PDB-3o7m: 1.98 Angstrom resolution crystal structure of a hypoxanthine-guan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o7m

タイトル

1.98 Angstrom resolution crystal structure of a hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase (hpt-2) from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'

要素

Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Hypoxanthine-Guanine Phosphoribosyltransferase (ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ) / Salvage of nucleosides and nucleotides /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases /

Glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ / guanine phosphoribosyltransferase activity /

hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage /

nucleotide binding /

metal ion binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.98 Angstrom resolution crystal structure of a hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase (hpt-2) from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2010年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o7m.cif.gz	296.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o7m.ent.gz	243.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3o7m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/3o7m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/3o7m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3h83S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5knp-d 1yfz-1 4rqa-2 4rhy-d 4rqb-3 1r3u-1 6zry-d 4lan-d 5kny-d 2p3o-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP01634

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (6) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (6)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

B: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

C: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

D: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

85.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.499, 122.499, 119.685
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Hypoxanthine phosphoribosyltransferase / ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ分子量: 21127.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames Ancestor 遺伝子: BAS4712, BA_5074, GBAA5074, GBAA_5074, hpt-2, hpt2 プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/Magic 参照: UniProt: Q81KC7, UniProt: A0A6L8PVA4*PLUS, ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル / 2-メルカプトエタノール分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: protein at 7.4 mg/mL in 10 mM Tris/HCl, pH 8.3, 500 mM NaCl, 5 mM BME. Crystals grew from 2 M AmSO4 0.1 M bis-Tris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月19日 / 詳細: Be-Lenses/Diamond Laue Mono
放射	モノクロメーター: Diamond[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→30 Å / Num. all: 63787 / Num. obs: 63787 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 31.29
反射シェル	解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 5.15 / Num. unique all: 3146 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3H83

3h83

解像度: 1.98→29.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 4.612 / SU ML: 0.061 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20595	3231	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16723	-	-	-
obs	0.16918	60480	99.95 %	-
all	-	60480	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.827 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.42 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.42 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→29.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5330	0	73	558	5961

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	5681
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3848
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.581	1.983	7684
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.812	3	9488
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.783	5	702
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.512	25.409	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.135	15	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.62	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	889
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6212
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.884	1.5	3434
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.248	1.5	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.634	2	5625
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.646	3	2247
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.391	4.5	2059

LS精密化シェル

解像度: 1.98→2.032 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	210	-
R_work	0.179	4390	-
obs	-	4390	99.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4977	-1.2498	-1.7672	1.8799	1.7304	3.014	-0.0834	-0.013	-0.2811	0.0904	-0.0451	0.1903	0.214	0.0462	0.1285	0.059	-0.0012	0.0049	0.0266	0.0144	0.0682	11.7031	68.105	68.6065
2	1.2685	0.3542	-0.0625	2.1641	0.4696	1.1002	0.0606	-0.022	0.0666	-0.0221	0.0529	-0.1977	-0.1485	0.0722	-0.1135	0.0455	-0.0208	0.0285	0.0117	-0.0141	0.0425	15.3988	83.9422	67.2992
3	0.7177	-0.1978	-0.1044	1.0953	0.4805	1.0702	0.0217	0.0032	0.014	0.0975	0.0445	-0.1481	0.0186	0.2727	-0.0662	0.0505	-0.0102	-0.0031	0.0817	0.0049	0.0808	23.235	74.7526	69.4239
4	3.3529	1.0257	-0.9188	5.6089	-0.8084	4.5121	0.0521	-0.1287	-0.2232	0.1714	-0.1531	0.2257	0.3506	-0.0424	0.101	0.159	0.0896	0.0081	0.1021	-0.0141	0.0689	-25.4902	59.145	22.024
5	1.4292	-0.8224	0.3713	2.7911	-0.3059	1.458	0.0092	0.0393	0.0272	-0.2436	-0.0388	0.0247	0.032	0.2407	0.0296	0.0946	0.0591	0.0054	0.0827	0.0046	0.0443	-24.7665	76.3145	21.3628
6	0.979	-0.708	0.2166	1.9861	-0.0753	1.4256	0.1244	0.0725	0.0142	-0.2956	-0.1638	0.3094	0.0254	-0.0468	0.0393	0.1145	0.0884	-0.0185	0.0828	-0.0152	0.1008	-32.9537	73.7472	17.666
7	4.9832	1.5872	-0.7762	2.6723	-0.2682	2.7257	0.0665	-0.2851	-0.5644	0.2362	-0.0032	-0.2208	0.2259	0.1329	-0.0633	0.1487	0.0977	-0.0289	0.1546	0.0655	0.1025	-18.6233	66.2962	41.8856
8	3.1323	-1.6092	0.2709	2.5318	0.3627	1.7736	-0.0403	-0.3155	0.1173	0.0179	0.0043	0.0408	0.1298	-0.1482	0.036	0.0498	0.0498	0.0122	0.1238	0.0062	0.0321	-32.0019	75.595	38.8185
9	2.4156	-0.1764	0.0629	0.5847	0.4945	1.8112	-0.0429	-0.3582	0.1878	0.0839	0.0369	-0.0874	-0.2644	0.0721	0.006	0.1639	0.0921	-0.017	0.2055	0.0052	0.1056	-21.9014	79.1535	44.396
10	3.9689	-1.5272	-2.7769	1.8775	1.0929	3.2519	-0.0292	0.1099	-0.2422	-0.0658	-0.0253	0.13	-0.0429	-0.1767	0.0546	0.0549	-0.009	-0.0266	0.0479	-0.0017	0.0515	2.9364	74.6206	48.8338
11	2.1147	0.7024	-0.2704	1.5842	-0.3086	0.53	0.0025	0.0866	0.2669	-0.0069	0.0619	0.0343	-0.0682	0.0767	-0.0644	0.0458	-0.0207	0.0104	0.0253	-0.0005	0.0422	16.1059	83.481	50.2949
12	1.5283	0.1319	-0.6659	0.7626	-0.0986	1.614	0.0414	0.1787	0.1995	-0.0811	0.0386	0.1396	-0.415	-0.1549	-0.08	0.1544	0.0073	-0.0287	0.0489	0.0227	0.0936	5.2976	87.8166	48.0048

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	35 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	100 - 174
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	3 - 25
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	26 - 74
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	75 - 173
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	3 - 34
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	35 - 97
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	98 - 173
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	2 - 34
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	35 - 99
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	100 - 173

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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