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- PDB-3obf: Crystal structure of putative transcriptional regulator, IclR fam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3obf
タイトルCrystal structure of putative transcriptional regulator, IclR family; targeted domain 129...302
要素Putative transcriptional regulator, IclR family
キーワードtranscription regulator / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix isocitrate lyase regulation / Bacterial transcriptional regulator / IclR helix-turn-helix domain / Transcription regulator IclR, N-terminal / Transcription regulator IclR, C-terminal / : / IclR-type HTH domain profile. / IclR effector binding domain profile. / ArsR-like helix-turn-helix domain / GAF domain ...helix_turn_helix isocitrate lyase regulation / Bacterial transcriptional regulator / IclR helix-turn-helix domain / Transcription regulator IclR, N-terminal / Transcription regulator IclR, C-terminal / : / IclR-type HTH domain profile. / IclR effector binding domain profile. / ArsR-like helix-turn-helix domain / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative transcriptional regulator, IclR family
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter aurescens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Chang, C. / Tesar, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative transcriptional regulator, IclR family; targeted domain 129...302
著者: Chang, C. / Tesar, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative transcriptional regulator, IclR family
B: Putative transcriptional regulator, IclR family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7902
ポリマ－38,7902
非ポリマー00
水2,108117
1
A: Putative transcriptional regulator, IclR family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3951
ポリマ－19,3951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative transcriptional regulator, IclR family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3951
ポリマ－19,3951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.044, 66.978, 70.622
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative transcriptional regulator, IclR family


分子量: 19395.166 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 129-301 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobacter aurescens (バクテリア)
株: TC1 / 遺伝子: AAur_3821 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: A1RB88
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.91 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Citrate, 40% PEG 400, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月12日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 18310 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 32.3
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 4.95 / Num. unique all: 853 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
Cootモデル構築
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.16→48.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 11.492 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.205
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2236 888 5.1 %RANDOM
Rwork0.1737 ---
all0.1761 ---
obs0.1761 18310 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.12 Å2 / Biso mean: 37.4294 Å2 / Biso min: 16.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1 Å20 Å20 Å2
2--2.22 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→48.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2655 0 0 117 2772
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0212806
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4461.9583816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1175370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.64423.281128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.04415468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.671531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212161
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3891.51815
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.52322912
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.633991
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9964.5904
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.82432806
LS精密化 シェル解像度: 2.157→2.213 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 80 -
Rwork0.171 1179 -
all-1259 -
obs-1259 98.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.75630.91020.8890.2790.26680.41330.0264-0.08510.04490.0233-0.02520.0272-0.02-0.0673-0.00120.0172-0.00080.00870.0223-0.00130.018831.495436.068438.4854
22.4967-0.8451-1.56111.20760.40420.8815-0.04-0.0296-0.0155-0.02190.0199-0.07920.05720.01580.02010.02550.0063-0.00470.0377-0.00140.018444.557527.522830.6807
30.6795-0.3058-0.59780.2806-0.0630.3765-0.06060.0218-0.0865-0.00180.02510.02560.0518-0.04750.03550.0197-0.00260.00540.02910.0070.031628.035424.7937.792
40.52760.1665-0.71950.66880.03481.2334-0.01960.0327-0.0052-0.0454-0.01950.02990.03-0.02830.03910.01030.0048-0.00330.0257-0.00620.012839.594726.06925.3792
51.3109-0.4876-0.3341.11650.17830.26440.09530.1362-0.0214-0.0845-0.0879-0.0088-0.021-0.0168-0.00740.01550.0033-0.0040.0320.00130.001443.823928.209115.0063
60.54280.2023-0.07760.41820.23250.54450.01030.0393-0.00190.0406-0.00370.01540.0195-0.0565-0.00670.00610.00260.00030.0340.00510.014631.039533.037726.264
72.83710.6437-1.18951.036-0.92361.1677-0.0369-0.0704-0.0870.03150.0073-0.0508-0.00620.01860.02960.01290.0027-0.00790.0222-0.00340.009574.11933.610633.1358
82.90191.0541.45062.0890.78511.5974-0.0054-0.25430.19420.1339-0.00590.1371-0.0898-0.0210.01120.0205-0.00190.01970.0319-0.01520.02858.931943.20429.8267
93.401-0.6477-0.95950.03420.0420.46650.0389-0.23880.22150.0360.0196-0.0449-0.04980.0847-0.05850.0276-0.0066-0.00420.0194-0.00840.031477.056744.235232.5013
100.73520.31730.40151.08760.02051.0884-0.0062-0.00890.0360.0168-0.0636-0.0196-0.01650.01940.06980.0019-0.0008-0.00170.02910.00140.023662.595644.944223.7707
110.70420.0801-0.02180.478-0.10440.31470.0194-0.00060.0319-0.04050.00260.05760.0143-0.0176-0.0220.01210.00460.00570.0266-0.00560.012456.07344.353114.2112
120.72550.1944-0.10460.4453-0.27250.25820.00690.0292-0.00160.0083-0.01-0.0052-0.00520.01590.0030.0096-0.0003-0.00090.0289-0.00250.013970.880237.42921.7296
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A126 - 151
2X-RAY DIFFRACTION2A152 - 161
3X-RAY DIFFRACTION3A162 - 177
4X-RAY DIFFRACTION4A178 - 194
5X-RAY DIFFRACTION5A195 - 233
6X-RAY DIFFRACTION6A234 - 294
7X-RAY DIFFRACTION7B126 - 151
8X-RAY DIFFRACTION8B152 - 161
9X-RAY DIFFRACTION9B162 - 177
10X-RAY DIFFRACTION10B178 - 194
11X-RAY DIFFRACTION11B195 - 233
12X-RAY DIFFRACTION12B234 - 294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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