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- PDB-3o6e: Crystal Structure of human Hiwi1 PAZ domain (residues 277-399) in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o6e
タイトルCrystal Structure of human Hiwi1 PAZ domain (residues 277-399) in complex with 14-mer RNA (12-bp + 2-nt overhang) containing 2'-OCH3 at its 3'-end
要素
  • Piwi-like protein 1
  • RNA (5'-R(*GP*CP*GP*AP*AP*UP*AP*UP*UP*CP*GP*CP*UP*(OMU))-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Piwi / PAZ / RNA silencing / pi-RNA / Hiwi1 / Hili / PAZ domain / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


primary piRNA processing / mRNA cap binding complex binding / : / piRNA-mediated retrotransposon silencing by heterochromatin formation / piRNA binding / piRNA processing / sperm DNA condensation / chromatoid body / dense body / regulatory ncRNA-mediated gene silencing ...primary piRNA processing / mRNA cap binding complex binding / : / piRNA-mediated retrotransposon silencing by heterochromatin formation / piRNA binding / piRNA processing / sperm DNA condensation / chromatoid body / dense body / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / P granule / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / spermatid development / RNA endonuclease activity / meiotic cell cycle / regulation of translation / spermatogenesis / single-stranded RNA binding / mRNA binding / protein kinase binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GAGE / GAGE protein / GAGE / paz domain / paz domain / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain / Piwi domain profile. / Piwi domain ...GAGE / GAGE protein / GAGE / paz domain / paz domain / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Beta Complex / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Piwi-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.904 Å
データ登録者Tian, Y. / Simanshu, D.K. / Ma, J.-B. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Inaugural Article: Structural basis for piRNA 2'-O-methylated 3'-end recognition by Piwi PAZ (Piwi/Argonaute/Zwille) domains.
著者: Tian, Y. / Simanshu, D.K. / Ma, J.B. / Patel, D.J.
履歴
登録2010年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Piwi-like protein 1
A: RNA (5'-R(*GP*CP*GP*AP*AP*UP*AP*UP*UP*CP*GP*CP*UP*(OMU))-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0642
ポリマ－19,0642
非ポリマー00
水1086
1
X: Piwi-like protein 1
A: RNA (5'-R(*GP*CP*GP*AP*AP*UP*AP*UP*UP*CP*GP*CP*UP*(OMU))-3')

X: Piwi-like protein 1
A: RNA (5'-R(*GP*CP*GP*AP*AP*UP*AP*UP*UP*CP*GP*CP*UP*(OMU))-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1284
ポリマ－38,1284
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+3/41
Buried area5940 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area14860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.013, 44.013, 147.024
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 Piwi-like protein 1


分子量: 14625.195 Da / 分子数: 1 / 断片: PAZ domain (UNP Residues 277-399) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIWI, Piwi-like protein 1, PIWIL1 / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96J94
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*CP*GP*AP*AP*UP*AP*UP*UP*CP*GP*CP*UP*(OMU))-3')


分子量: 4438.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1-5% PEG3350, 50 mM NaCl, 50 mM Na-acetate buffer, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月15日 / 詳細: vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 3451 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 1.29 / Net I/σ(I): 32.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.9-36.20.2094.82450.52172.3
3-3.127.20.1883150.62590
3.12-3.279.50.1463200.71492.8
3.27-3.4410.50.1333360.80796.3
3.44-3.6511.40.1223630.974100
3.65-3.9312.20.0983461.164100
3.93-4.3312.20.0833531.397100
4.33-4.9511.90.0753701.697100
4.95-6.2311.40.0793801.738100
6.23-3010.10.0574232.13699.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3O7V

3o7v


解像度: 2.904→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / WRfactor Rfree: 0.2717 / WRfactor Rwork: 0.2279 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7753 / SU B: 51.553 / SU ML: 0.418 / SU R Cruickshank DPI: 0.4752 / SU Rfree: 0.5689 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.569 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3051 305 9 %RANDOM
Rwork0.2515 ---
obs0.2562 3384 95.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 101.65 Å2 / Biso mean: 61.5548 Å2 / Biso min: 33.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.55 Å20 Å20 Å2
2--2.55 Å20 Å2
3----5.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.904→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数855 293 0 6 1154
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0221200
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8422.2711691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2115105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.20825.36641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.42915147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg2.725152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.2202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021800
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1311.5534
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.2582863
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.3383666
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.5224.5828
LS精密化 シェル解像度: 2.904→2.977 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 12 -
Rwork0.332 154 -
all-166 -
obs--67.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.97810.08990.42854.81420.66993.83220.147-0.2495-0.07410.3084-0.10010.34320.1743-0.4318-0.04680.13340.0243-0.01340.250.00230.134211.283924.338363.0024
22.6964-1.8196-1.42532.32050.96720.7537-0.159-0.29860.40470.17590.3628-0.58860.09190.1599-0.20380.27570.00680.00150.2757-0.08540.416232.051436.541158.497
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1X-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2A-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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