	1976	tight thermal	1.23	5
1	1	G	1976	tight thermal	1.96	5
1	1	H	1976	tight thermal	1.51	5
1	1	A	1909	medium thermal	2.17	5
1	1	B	1909	medium thermal	1.72	5
1	1	C	1909	medium thermal	1.64	5
1	1	D	1909	medium thermal	1.81	5
1	1	E	1909	medium thermal	1.86	5
1	1	F	1909	medium thermal	1.52	5
1	1	G	1909	medium thermal	2.17	5
1	1	H	1909	medium thermal	1.89	5
2	2	A	185	loose thermal	3.09	14
2	2	B	185	loose thermal	2.8	14
2	2	C	185	loose thermal	3.69	14
2	2	D	185	loose thermal	1.91	14
2	2	E	185	loose thermal	1.4	14
2	2	F	185	loose thermal	3.7	14
2	2	G	185	loose thermal	1.82	14
2	2	H	185	loose thermal	7.37	14

LS精密化シェル

解像度: 2.95→3.027 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.297	8334	-
R_free	-	0	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0641	1.1203	-1.4385	2.287	0.2275	2.2316	0.0119	0.0115	0.2723	-0.0951	-0.0485	-0.0765	-0.1532	-0.2045	0.0366	0.0367	0.0126	0.007	0.0244	-0.0195	0.0583	10.9189	33.5284	73.4101
2	2.5457	0.0279	-0.5704	2.6366	0.5085	2.0214	0.0501	-0.0007	-0.2084	-0.1292	-0.119	0.2749	0.047	-0.2619	0.0689	0.0688	-0.0511	-0.0178	0.0737	-0.0094	0.0468	3.9916	19.1143	68.3066
3	2.2129	0.1325	0.3401	1.8611	-0.094	1.9113	0.1174	0.4886	0.1845	-0.248	0.0088	-0.0864	-0.028	0.069	-0.1262	0.0737	0.0055	0.0606	0.1263	0.0176	0.0683	23.2686	24.1737	61.3523
4	2.7384	-0.974	0.1059	2.4187	0.8615	1.4452	0.0237	0.1513	-0.101	-0.0773	0.0402	-0.0238	0.0644	0.1339	-0.0639	0.0833	-0.0296	0.0469	0.0373	-0.035	0.0394	28.3793	20.5419	66.6219
5	1.8293	0.3451	0.7838	7.4671	4.5938	3.6124	0.1216	-0.4024	-0.3825	0.6837	0.1412	-0.251	0.6358	0.2155	-0.2628	0.3838	0.0047	0.0593	0.2326	0.0146	0.3299	30.8198	1.7179	71.7164
6	28.5858	-43.8966	-2.2599	68.106	6.3227	11.8389	0.6642	0.5844	-1.6135	-1.0362	-1.0319	2.5357	-0.1933	-0.6222	0.3676	0.1562	0.0014	-0.018	0.043	-0.0475	0.0992	27.0209	22.7392	78.6705
7	2.2419	0.838	0.5837	2.3629	1.8438	2.4678	0.1704	0.2299	-0.0733	-0.0979	0.1806	-0.3812	0.0343	0.4101	-0.351	0.0865	0.0284	0.0768	0.1398	-0.0707	0.1509	43.6768	19.7195	66.7048
8	1.5812	0.1699	1.9845	2.0453	0.3048	10.892	-0.0896	-0.322	0.0226	0.544	-0.0558	-0.1584	-0.6456	-0.3551	0.1455	0.2326	-0.0195	0.0366	0.087	-0.0679	0.2216	40.1011	30.8044	87.1368
9	1.7512	-0.2331	1.1347	1.1476	0.6449	3.7914	-0.1298	0.1913	0.0836	0.0122	0.1697	-0.1528	-0.1152	0.1799	-0.0398	0.1287	-0.0164	-0.0443	0.0653	0.0057	0.0926	86.3372	75.57	165.7676
10	3.7834	-0.032	-0.3145	1.7791	-0.0292	2.7641	0.0378	0.0085	0.0047	-0.0864	-0.0683	-0.4537	-0.2753	0.5361	0.0306	0.229	-0.0226	-0.1125	0.1182	0.0267	0.2839	102.6684	72.3204	171.3763
11	1.4437	-0.1702	-0.1749	2.0688	-1.0025	2.0123	-0.0587	0.2348	-0.1016	-0.1021	-0.0829	-0.3489	0.1192	0.4198	0.1416	0.2244	-0.0531	0.0061	0.2242	-0.0487	0.147	96.4572	70.6122	150.3909
12	2.3935	0.0286	-0.4768	0.9732	-1.1507	1.6793	-0.1512	0.0943	0.0443	0.0202	-0.0703	-0.293	0.0429	0.3561	0.2215	0.2741	-0.0896	-0.081	0.4296	-0.0919	0.1567	100.1016	79.1996	145.4727
13	3.7877	-0.9932	-1.2739	0.4663	0.2431	2.1435	0.0053	-0.0064	0.4081	0.2884	0.0228	-0.2257	0.0942	0.075	-0.0281	0.4947	-0.0641	-0.025	0.6514	0.0099	0.5855	112.1263	90.3726	145.7011
14	2.5221	-0.9729	0.6599	2.0106	0.1512	2.0599	-0.0303	0.5725	0.0323	-0.4239	-0.0464	-0.1674	0.0408	0.3498	0.0767	0.2991	-0.1333	0.0152	0.3797	0.0317	0.151	97.2289	82.7455	131.6736
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56	0.1687	-0.0597	0.5162	0.3568	1.0933	7.1405	-0.0393	0.0074	-0.0678	0.2085	0.257	-0.0919	0.9817	1.1125	-0.2177	0.6704	0.1113	0.0486	0.2376	-0.0051	0.3657	63.7727	83.8783	201.2997
57	1.3935	-0.3258	0.9391	1.7334	1.1344	3.4332	0.1154	-0.0443	0.2293	-0.0285	-0.2047	0.2877	-0.2657	-0.5545	0.0893	0.2557	0.0709	0.0366	0.1013	0.0182	0.1928	48.7727	95.2389	190.8243
58	0.4098	1.2843	-0.5035	9.6574	1.8043	4.2422	-0.0855	0.194	-0.1648	-1.2057	0.2192	-0.416	-0.1751	-0.0486	-0.1337	0.2338	0.0796	-0.0772	0.2859	-0.128	0.2353	55.7289	84.4844	171.765

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 102
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	103 - 202
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	203 - 280
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	281 - 346
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	359 - 388
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	389 - 393
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	394 - 490
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	491 - 537
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	1 - 106
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	107 - 191
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	192 - 286
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	287 - 346
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	355 - 390
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	391 - 490
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	491 - 537
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	1 - 102
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	103 - 193
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	194 - 280
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	281 - 348
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	356 - 389
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	390 - 490
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	491 - 537
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	1 - 102
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	103 - 177
25	X-RAY DIFFRACTION	25	D	178 - 280
26	X-RAY DIFFRACTION	26	D	281 - 346
27	X-RAY DIFFRACTION	27	D	358 - 390
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	391 - 506
29	X-RAY DIFFRACTION	29	D	507 - 537
30	X-RAY DIFFRACTION	30	E	1 - 106
31	X-RAY DIFFRACTION	31	E	107 - 191
32	X-RAY DIFFRACTION	32	E	192 - 280
33	X-RAY DIFFRACTION	33	E	281 - 346
34	X-RAY DIFFRACTION	34	E	360 - 389
35	X-RAY DIFFRACTION	35	E	390 - 393
36	X-RAY DIFFRACTION	36	E	394 - 490
37	X-RAY DIFFRACTION	37	E	491 - 537
38	X-RAY DIFFRACTION	38	F	1 - 56
39	X-RAY DIFFRACTION	39	F	57 - 188
40	X-RAY DIFFRACTION	40	F	189 - 292
41	X-RAY DIFFRACTION	41	F	293 - 346
42	X-RAY DIFFRACTION	42	F	355 - 390
43	X-RAY DIFFRACTION	43	F	391 - 490
44	X-RAY DIFFRACTION	44	F	491 - 537
45	X-RAY DIFFRACTION	45	G	1 - 106
46	X-RAY DIFFRACTION	46	G	107 - 175
47	X-RAY DIFFRACTION	47	G	176 - 286
48	X-RAY DIFFRACTION	48	G	287 - 346
49	X-RAY DIFFRACTION	49	G	357 - 393
50	X-RAY DIFFRACTION	50	G	394 - 491
51	X-RAY DIFFRACTION	51	G	492 - 537
52	X-RAY DIFFRACTION	52	H	1 - 106
53	X-RAY DIFFRACTION	53	H	107 - 195
54	X-RAY DIFFRACTION	54	H	196 - 285
55	X-RAY DIFFRACTION	55	H	286 - 346
56	X-RAY DIFFRACTION	56	H	354 - 393
57	X-RAY DIFFRACTION	57	H	394 - 504
58	X-RAY DIFFRACTION	58	H	505 - 537

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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