PDB-3o6n: Crystal Structure of APL1 leucine-rich repeat domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o6n

タイトル

Crystal Structure of APL1 leucine-rich repeat domain

要素

APL1

キーワード

PROTEIN BINDING / leucine-rich repeat

機能・相同性

Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Baxter, R.H.G. / Steinert, S. / Chelliah, Y. / Volohonsky, G. / Levashina, E.A. / Deisenhofer, J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: A heterodimeric complex of the LRR proteins LRIM1 and APL1C regulates complement-like immunity in Anopheles gambiae.
著者: Baxter, R.H. / Steinert, S. / Chelliah, Y. / Volohonsky, G. / Levashina, E.A. / Deisenhofer, J.

履歴

登録	2010年7月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o6n.cif.gz	100.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o6n.ent.gz	78.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3o6n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3o6n_validation.pdf.gz	772.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3o6n_full_validation.pdf.gz	775.3 KB	表示
XML形式データ	3o6n_validation.xml.gz	19.7 KB	表示
CIF形式データ	3o6n_validation.cif.gz	29.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/3o6n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/3o6n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3o53C 3ojaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3v71-d 3zik-1 5xzx-d 5ja7-d 6bwa-d 6bvv-d 3h3d-1 3bx2-1 5ekg-d 2f1k-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: APL1

ヘテロ分子

46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.770, 70.350, 161.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological unit is a monomer. There is one biological unit in the asymmetric unit (chain A and chain B).

#1: タンパク質

APL1

分子量: 45130.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
株: G3 / 遺伝子: APL1 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 16% PEG 8000, 0.1M NaCl, 0.1M Na-Hepes, 0.2M Calcium acetate, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9395 Å / 相対比: 1

反射

最高解像度: 1.49 Å / Num. obs: 56125 / % possible obs: 76.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 25.642 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 16.72

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.49-1.53		0.013	0.7	2984	1306	24.7
1.53-1.57		0.013	1.2	5390	1878	36.1
1.57-1.62		0.013	1.7	7826	2221	43.5
1.62-1.67		0.013	2.4	10370	2503	51.2
1.67-1.72		0.013	3.4	13386	2856	59.5
1.72-1.78		0.013	4.4	16631	3206	69.2
1.78-1.85		0.013	5.7	20621	3598	79.9
1.85-1.92		0.013	7.8	27582	4191	98
1.92-2.01		0.013	11.3	30087	4125	99.1
2.01-2.11		0.013	14.9	28652	3924	99.6
2.11-2.22		0.013	17.6	27541	3776	99.4
2.22-2.36		0.013	21	25836	3548	99.4
2.36-2.52		0.013	23.8	24645	3389	99.6
2.52-2.72		0.013	26.9	22758	3144	99.7
2.72-2.98		0.013	30.5	21082	2939	99.7
2.98-3.33		0.013	33.5	18722	2627	99.6
3.33-3.85		0.013	37.2	16618	2373	99.6
3.85-4.72		0.013	38.2	13605	2013	99.7
4.72-6.67		0.013	37.9	10617	1597	99.3
	6.67	0.013	36.8	5637	911	94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		data processing
PHENIX	1.6.1_357	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→42.796 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU ML: 0.2 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2004	1924	5 %	RANDOM
R_work	0.1692	-	-	-
obs	0.1708	38467	99.23 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.535 Å² / k_sol: 0.368 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.01 Å² / B_iso mean: 26.5874 Å² / B_iso min: 8.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	13.6059 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-5.592 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.0139 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.796 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3072	0	56	384	3512

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3296
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.791	4504
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	532
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	580
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.908	1238

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.85-1.8963	0.2448	131	0.188	2480	2611	97
1.8963-1.9476	0.2045	135	0.1744	2598	2733	99
1.9476-2.0049	0.2279	134	0.1639	2563	2697	99
2.0049-2.0696	0.204	135	0.1558	2555	2690	99
2.0696-2.1436	0.1632	136	0.1511	2588	2724	99
2.1436-2.2294	0.1924	136	0.1539	2572	2708	100
2.2294-2.3308	0.1897	136	0.1594	2593	2729	100
2.3308-2.4537	0.2157	138	0.1617	2604	2742	99
2.4537-2.6074	0.2122	138	0.1671	2637	2775	100
2.6074-2.8087	0.217	138	0.1763	2604	2742	100
2.8087-3.0913	0.2106	138	0.1833	2626	2764	100
3.0913-3.5384	0.1923	141	0.1789	2667	2808	100
3.5384-4.4573	0.1719	140	0.148	2668	2808	100
4.4573-42.8071	0.1996	148	0.1816	2788	2936	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7389	0.3533	-0.0497	0.4296	0.39	1.066	0.1364	-0.3558	-0.0592	0.2863	-0.0495	-0.0334	0.5252	0.4036	-0.0764	0.2873	0.1003	-0.0354	0.3895	-0.0578	0.1467	9.5451	73.6387	41.1392
2	0.8355	0.0013	-0.2085	0.3448	0.1809	1.2868	-0.0499	-0.1588	0.114	0.032	0.077	0.049	-0.0177	0.052	-0.0024	0.1219	0.0268	-0.0126	0.1306	-0.0501	0.1453	4.524	80.499	21.6631
3	0.3803	-0.1433	-0.497	0.6543	0.2072	0.6188	0.0225	0.0218	0.1186	-0.0325	-0.0288	0.0179	-0.007	-0.063	-0.0001	0.0889	0.0044	-0.0084	0.0963	0.0034	0.121	6.7747	73.8815	-4.0702
4	0.2898	-0.2345	-0.271	1.1341	0.6803	0.6734	-0.0126	0.0415	0.0095	-0.1708	0.0568	-0.0628	-0.0111	-0.0192	-0.0481	0.1028	-0.0078	-0.0044	0.0559	0.0016	0.0415	12.5328	59.2852	-17.662
5	0.3602	-0.1669	0.1045	0.3386	-0.0639	0.1968	0.058	0.0435	-0.2397	-0.0495	-0.068	0.0317	0.217	-0.1106	-0.032	0.2227	-0.0325	-0.0241	0.1732	-0.0359	0.18	10.3687	41.5941	-20.9485

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 140:192)	A	140 - 192
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 193:317)	A	193 - 317
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 318:397)	A	318 - 397
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 398:485)	A	398 - 485
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 486:523)	A	486 - 523

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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