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- PDB-3o72: Crystal structure of EfeB in complex with heme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o72
タイトルCrystal structure of EfeB in complex with heme
要素Redox component of a tripartite ferrous iron transporter
キーワードHEME-BINDING PROTEIN / EfeB in complex with heme / Heme deferrochelatase / Heme binding
機能・相同性
機能・相同性情報


protoporphyrin ferrochelatase / Metal ion assimilation from the host / iron import into cell / protoporphyrin ferrochelatase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / periplasmic space / hydrolase activity / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Deferrochelatase / : / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold ...Deferrochelatase / : / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Putative hydrolase / Deferrochelatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Liu, X. / Du, Q. / Wang, Z. / Zhu, D. / Huang, Y. / Li, N. / Xu, S. / Gu, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure and biochemical features of EfeB/YcdB from Escherichia coli O157: ASP235 plays divergent roles in different enzyme-catalyzed processes
著者: Liu, X. / Du, Q. / Wang, Z. / Zhu, D. / Huang, Y. / Li, N. / Wei, T. / Xu, S. / Gu, L.
履歴
登録2010年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年3月26日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Redox component of a tripartite ferrous iron transporter
B: Redox component of a tripartite ferrous iron transporter
C: Redox component of a tripartite ferrous iron transporter
D: Redox component of a tripartite ferrous iron transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,24212
ポリマ－177,6484
非ポリマー2,5948
水20,8611158
1
A: Redox component of a tripartite ferrous iron transporter
B: Redox component of a tripartite ferrous iron transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1216
ポリマ－88,8242
非ポリマー1,2974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area30210 Å2
手法PISA
2
C: Redox component of a tripartite ferrous iron transporter
D: Redox component of a tripartite ferrous iron transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1216
ポリマ－88,8242
非ポリマー1,2974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area30280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.640, 155.568, 97.374
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Redox component of a tripartite ferrous iron transporter / EfeB


分子量: 44411.957 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 strain TW1435 / 遺伝子: efeB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C6UPP3, UniProt: Q8XAS4*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE


分子量: 31.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M ammonium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月24日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 104514 / Num. obs: 104514 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 30.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
1.95-2.025.20.4483.699930.44892.4
4.2-507.50.05837.9109870.05899.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345Dtbデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→50 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.05 / σ(I): 0.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2057 1929 1.91 %RANDOM
Rwork0.1703 ---
all0.171 100818 --
obs0.171 100818 92.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.271 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7286 Å20 Å2-2.516 Å2
2--2.876 Å20 Å2
3----1.1474 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11732 0 180 1158 13070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812228
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10616623
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4244493
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761772
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052183
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9502-1.9990.26521140.2053613681
1.999-2.0530.22291330.19647385
2.053-2.11340.24171290.1834664686
2.1134-2.18160.25131330.1903665188
2.1816-2.25960.23741310.1803669188
2.2596-2.35010.2211420.1821683590
2.3501-2.4570.24411290.1865699092
2.457-2.58650.25711370.1861719994
2.5865-2.74850.21761400.1817730996
2.7485-2.96070.22751390.1792747998
2.9607-3.25860.20971510.1737752899
3.2586-3.72980.19451510.15487599100
3.7298-4.69820.14881480.14087655100
4.6982-500.17931520.16157698100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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