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万見
- PDB-3oc5: Crystal Structure of the vibrio cholerae secreted colonization fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oc5
タイトルCrystal Structure of the vibrio cholerae secreted colonization factor TcpF
要素Toxin coregulated pilus biosynthesis protein F
キーワードCELL ADHESION / MULTIDOMAIN PROTEIN / immunoglobulin-like (Ig-like) fold
機能・相同性Vibrio cholerae toxin co-regulated pilus biosynthesis protein F, C-terminal domain / Vibrio cholerae toxin co-regulated pilus biosynthesis F / Vibrio cholerae toxin co-regulated pilus biosynthesis F, C-terminal / Vibrio cholerae toxin co-regulated pilus biosynthesis protein F / cell outer membrane / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Toxin coregulated pilus biosynthesis protein F
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Craig, L. / Kolappan, S. / Yuen, A.S.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of the Vibrio cholerae Colonization Factor TcpF and Identification of a Functional Immunogenic Site.
著者: Megli, C.J. / Yuen, A.S. / Kolappan, S. / Richardson, M.R. / Dharmasena, M.N. / Krebs, S.J. / Taylor, R.K. / Craig, L.
履歴
登録2010年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin coregulated pilus biosynthesis protein F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8831
ポリマ－35,8831
非ポリマー00
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Toxin coregulated pilus biosynthesis protein F
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)430,59512
ポリマ－430,59512
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation28_544x,-y-1/2,-z-1/21
crystal symmetry operation32_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation36_544-y,-z-1/2,x-1/21
crystal symmetry operation51_554-x+1/2,y,-z-1/21
crystal symmetry operation54_554z+1/2,-x,-y-1/21
crystal symmetry operation57_554y+1/2,z,x-1/21
crystal symmetry operation74_545-x+1/2,-y-1/2,z1
crystal symmetry operation77_545z+1/2,x-1/2,y1
crystal symmetry operation83_545y+1/2,-z-1/2,-x1
Buried area23980 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area149710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)224.880, 224.880, 224.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432

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要素

#1: タンパク質 Toxin coregulated pilus biosynthesis protein F / TCP pilus biosynthesis protein tcpF


分子量: 35882.938 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-338 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: tcpF, VC_0837 / 発現宿主: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 参照: UniProt: P0C6Q5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.74 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: (NH4)2 H PO4 1M, Imidazole 100 mM, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9116,0.9794
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月15日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91161
20.97941
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 19524 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→19.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 14.281 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.3 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 977 5 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.23 18547 --
all-19532 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2149 0 0 132 2281
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222214
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.131.9653011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7625285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.24224.46894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.36915332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.275158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211713
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5171.51418
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.97822261
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2913796
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1524.5750
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 68 -
Rwork0.317 1286 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 59.423 Å / Origin y: -38.2792 Å / Origin z: -15.7493 Å
111213212223313233
T0.0672 Å2-0.0558 Å2-0.0734 Å2-0.3089 Å20.1415 Å2--0.1623 Å2
L1.3979 °21.111 °2-0.0279 °2-2.4622 °2-0.7328 °2--1.3789 °2
S-0.1412 Å °0.0477 Å °0.1734 Å °-0.2633 Å °0.3911 Å °0.5952 Å °0.0539 Å °-0.5017 Å °-0.2499 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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