PDB-3oby: Crystal structure of Archaeoglobus fulgidus Pelota reveals inter-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oby

タイトル

Crystal structure of Archaeoglobus fulgidus Pelota reveals inter-domain structural plasticity

要素

Protein pelota homolog

キーワード

HYDROLASE / Sm fold

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA surveillance / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, no-go decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / ribosome disassembly / nonfunctional rRNA decay / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Lee, H.H. / Jang, J.Y. / Yoon, H.-J. / Kim, S.J. / Suh, S.W.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2010
タイトル: Crystal structures of two archaeal Pelotas reveal inter-domain structural plasticity
著者: Lee, H.H. / Jang, J.Y. / Yoon, H.-J. / Kim, S.J. / Suh, S.W.

履歴

登録	2010年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oby.cif.gz	141 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oby.ent.gz	112.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oby.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/3oby ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/3oby	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3obwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6d8z-2 1ysr-d 1mtl-d 3v7o-d 5mn2-2 3ef4-d 1nty-d 5yhx-2 1ys3-d 6jh0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein pelota homolog

B: Protein pelota homolog

80.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein pelota homolog

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein pelota homolog

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.237, 66.685, 98.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.29, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protein pelota homolog 分子量: 40273.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / プラスミド: pET-21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) 参照: UniProt: O29421, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.56 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100mM imidazole pH 6.0, 200mM MgCl2, 8%(w/v) polyethylene glycol 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Photon Factory	BL-6A	1	0.978
シンクロトロン	Photon Factory	BL-6A	2	0.97949, 0.97961, 0.97182

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 4r	1	CCD	2006年3月1日
ADSC QUANTUM 4r	2	CCD	2006年3月1日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	GRAPHITE	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	GRAPHITE	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.978	1
2	0.97949	1
3	0.97961	1
4	0.97182	1

反射

解像度: 2.9→15 Å / Num. all: 18733 / Num. obs: 17950 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

反射シェル

解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.9→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.279	1783	RANDOM
R_work	0.209	-	-
all	-	18733	-
obs	-	17950	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.5956 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5100	0	0	212	5312

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.53

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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