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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3occ | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of PNP with DADMEimmH from Yersinia pseudotuberculosis | |||||||||
要素 | Purine nucleoside phosphorylase deoD-type | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 purine nucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Kim, J. / Ramagopal, U.A. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | |||||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: crystal structure of PNP with DADMEimmH from Yersinia pseudotuberculosis 著者: Kim, J. / Ramagopal, U.A. / Burley, S.K. / Almo, S.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3occ.cif.gz | 551.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3occ.ent.gz | 455.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3occ.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3occ_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3occ_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3occ_validation.xml.gz | 67.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3occ_validation.cif.gz | 93.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/3occ ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/3occ | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1pr0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25965.881 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌) 株: YPIII / 遺伝子: deoD, YPK_3624 / プラスミド: LIC-PET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: B1JL34, purine-nucleoside phosphorylase #2: 化合物 | ChemComp-DIH / #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.79 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 詳細: 150mM DL-malic acid, 20% PEG3350, pH 7.0, EVAPORATION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月29日 |
放射 | モノクロメーター: Double silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 171125 / Num. obs: 171125 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 27.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 28.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.724 / Mean I/σ(I) obs: 2.48 / Num. unique all: 16923 / Rsym value: 0.549 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1PR0 解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 3.563 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.613 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.701→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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