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- PDB-3oce: Crystal structure of fumarate lyase:delta crystallin from Brucell... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oce
タイトルCrystal structure of fumarate lyase:delta crystallin from Brucella melitensis bound to cobalt
要素Fumarate lyase:Delta crystallin
キーワードLYASE / fumarate lyase / fumarase / brucellosis / orchitis / epididymitis / mastitis / dehydration of fumarate to malate / Kreb's cycle / citric acid cycle / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate ammonia-lyase / aspartate ammonia-lyase activity / aspartate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Fumarase C, C-terminal / Fumarase C C-terminus / Fumarase/aspartase (C-terminal domain) / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) ...: / Fumarase C, C-terminal / Fumarase C C-terminus / Fumarase/aspartase (C-terminal domain) / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Fumarate lyase:Delta crystallin
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis (マルタ熱菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of fumarate lyase:delta crystallin from Brucella melitensis bound to cobalt
著者: Edwards, T.E. / Arakaki, T.L. / Sankaran, B.
履歴
登録2010年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年11月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fumarate lyase:Delta crystallin
B: Fumarate lyase:Delta crystallin
C: Fumarate lyase:Delta crystallin
D: Fumarate lyase:Delta crystallin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,80321
ポリマ－203,8924
非ポリマー91117
水9,800544
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31240 Å2
ΔGint-269 kcal/mol
Surface area55720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.330, 113.550, 236.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22B
32C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETILEILEAA1 - 4055 - 409
21METMETILEILEBB1 - 4055 - 409
31METMETILEILECC1 - 4055 - 409
41METMETILEILEDD1 - 4055 - 409
12SERSERALAALAAA406 - 458410 - 462
22SERSERALAALABB406 - 458410 - 462
32SERSERALAALACC406 - 458410 - 462

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質
Fumarate lyase:Delta crystallin


分子量: 50973.008 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella melitensis (マルタ熱菌)
株: 2308 / 遺伝子: aspA, BAB1_1959 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2YLW1, aspartate ammonia-lyase
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.87 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 46.3 mg/mL BrabA.00047.a.A6 PS00513 against JCSG+ condition G3, 10 mM CoCl2, 0.1 M Tris, 20% polyvinyl pyrrolidone K15 with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crsytal tracking ID ...詳細: 46.3 mg/mL BrabA.00047.a.A6 PS00513 against JCSG+ condition G3, 10 mM CoCl2, 0.1 M Tris, 20% polyvinyl pyrrolidone K15 with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crsytal tracking ID 215219g3, 3C protease cleaved, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→50 Å / Num. all: 81644 / Num. obs: 80944 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 29.903 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 10.03
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.58-2.650.5653.135260588699
2.65-2.720.5013.635293572899
2.72-2.80.4334.135297562298.8
2.8-2.880.3864.634738543599.3
2.88-2.980.3275.534756532099.1
2.98-3.080.294634402515399.5
3.08-3.20.251733816492199.2
3.2-3.330.218.433309475798.9
3.33-3.480.1759.932799458299.5
3.48-3.650.1511.332517443099.4
3.65-3.850.12613.531300417399.6
3.85-4.080.10914.830594397799.7
4.08-4.360.09516.929681380199.9
4.36-4.710.08717.927530349099.9
4.71-5.160.08817.125800325699.9
5.16-5.770.10115.9258152935100
5.77-6.660.09516231402639100
6.66-8.160.06619.8195402249100
8.16-11.540.04924.915114177099.9
11.540.04224.4668082078.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.67 Å19.95 Å
Translation2.67 Å19.95 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1jsw

1jsw


解像度: 2.58→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.2158 / WRfactor Rwork: 0.1707 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.773 / SU B: 20.838 / SU ML: 0.203 / SU R Cruickshank DPI: 0.4471 / SU Rfree: 0.2799 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2454 4054 5 %RANDOM
Rwork0.1959 ---
obs0.1984 80691 98.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.49 Å2 / Biso mean: 29.6871 Å2 / Biso min: 3.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.65 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---1.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13775 0 20 544 14339
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02214000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5381.97219021
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.79351846
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.2224.223592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.128152344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.415115
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.22280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02110511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6241.59168
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.227214683
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.99934832
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5584.54334
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1617MEDIUM POSITIONAL0.20.5
12B1617MEDIUM POSITIONAL0.170.5
13C1617MEDIUM POSITIONAL0.230.5
14D1617MEDIUM POSITIONAL0.170.5
11A1393LOOSE POSITIONAL0.415
12B1393LOOSE POSITIONAL0.385
13C1393LOOSE POSITIONAL0.465
14D1393LOOSE POSITIONAL0.365
11A1617MEDIUM THERMAL0.612
12B1617MEDIUM THERMAL0.62
13C1617MEDIUM THERMAL0.682
14D1617MEDIUM THERMAL0.62
11A1393LOOSE THERMAL0.8210
12B1393LOOSE THERMAL0.8110
13C1393LOOSE THERMAL0.8610
14D1393LOOSE THERMAL0.7810
21A212MEDIUM POSITIONAL0.180.5
22B212MEDIUM POSITIONAL0.150.5
23C212MEDIUM POSITIONAL0.270.5
21A144LOOSE POSITIONAL0.45
22B144LOOSE POSITIONAL0.435
23C144LOOSE POSITIONAL0.735
21A212MEDIUM THERMAL0.432
22B212MEDIUM THERMAL0.362
23C212MEDIUM THERMAL0.532
21A144LOOSE THERMAL0.5510
22B144LOOSE THERMAL0.4510
23C144LOOSE THERMAL0.6910
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.647 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 314 -
Rwork0.257 5550 -
all-5864 -
obs--98.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.030.0777-0.15490.0881-0.05240.23230.0349-0.00840.01480.0032-0.0157-0.0090.00620.0077-0.01910.01570.0063-0.00010.0264-0.00710.025-6.9863-16.094810.4914
2-0.02050.0840.12580.08980.0380.11550.033-0.00880.00030.0042-0.0337-0.00810.0024-0.00490.00070.02230.0076-0.00010.0322-0.01010.039410.725516.110110.8276
30.0084-0.0680.09060.15560.06330.22830.00270.0173-0.00240.0526-0.01560.0582-0.02920.01680.01290.00890.00230.00320.0515-0.01240.0678-14.37128.974218.0934
4-0.0385-0.0897-0.04610.0904-0.0870.14310.0040.01560.01710.0442-0.0255-0.07410.0134-0.02760.02150.0234-0.0141-0.00020.05390.00050.068217.9114-9.335118.0304
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999
4X-RAY DIFFRACTION4D-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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