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- PDB-3o7m: 1.98 Angstrom resolution crystal structure of a hypoxanthine-guan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o7m
タイトル1.98 Angstrom resolution crystal structure of a hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase (hpt-2) from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'
要素Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Hypoxanthine-Guanine Phosphoribosyltransferase / Salvage of nucleosides and nucleotides / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / Glycosyltransferase / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hypoxanthine phosphoribosyl transferase / : / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Hypoxanthine phosphoribosyltransferase / Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.98 Angstrom resolution crystal structure of a hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase (hpt-2) from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
B: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
C: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
D: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,87019
ポリマ－84,5094
非ポリマー1,36115
水10,052558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10890 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area27370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.499, 122.499, 119.685
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Hypoxanthine phosphoribosyltransferase


分子量: 21127.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames Ancestor
遺伝子: BAS4712, BA_5074, GBAA5074, GBAA_5074, hpt-2, hpt2
プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/Magic
参照: UniProt: Q81KC7, UniProt: A0A6L8PVA4*PLUS, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: protein at 7.4 mg/mL in 10 mM Tris/HCl, pH 8.3, 500 mM NaCl, 5 mM BME. Crystals grew from 2 M AmSO4 0.1 M bis-Tris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月19日 / 詳細: Be-Lenses/Diamond Laue Mono
放射モノクロメーター: Diamond[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→30 Å / Num. all: 63787 / Num. obs: 63787 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 31.29
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 5.15 / Num. unique all: 3146 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H83

3h83


解像度: 1.98→29.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.612 / SU ML: 0.061 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20595 3231 5.1 %RANDOM
Rwork0.16723 ---
obs0.16918 60480 99.95 %-
all-60480 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.827 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å20 Å20 Å2
2---0.42 Å2-0 Å2
3---0.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→29.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5330 0 73 558 5961
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225681
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5811.9837684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81239488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.7835702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.51225.409257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.135151072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.621520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2889
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8841.53434
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2481.51386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.63425625
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.64632247
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3914.52059
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.032 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 210 -
Rwork0.179 4390 -
obs-4390 99.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4977-1.2498-1.76721.87991.73043.014-0.0834-0.013-0.28110.0904-0.04510.19030.2140.04620.12850.059-0.00120.00490.02660.01440.068211.703168.10568.6065
21.26850.3542-0.06252.16410.46961.10020.0606-0.0220.0666-0.02210.0529-0.1977-0.14850.0722-0.11350.0455-0.02080.02850.0117-0.01410.042515.398883.942267.2992
30.7177-0.1978-0.10441.09530.48051.07020.02170.00320.0140.09750.0445-0.14810.01860.2727-0.06620.0505-0.0102-0.00310.08170.00490.080823.23574.752669.4239
43.35291.0257-0.91885.6089-0.80844.51210.0521-0.1287-0.22320.1714-0.15310.22570.3506-0.04240.1010.1590.08960.00810.1021-0.01410.0689-25.490259.14522.024
51.4292-0.82240.37132.7911-0.30591.4580.00920.03930.0272-0.2436-0.03880.02470.0320.24070.02960.09460.05910.00540.08270.00460.0443-24.766576.314521.3628
60.979-0.7080.21661.9861-0.07531.42560.12440.07250.0142-0.2956-0.16380.30940.0254-0.04680.03930.11450.0884-0.01850.0828-0.01520.1008-32.953773.747217.666
74.98321.5872-0.77622.6723-0.26822.72570.0665-0.2851-0.56440.2362-0.0032-0.22080.22590.1329-0.06330.14870.0977-0.02890.15460.06550.1025-18.623366.296241.8856
83.1323-1.60920.27092.53180.36271.7736-0.0403-0.31550.11730.01790.00430.04080.1298-0.14820.0360.04980.04980.01220.12380.00620.0321-32.001975.59538.8185
92.4156-0.17640.06290.58470.49451.8112-0.0429-0.35820.18780.08390.0369-0.0874-0.26440.07210.0060.16390.0921-0.0170.20550.00520.1056-21.901479.153544.396
103.9689-1.5272-2.77691.87751.09293.2519-0.02920.1099-0.2422-0.0658-0.02530.13-0.0429-0.17670.05460.0549-0.009-0.02660.0479-0.00170.05152.936474.620648.8338
112.11470.7024-0.27041.5842-0.30860.530.00250.08660.2669-0.00690.06190.0343-0.06820.0767-0.06440.0458-0.02070.01040.0253-0.00050.042216.105983.48150.2949
121.52830.1319-0.66590.7626-0.09861.6140.04140.17870.1995-0.08110.03860.1396-0.415-0.1549-0.080.15440.0073-0.02870.04890.02270.09365.297687.816648.0048
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2A35 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3A100 - 174
4X-RAY DIFFRACTION4B3 - 25
5X-RAY DIFFRACTION5B26 - 74
6X-RAY DIFFRACTION6B75 - 173
7X-RAY DIFFRACTION7C3 - 34
8X-RAY DIFFRACTION8C35 - 97
9X-RAY DIFFRACTION9C98 - 173
10X-RAY DIFFRACTION10D2 - 34
11X-RAY DIFFRACTION11D35 - 99
12X-RAY DIFFRACTION12D100 - 173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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