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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ob0 | |||||||||
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タイトル | A non-self sugar mimic of the HIV glycan shield shows enhanced antigenicity | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / Fab | |||||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Doores, K.J. / Fulton, Z. / Hong, V. / Patel, M.K. / Scanlan, C.N. / Wormald, M.R. / Finn, M.G. / Burton, D.R. / Wilson, I.A. / Davis, B.G. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010 タイトル: A nonself sugar mimic of the HIV glycan shield shows enhanced antigenicity. 著者: Doores, K.J. / Fulton, Z. / Hong, V. / Patel, M.K. / Scanlan, C.N. / Wormald, M.R. / Finn, M.G. / Burton, D.R. / Wilson, I.A. / Davis, B.G. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ob0.cif.gz | 175.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ob0.ent.gz | 138.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ob0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3ob0_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3ob0_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3ob0_validation.xml.gz | 32.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3ob0_validation.cif.gz | 44.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/3ob0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/3ob0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23201.840 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官 (発現宿主): ovary 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #2: 抗体 | 分子量: 23845.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官 (発現宿主): ovary 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #3: 多糖 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.46 % |
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→30 Å / Num. obs: 21555 / Biso Wilson estimate: 59.67 Å2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1OP3 1op3 解像度: 2.85→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8658 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8403 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso max: 229.74 Å2 / Biso mean: 79.1252 Å2 / Biso min: 36.04 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.496 Å | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→30 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.85→2.99 Å / Total num. of bins used: 11
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