PDB-3ocf: Crystal structure of fumarate lyase:delta crystallin from Brucell...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ocf

タイトル

Crystal structure of fumarate lyase:delta crystallin from Brucella melitensis in native form

要素

Fumarate lyase:Delta crystallin

キーワード

LYASE / fumarate lyase / fumarase / brucellosis / orchitis / epididymitis / mastitis / dehydration of fumarate to malate / Kreb's cycle / citric acid cycle / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate ammonia-lyase / aspartate ammonia-lyase activity / aspartate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella melitensis (マルタ熱菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of fumarate lyase:delta crystallin from Brucella melitensis in native form
著者: Edwards, T.E. / Arakaki, T.L. / Sankaran, B.

履歴

登録	2010年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ocf.cif.gz	634.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ocf.ent.gz	522.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ocf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/3ocf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/3ocf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3oceS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6v8f-1 3e04-d 4hgv-d 4ovv-d 3oce-d 6nzb-1 4apb-d 3rd8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BrabA.00047.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (10) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Fumarate lyase:Delta crystallin

B: Fumarate lyase:Delta crystallin

C: Fumarate lyase:Delta crystallin

D: Fumarate lyase:Delta crystallin

ヘテロ分子

206 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.230, 86.460, 105.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.910, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	A	1 - 400
2	1	1	6	B	1 - 400
3	1	1	6	C	1 - 400
4	1	1	6	D	1 - 400
1	1	2	6	A	401 - 455
2	1	2	6	B	401 - 455
3	1	2	6	C	401 - 455

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Fumarate lyase:Delta crystallin 分子量: 51462.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella melitensis (マルタ熱菌) 株: 2308 / 遺伝子: aspA, BAB1_1959 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2YLW1, aspartate ammonia-lyase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 633 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.37 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 86.6 mg/mL of BrabA.00047.a.A5 PS00511 full lenght tag against JCSG+ condition A9, 0.2 M ammonium chloride, 20% PEG 3350 with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID ...詳細: 86.6 mg/mL of BrabA.00047.a.A5 PS00511 full lenght tag against JCSG+ condition A9, 0.2 M ammonium chloride, 20% PEG 3350 with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 215952a9, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.37 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 86.6 mg/mL of BrabA.00047.a.A5 PS00511 full lenght tag against JCSG+ condition A9, 0.2 M ammonium chloride, 20% PEG 3350 with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 90194 / Num. obs: 89781 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 30.177 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 12.65

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.1-2.15		0.528	2	18208	6522	98.3
2.15-2.21		0.443	2.6	19969	6454	99.6
2.21-2.28		0.366	3.3	20703	6278	99.8
2.28-2.35		0.315	4.1	22470	6105	99.8
2.35-2.42		0.267	4.9	22096	5876	99.9
2.42-2.51		0.214	5.9	21702	5766	99.9
2.51-2.6		0.198	6.7	20832	5531	99.9
2.6-2.71		0.168	7.8	19977	5317	99.7
2.71-2.83		0.137	9.3	19222	5100	99.9
2.83-2.97		0.111	11.2	18549	4919	99.7
2.97-3.13		0.092	13.3	17386	4611	99.8
3.13-3.32		0.069	17.4	16724	4448	99.9
3.32-3.55		0.057	21	15433	4110	99.7
3.55-3.83		0.044	26.1	14511	3859	99.8
3.83-4.2		0.036	30.5	13352	3576	99.9
4.2-4.7		0.032	33.2	12021	3216	99.8
4.7-5.42		0.035	32.1	10610	2849	99.8
5.42-6.64		0.039	28.9	8975	2428	99.8
6.64-9.39		0.027	38.4	6837	1881	99.7
	9.39	0.025	42.4	3241	935	87.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 50.82 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	19.73 Å
Translation	3 Å	19.73 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3OCE

3oce

解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / WR_factor R_free: 0.2049 / WR_factor R_work: 0.1541 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.86 / SU B: 11.154 / SU ML: 0.134 / SU R Cruickshank DPI: 0.2435 / SU R_free: 0.1944 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2273	4501	5 %	RANDOM
R_work	0.1712	-	-	-
obs	0.174	89651	99.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 76.7 Å² / B_iso mean: 32.2479 Å² / B_iso min: 9.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.45 Å²	0 Å²	-0.49 Å²
2-	-	1.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12854	0	24	633	13511

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	13133
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.464	1.97	17874
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.46	5	1765
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.105	24.304	539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.183	15	2109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.171	15	100
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	2165
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	9876
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.711	1.5	8719
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.259	2	13897
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.262	3	4414
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.631	4.5	3964

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	2800	LOOSE POSITIONAL	0.23	5
1	2	B	2800	LOOSE POSITIONAL	0.36	5
1	3	C	2800	LOOSE POSITIONAL	0.31	5
1	4	D	2800	LOOSE POSITIONAL	0.32	5
1	1	A	2800	LOOSE THERMAL	2.56	10
1	2	B	2800	LOOSE THERMAL	3.17	10
1	3	C	2800	LOOSE THERMAL	3.73	10
1	4	D	2800	LOOSE THERMAL	3.28	10
2	1	A	236	LOOSE POSITIONAL	0.24	5
2	2	B	236	LOOSE POSITIONAL	0.28	5
2	3	C	236	LOOSE POSITIONAL	0.2	5
2	1	A	236	LOOSE THERMAL	5.66	10
2	2	B	236	LOOSE THERMAL	8.33	10
2	3	C	236	LOOSE THERMAL	10	10

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.276	346	-
R_work	0.225	6145	-
all	-	6491	-
obs	-	-	98.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1756	0.1447	-0.0702	0.2324	-0.1517	0.1276	0.01	0.023	0.0075	0.0102	-0.0284	0.0024	0.0067	-0.0003	0.0184	0.0499	0.0017	0.008	0.0871	-0.0079	0.0356	9.7554	16.3558	13.0624
2	0.3398	0.11	0.2037	0.1445	0.0582	0.1345	0.0257	0.0037	-0.0358	0.0033	-0.0386	-0.0356	0.0168	0.0071	0.0129	0.0621	0.005	0.0097	0.0329	0.0126	0.0759	28.8235	1.3988	41.2894
3	0.5383	0.1157	0.0149	0.1681	0.1039	0.0801	0.0487	0.186	-0.0766	0.0598	-0.0269	-0.0571	0.0207	-0.0323	-0.0218	0.0489	-0.0239	-0.034	0.1159	-0.0023	0.0358	33.6737	6.8532	13.2038
4	0.1165	0.0773	-0.0524	0.1537	-0.0953	0.0791	-0.0282	-0.026	-0.0089	0.0046	0.0044	-0.0043	-0.0284	-0.0086	0.0238	0.0773	0.0023	-0.0027	0.0494	-0.0057	0.0536	13.4192	20.0857	42.0713

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-10 - 9999
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-10 - 9999

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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