PDB-3oca: Crystal structure of peptide deformylase from Ehrlichia chaffeensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oca

タイトル

Crystal structure of peptide deformylase from Ehrlichia chaffeensis

要素

Peptide deformylase

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / EHRLICHIA CHAFFEENSIS / PEPTIDE DEFORMYLASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide deformylase / peptide deformylase activity / translation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ehrlichia chaffeensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of peptide deformylase from Ehrlichia chaffeensis
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Sankaran, B. / Edwards, T.E. / Staker, B.

履歴

登録	2010年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oca.cif.gz	158.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oca.ent.gz	124.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oca.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3oca_validation.pdf.gz	432 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3oca_full_validation.pdf.gz	432 KB	表示
XML形式データ	3oca_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	3oca_validation.cif.gz	21.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/3oca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/3oca	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1n5nS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4fr4-2 5u00-3 5tzc-2 3grh-d 5ahs-3 4fym-4 5u7k-2 6c7i-4 3qfh-5 3wqn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: EhchA.01519.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peptide deformylase

B: Peptide deformylase

ヘテロ分子

48 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.260, 64.430, 80.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	GLU	GLU	A	A	2 - 65	23 - 86
2	1	SER	SER	GLU	GLU	B	B	2 - 65	23 - 86
1	2	GLU	GLU	LYS	LYS	A	A	84 - 180	105 - 201
2	2	GLU	GLU	LYS	LYS	B	B	84 - 180	105 - 201

#1: タンパク質	Peptide deformylase 分子量: 23886.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ehrlichia chaffeensis (バクテリア) 株: ARKANSAS / 遺伝子: CDD:29602, def, ECH_0073 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2GI30, peptide deformylase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 200MM AMMONIUM CITRATE, 20% PEG 3350; Protein at 28MG/ML, PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 / 波長: 0.9744 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9774	1
2	0.9744	1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 17813 / Num. obs: 17678 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 42.22 Å² / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 18.6

反射シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1291 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1N5N

1n5n

解像度: 2.4→19.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 16.222 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	863	4.9 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
obs	0.195	17598	99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2770	0	4	128	2902

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	2825
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.283	1.975	3827
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.826	3	4630
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.755	5	358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.53	24.711	121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.259	15	496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.276	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	442
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3132
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	540
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.535	1.5	1784
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.119	1.5	726
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.039	2	2866
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.742	3	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.939	4.5	959
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2114 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
MEDIUM POSITIONAL	0.41	0.5
MEDIUM THERMAL	0.55	2

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	64	-
R_work	0.287	1201	-
obs	-	-	99.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6962	0.353	0.5348	1.6872	0.2401	1.9313	0.106	-0.2042	-0.189	-0.0047	-0.0863	-0.0168	0.2175	-0.1434	-0.0197	0.1715	-0.071	-0.0209	0.1005	0.0311	0.147	28.184	-19.971	23.682
2	2.0117	-0.0472	0.6628	1.8888	-0.0159	2.8298	-0.0332	-0.2105	0.3113	-0.1337	-0.034	0.2234	0.0008	-0.2049	0.0672	0.1224	-0.0153	-0.0399	0.0559	-0.0342	0.217	19.126	3.823	15.597

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A - B	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B - A	-10 - 9999

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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