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万見
- PDB-3o8v: Crystal Structure of the Tudor Domains from FXR1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o8v
タイトルCrystal Structure of the Tudor Domains from FXR1
要素Fragile X mental retardation syndrome-related protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / Structural Genomics Consortium / SGC / Tandem Tudor / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mRNA catabolic process / regulation of translation at presynapse, modulating synaptic transmission / skeletal muscle organ development / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / animal organ development / nuclear pore localization / RNA strand annealing activity / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / nuclear pore complex assembly / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity ...negative regulation of mRNA catabolic process / regulation of translation at presynapse, modulating synaptic transmission / skeletal muscle organ development / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / animal organ development / nuclear pore localization / RNA strand annealing activity / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / nuclear pore complex assembly / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / dentate gyrus development / costamere / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / membraneless organelle assembly / intracellular membraneless organelle / muscle organ development / positive regulation of Rho protein signal transduction / mRNA destabilization / negative regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of tumor necrosis factor production / spermatid development / regulation of neurogenesis / mRNA transport / ribonucleoprotein complex binding / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / translation regulator activity / regulation of mRNA stability / positive regulation of translation / mRNA 3'-UTR binding / molecular condensate scaffold activity / negative regulation of inflammatory response / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / nuclear envelope / presynapse / dendritic spine / neuron projection / negative regulation of translation / ribosome / protein heterodimerization activity / axon / apoptotic process / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / protein homodimerization activity / RNA binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fragile X-related 1 protein, C-terminal region 3 / : / : / : / : / : / Fragile X-related 1 protein C-terminal region 3 / Fragile X-related protein 1, C-terminal region 1 / Fragile X-related 1 protein C-terminal region 2 / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal core ...Fragile X-related 1 protein, C-terminal region 3 / : / : / : / : / : / Fragile X-related 1 protein C-terminal region 3 / Fragile X-related protein 1, C-terminal region 1 / Fragile X-related 1 protein C-terminal region 2 / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal core / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1 / Synaptic functional regulator FMRP, KH0 domain / FMR1, tudor domain / Fragile X-related 1 protein core C terminal / FMRP KH0 domain / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, Tudor domain / Agenet-like domain profile. / Agenet-like domain / Agenet domain / KH domain / K Homology domain, type 1 / SH3 type barrels. - #140 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / SH3 type barrels. / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein FXR1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lam, R. / Guo, Y.H. / Adams-Cioaba, M. / Bian, C.B. / Mackenzie, F. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. ...Lam, R. / Guo, Y.H. / Adams-Cioaba, M. / Bian, C.B. / Mackenzie, F. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Structural Studies of the Tandem Tudor Domains of Fragile X Mental Retardation Related Proteins FXR1 and FXR2.
著者: Adams-Cioaba, M.A. / Guo, Y. / Bian, C. / Amaya, M.F. / Lam, R. / Wasney, G.A. / Vedadi, M. / Xu, C. / Min, J.
履歴
登録2010年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fragile X mental retardation syndrome-related protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2451
ポリマ－15,2451
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.857, 71.857, 94.055
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Fragile X mental retardation syndrome-related protein 1 / hFXR1p


分子量: 15245.146 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 2-132 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FXR1 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: P51114
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.87 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 1.4M Ammonium Sulfate, 0.1M HEPES pH 6.8, 0.25 M NaCl, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97904 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月11日 / 詳細: Double crystal monochromator
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97904 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.941
11K, H, -L20.059
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 6291 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 3.016 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.5-2.593.90.5496411.031100
2.59-2.6940.4266261.011100
2.69-2.823.90.3226131.117100
2.82-2.963.90.2366341.323100
2.96-3.1540.1486301.508100
3.15-3.393.90.0876271.93100
3.39-3.7340.0666381.902100
3.73-4.2740.0646291.636100
4.27-5.3840.0566254.988100
5.38-5040.06762813.67499.2

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.5 Å / D res low: 35.93 Å / FOM acentric: 0.346 / FOM centric: 0 / Reflection acentric: 6265 / Reflection centric: 0
Phasing MAD set
IDR cullis acentricR cullis centric最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Reflection acentricReflection centric
ISO_1002.535.9362650
ANO_10.59502.535.9362610
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricReflection acentricReflection centric
ISO_19.66-35.93001050
ISO_16.95-9.66001860
ISO_15.71-6.95002230
ISO_14.96-5.71002870
ISO_14.45-4.96003090
ISO_14.07-4.45003440
ISO_13.77-4.07003710
ISO_13.53-3.77004100
ISO_13.33-3.53004260
ISO_13.16-3.33004530
ISO_13.01-3.16004570
ISO_12.88-3.01004930
ISO_12.77-2.88005260
ISO_12.67-2.77005510
ISO_12.58-2.67005410
ISO_12.5-2.58005830
ANO_19.66-35.930.28701030
ANO_16.95-9.660.22901860
ANO_15.71-6.950.27402230
ANO_14.96-5.710.36602870
ANO_14.45-4.960.40203090
ANO_14.07-4.450.58103440
ANO_13.77-4.070.67103700
ANO_13.53-3.770.64904100
ANO_13.33-3.530.73404260
ANO_13.16-3.330.78704530
ANO_13.01-3.160.87504570
ANO_12.88-3.010.92904930
ANO_12.77-2.880.94905260
ANO_12.67-2.770.97805510
ANO_12.58-2.670.99405410
ANO_12.5-2.581.00205820
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1-24.19958.23229.627SE81.050.91
2-24.81658.45939.46SE72.420.88
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM acentricFOM centricReflection acentricReflection centric
9.66-35.930.61101050
6.95-9.660.64901860
5.71-6.950.61702230
4.96-5.710.55602870
4.45-4.960.55303090
4.07-4.450.47303440
3.77-4.070.403710
3.53-3.770.4504100
3.33-3.530.41104260
3.16-3.330.37804530
3.01-3.160.30704570
2.88-3.010.27404930
2.77-2.880.23805260
2.67-2.770.18905510
2.58-2.670.15705410
2.5-2.580.13705830
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 6263
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
5.76-10055.60.847503
4.6-5.76510.934511
4.01-4.657.80.937502
3.65-4.0157.50.909502
3.39-3.6558.60.898502
3.19-3.3967.40.889511
3.03-3.1972.80.886511
2.89-3.0375.90.871507
2.78-2.89810.794505
2.68-2.7876.70.826503
2.6-2.6882.20.809509
2.5-2.685.80.738697

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法6.1位相決定
REFMACrefmac_5.6.0081精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MxDCデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→35.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.265 / WRfactor Rwork: 0.232 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 10.86 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY, The data is hemohedral twinning with twinning operators: ((H, K, L),(K, H, -L) and corresponding twinned fractions: 0.941, 0.059.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2612 288 4.6 %RANDOM
Rwork0.2183 ---
obs0.2201 6288 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 141.67 Å2 / Biso mean: 71.1447 Å2 / Biso min: 38.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-25.81 Å20 Å20 Å2
2--25.81 Å20 Å2
3----51.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→35.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数805 0 0 1 806
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.022826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.761.9331125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.546598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.8323.8142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.62915116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.117156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021648
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.496-2.5610.468210.21743746099.565
2.561-2.630.413260.29242945699.781
2.63-2.7060.396300.305411441100
2.706-2.7890.371290.297384413100
2.789-2.880.30880.313431439100
2.88-2.980.199180.286349367100
2.98-3.0920.339210.28371392100
3.092-3.2170.297140.267366380100
3.217-3.3590.332220.233338360100
3.359-3.5210.405140.25322336100
3.521-3.710.2450.23335340100
3.71-3.9320.29290.212295304100
3.932-4.20.202140.175260274100
4.2-4.5320.284120.168265277100
4.532-4.9560.2150.165242247100
4.956-5.5280.148100.191217227100
5.528-6.3580.11860.179198204100
6.358-7.7270.346120.204152164100
7.727-10.6830.1780.20512813799.27
10.683-35.9310.11940.268707796.104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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