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万見
- PDB-3oad: Design and optimization of new piperidines as renin inhibitors -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oad
タイトルDesign and optimization of new piperidines as renin inhibitors
要素(Renin) x 2
キーワードHYDROLASE / Protease / Blood
機能・相同性
機能・相同性情報


renin / mesonephros development / juxtaglomerular apparatus development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / drinking behavior / regulation of MAPK cascade / response to immobilization stress / amyloid-beta metabolic process / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins ...renin / mesonephros development / juxtaglomerular apparatus development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / drinking behavior / regulation of MAPK cascade / response to immobilization stress / amyloid-beta metabolic process / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / cell maturation / angiotensin maturation / response to cAMP / insulin-like growth factor receptor binding / hormone-mediated signaling pathway / kidney development / regulation of blood pressure / male gonad development / apical part of cell / cellular response to xenobiotic stimulus / peptidase activity / response to lipopolysaccharide / aspartic-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Renin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Renin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Prade, L.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: Design and optimization of new piperidines as renin inhibitors.
著者: Corminboeuf, O. / Bezencon, O. / Grisostomi, C. / Remen, L. / Richard-Bildstein, S. / Bur, D. / Prade, L. / Hess, P. / Strickner, P. / Fischli, W. / Steiner, B. / Treiber, A.
履歴
登録2010年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Renin
B: Renin
C: Renin
D: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0798
ポリマ－75,3114
非ポリマー1,7684
水2,612145
1
A: Renin
B: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5404
ポリマ－37,6562
非ポリマー8842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area14710 Å2
手法PISA
2
C: Renin
D: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5404
ポリマ－37,6562
非ポリマー8842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area15110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.666, 93.405, 118.271
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Renin / Angiotensinogenase


分子量: 18225.455 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUE 67-232 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: REN
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P00797, renin
#2: タンパク質 Renin


分子量: 19430.055 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUE 237-406 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: REN
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P00797, renin
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-LPO / (3S,4R)-N-[2-chloro-5-(2-methoxyethyl)benzyl]-N-cyclopropyl-4-{6-[2-(2,6-dichloro-4-methylphenoxy)ethoxy]pyridin-3-yl}-4-hydroxypiperidine-3-carboxamide / (3'S,4'R)-6-[2-(2,6-Dichloro-4-methyl-phenoxy)-ethoxy]-4'-hydroxy-1',2',3',4',5',6'-hexahydro-[3,4']bipyridinyl-3'-carboxylic acid [2-chloro-5-(2-methoxy-ethyl)-benzyl]-cyclopropyl-amide


分子量: 663.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H38Cl3N3O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT A SEQUENCE COMPOSED OF FOUR RESIDUES (-233ENS236Q-) HAS BEEN CLEAVED AWAY TO ...AUTHORS STATE THAT A SEQUENCE COMPOSED OF FOUR RESIDUES (-233ENS236Q-) HAS BEEN CLEAVED AWAY TO ACTIVATE THE PROTEASE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.8 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.75
詳細: 20-30% PEG 4000 0.6M KCl or NaCl, pH 4.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月20日
放射モノクロメーター: si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→59.1 Å / Num. all: 39861 / Num. obs: 35174 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.17→2.3 Å / % possible all: 37.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.17→59.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 5.451 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29064 1772 5 %RANDOM
Rwork0.2133 ---
obs0.21713 33347 88.1 %-
all-35174 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.256 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.39 Å20 Å20 Å2
2--5.45 Å20 Å2
3----4.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→59.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5161 0 116 145 5422
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225427
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5061.9787374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.615667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.38923.982221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.99915856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3651520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2819
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024074
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.22425
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.23659
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2300
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2390.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1370.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.85433378
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.88155346
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.88732355
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.74152022
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.225 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 28 -
Rwork0.298 462 -
obs--16.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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