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- PDB-3kuf: The Crystal Structure of the Tudor Domains from FXR1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kuf
タイトルThe Crystal Structure of the Tudor Domains from FXR1
要素Fragile X mental retardation syndrome-related protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / TANDEM TUDOR / Structural Genomics Consortium / RNA-binding Fragile X mental retardation syndrome-related protein 1 / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mRNA catabolic process / regulation of translation at presynapse, modulating synaptic transmission / skeletal muscle organ development / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / animal organ development / nuclear pore localization / RNA strand annealing activity / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / nuclear pore complex assembly / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity ...negative regulation of mRNA catabolic process / regulation of translation at presynapse, modulating synaptic transmission / skeletal muscle organ development / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / animal organ development / nuclear pore localization / RNA strand annealing activity / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / nuclear pore complex assembly / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / dentate gyrus development / costamere / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / membraneless organelle assembly / intracellular membraneless organelle / muscle organ development / positive regulation of Rho protein signal transduction / mRNA destabilization / negative regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of tumor necrosis factor production / spermatid development / regulation of neurogenesis / mRNA transport / ribonucleoprotein complex binding / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / translation regulator activity / regulation of mRNA stability / positive regulation of translation / mRNA 3'-UTR binding / molecular condensate scaffold activity / negative regulation of inflammatory response / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / nuclear envelope / presynapse / dendritic spine / neuron projection / negative regulation of translation / ribosome / protein heterodimerization activity / axon / apoptotic process / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / protein homodimerization activity / RNA binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fragile X-related 1 protein, C-terminal region 3 / : / : / : / : / : / Fragile X-related 1 protein C-terminal region 3 / Fragile X-related protein 1, C-terminal region 1 / Fragile X-related 1 protein C-terminal region 2 / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal core ...Fragile X-related 1 protein, C-terminal region 3 / : / : / : / : / : / Fragile X-related 1 protein C-terminal region 3 / Fragile X-related protein 1, C-terminal region 1 / Fragile X-related 1 protein C-terminal region 2 / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal core / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1 / Synaptic functional regulator FMRP, KH0 domain / FMR1, tudor domain / Fragile X-related 1 protein core C terminal / FMRP KH0 domain / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, Tudor domain / Agenet-like domain profile. / Agenet-like domain / Agenet domain / KH domain / K Homology domain, type 1 / SH3 type barrels. - #140 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / SH3 type barrels. / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / RNA-binding protein FXR1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Bian, C. / Guo, Y.H. / Adams-Cioaba, M.A. / Mackenzie, F. / Kozieradzki, I. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. ...Bian, C. / Guo, Y.H. / Adams-Cioaba, M.A. / Mackenzie, F. / Kozieradzki, I. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the Tudor domains from Fragile X mental retardation syndrome-related protein 1
著者: Guo, Y.H. / Adams-Cioaba, M. / Bian, C.B. / Min, J.R. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2009年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fragile X mental retardation syndrome-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8607
ポリマ－15,2451
非ポリマー6156
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.102, 73.102, 94.412
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Fragile X mental retardation syndrome-related protein 1 / hFXR1p


分子量: 15245.146 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-132 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FXR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: P51114
#2: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.38 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器日付: 2009年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→26.29 Å / Num. obs: 5131

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0102 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H8Z

3h8z


解像度: 2.7→26.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 43.11 / SU ML: 0.411 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.646 / ESU R Free: 0.36 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29577 237 4.6 %RANDOM
Rwork0.24767 ---
obs0.24986 4891 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 92.725 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0.06 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→26.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数893 0 38 26 957
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.022947
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.881.9721273
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg13.3845104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.88624.250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg26.88215150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.414157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0210.021713
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7971.5538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4652877
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4463409
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.5364.5396
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.705→2.774 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.425 19 -
Rwork0.301 366 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.1047 Å / Origin y: 21.1216 Å / Origin z: -0.6962 Å
111213212223313233
T0.0346 Å2-0.0048 Å2-0.0145 Å2-0.0806 Å20.0096 Å2--0.0822 Å2
L0.7758 °20.9399 °20.6217 °2-1.7532 °21.2755 °2--1.5487 °2
S0.0351 Å °-0.0434 Å °0.0121 Å °-0.0819 Å °-0.0041 Å °0.0189 Å °-0.077 Å °-0.2046 Å °-0.031 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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