PDB-3o5y: The Crystal Structure of the GAF domain of a two-component sensor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o5y

タイトル

The Crystal Structure of the GAF domain of a two-component sensor histidine kinase from Bacillus halodurans to 2.45A

要素

Sensor protein

キーワード

transcription regulator / GAF domain / sensor / histidine / kinase / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus halodurans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Stein, A.J. / Mack, J. / Buck, K. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of the GAF domain of a two-component sensor histidine kinase from Bacillus halodurans to 2.45A
著者: Stein, A.J. / Mack, J. / Buck, K. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o5y.cif.gz	128.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o5y.ent.gz	109.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3o5y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3o5y_validation.pdf.gz	455.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3o5y_full_validation.pdf.gz	459.2 KB	表示
XML形式データ	3o5y_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	3o5y_validation.cif.gz	16.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/3o5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/3o5y	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6rzm-d 6rzj-d 1pq0-d 1wlo-d 4wj7-2 6q2v-2 1kjl-d 3d9o-1 6tf6-d 2yp6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc67311.1

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (8) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (12) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Sensor protein

B: Sensor protein

ヘテロ分子

38.5 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Sensor protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sensor protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.3 kDa, 1 ポリマー
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3

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.961, 96.961, 104.695
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

#1: タンパク質	Sensor protein 分子量: 19160.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: pMCSG7 由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア) 株: C / 遺伝子: cckA, BH0536 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KFE5, histidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.5 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月15日

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 18880 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Χ²: 1.349 / Net I/σ(I): 10.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.45-2.54	8.1	0.626	1853	0.893	100
2.54-2.64	8.1	0.441	1843	0.915	99.9
2.64-2.76	8.1	0.33	1863	0.92	100
2.76-2.9	8.1	0.222	1855	0.962	100
2.9-3.09	8.1	0.145	1870	0.956	99.9
3.09-3.32	8.1	0.085	1866	0.963	100
3.32-3.66	8	0.057	1892	1.003	100
3.66-4.19	7.9	0.044	1908	1.221	100
4.19-5.28	7.7	0.051	1925	2.505	99.7
5.28-50	7.1	0.047	2005	3.304	97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELX		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.45→43.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 16.94 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.269	962	5.1 %	RANDOM
R_work	0.221	-	-	-
obs	0.223	18796	99.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.973 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→43.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2294	0	12	22	2328

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	2344
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.339	1.975	3178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.141	5	287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.051	24.752	101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.959	15	420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.329	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	380
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1712
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.587	1.5	1449
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.144	2	2330
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.791	3	895
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.848	4.5	848

LS精密化シェル

解像度: 2.452→2.516 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.34	84	-
R_work	0.277	1264	-
all	-	1348	-
obs	-	-	99.34 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7304	5.3582	-3.5595	25.0759	-18.3306	13.2966	-0.1902	-0.6837	0.2405	-0.3201	-0.0013	-0.1934	0.1376	-0.1142	0.1915	0.4491	-0.0258	-0.0756	0.3015	-0.0637	0.3286	-45.804	14.4814	-22.4549
2	13.4606	7.621	-17.0726	9.0762	-3.7439	28.4418	-0.3416	0.0001	-0.279	-0.2708	-0.1886	-0.0113	0.2792	-0.2068	0.5302	0.2493	0.023	-0.0573	0.3683	0.0466	0.1799	-49.1444	8.3516	-16.8829
3	9.7216	-1.1429	7.4566	8.569	-0.5719	5.7461	-0.0659	-0.3863	-0.1777	-0.1946	0.2583	0.1324	-0.1454	-0.2339	-0.1924	0.279	-0.0015	0.0683	0.3275	-0.0329	0.1969	-49.6399	4.503	-9.252
4	6.9614	6.0395	-3.3201	5.8759	-4.0315	3.4662	-0.0971	-0.1001	-0.0022	0.1034	0.1502	0.0093	-0.2495	-0.344	-0.0531	0.2656	0.0376	-0.0119	0.2827	-0.0086	0.2412	-43.3767	11.444	-7.3175
5	6.1535	1.0808	-2.3203	2.5908	1.062	5.0734	0.0694	0.7001	0.4887	-0.6182	0.1315	0.2028	-0.3376	0.219	-0.2009	0.3735	-0.0529	0.0007	0.3226	0.0573	0.1811	-31.2511	15.8473	-20.1341
6	5.5449	4.1414	0.3914	4.1478	-1.146	2.01	-0.1979	0.0519	0.4004	-0.1516	0.1596	0.3346	-0.0374	-0.0783	0.0383	0.2979	0.0421	-0.0358	0.2467	0.0123	0.2715	-41.5846	17.8506	-13.4086
7	15.6053	8.0317	5.2516	3.9914	2.6625	1.7388	0.2776	-1.3082	1.0962	0.0589	-0.6304	0.5674	-0.0938	-0.4082	0.3528	0.8423	-0.136	0.1476	0.2123	0.0146	0.4109	-38.9658	22.9901	-8.156
8	7.5964	-0.1949	0.6906	3.2552	-1.1029	0.3913	-0.0611	0.0054	0.1498	-0.2363	0.0028	-0.147	0.0397	0.003	0.0583	0.3305	-0.0305	0.0021	0.2578	-0.0165	0.2265	-27.7876	19.573	-13.1086
9	3.5904	-1.3276	0.867	0.4901	-0.1007	3.0196	0.055	0.0339	0.1148	-0.0003	-0.0052	-0.0676	-0.101	0.1371	-0.0498	0.2515	-0.012	-0.0247	0.2522	-0.0275	0.2947	-26.3593	11.5018	-10.4266
10	26.3402	0.9082	3.9575	7.8336	2.629	1.2416	0.0767	0.1145	-0.5709	0.0166	0.3361	-0.9143	0.0427	0.1488	-0.4128	0.3363	0.0598	-0.0455	0.3556	-0.0596	0.2462	-25.5883	3.8528	-15.2082
11	2.4544	-1.9945	3.4268	4.0851	-2.7218	4.3918	0.2809	0.4022	-0.0421	0.2836	-0.1922	0.0937	0.4223	0.5947	-0.0887	0.3328	0.0995	-0.052	0.4129	0.0192	0.2393	-31.3262	4.1016	-4.2952
12	21.9854	-0.5767	8.4382	2.1614	-6.37	25.4855	0.3308	-0.7524	-0.9879	0.0224	-0.6445	-0.4722	-0.0258	0.5781	0.3137	0.2404	-0.0663	-0.0355	0.5628	0.1952	0.4367	-27.9489	9.733	5.1018
13	5.8135	5.6274	-3.7095	6.1877	-2.638	3.1236	0.1823	-0.2151	-0.0627	0.3065	-0.1835	-0.1242	0.0246	0.1565	0.0012	0.2562	-0.0333	-0.0213	0.2411	-0.0293	0.2979	-27.3491	15.4858	-4.0874
14	1.1009	0.1891	-0.957	4.4893	2.3037	2.4731	0.1086	-0.2547	0.1196	0.2449	-0.126	0.2002	-0.0602	-0.0099	0.0175	0.2453	-0.0185	-0.0067	0.3178	-0.0383	0.2293	-35.5261	13.0828	-3.0463
15	2.9264	-0.1048	1.5693	5.6707	5.1596	5.5146	0.0338	0.1709	0.1828	-0.2071	0.368	-0.5546	-0.1609	0.4183	-0.4017	0.288	-0.0297	0.0214	0.355	0.007	0.2508	-30.8112	5.5358	-24.4112
16	2.6456	0.9619	-2.9091	0.5572	-0.2927	6.1134	0.1103	-0.0293	0.1637	0.0504	0.0353	0.0381	-0.1107	-0.1449	-0.1456	0.2625	0.0249	-0.0251	0.313	-0.0032	0.2312	-39.9388	8.6121	-6.0437
17	2.0739	-1.3381	-2.2112	0.8499	1.7599	8.8689	-0.041	-0.0283	-0.1453	0.0166	-0.0041	0.0873	0.0433	0.122	0.045	0.2585	-0.0336	-0.0307	0.3114	0.0491	0.2406	-40.8804	-1.6495	-3.967
18	1.4003	2.3809	0.1175	3.7809	-0.1821	0.8687	-0.121	0.0224	0.0257	-0.1971	0.1204	0.0582	-0.0217	-0.2327	0.0006	0.2711	0.0289	-0.0411	0.3306	-0.0021	0.2137	-42.3703	-1.1198	-15.7512
19	2.9469	3.6476	-1.0963	6.0412	1.0822	4.2056	-0.0672	0.0114	0.106	-0.0495	0.0391	0.1613	-0.0309	0.1133	0.028	0.2528	-0.0171	-0.0218	0.3012	0.0299	0.2344	-39.4406	3.0131	-22.8276
20	3.4118	5.0933	-12.5759	12.8247	-10.8553	41.6899	-0.3272	1.2091	0.2075	-1.1887	1.5492	-0.8519	-0.2329	-3.6217	-1.222	0.7538	-0.1722	-0.0744	0.5117	0.1144	0.2446	-38.7472	9.8846	-29.3362
21	9.8439	-5.0263	-0.3893	5.9066	5.4275	6.9848	-0.1207	0.6149	0.1676	-0.1053	-0.0184	0.0326	-0.2577	0.3741	0.1391	0.3941	-0.0617	0.104	0.2973	0.0514	0.2821	-4.683	31.1654	-26.7175
22	10.9752	12.0657	6.3595	17.7219	-1.0923	16.306	0.0446	-0.3048	0.0211	-0.0103	-0.1157	-0.0298	0.1045	-0.5185	0.071	0.3088	0.0078	0.0744	0.2145	-0.0034	0.2507	-2.7254	33.8609	-18.2042
23	5.2717	4.1316	-3.348	4.0653	-3.4359	2.8753	-0.0814	0.0737	-0.1234	-0.0317	-0.1209	-0.2318	0.0547	0.0982	0.2023	0.3073	-0.0244	0.0471	0.2642	0.01	0.2643	-0.6001	35.1869	-8.5716
24	1.3973	0.1488	-0.9786	1.4911	0.5482	3.1429	0.0185	0.3232	-0.0249	-0.2514	-0.0121	-0.2835	-0.536	0.2723	-0.0064	0.2839	-0.0394	0.0221	0.2525	0.017	0.2721	-12.1554	30.4385	-15.0484
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39	5.9115	2.1314	4.767	3.3163	7.9826	18.9432	0.0034	0.3238	0.627	-0.1104	0.0533	-0.0039	-0.2479	0.1808	-0.0567	0.4535	-0.0266	0.0247	0.216	0.0965	0.2256	-10.1444	40.2413	-22.2652
40	42.7203	44.8408	25.6647	45.178	26.9899	13.765	-0.442	0.2633	-0.0176	-0.6522	0.3776	0.0914	-0.3111	0.14	0.0644	1.1155	-0.1884	-0.3743	0.4926	0.1144	0.1234	-12.463	33.6429	-33.4369

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	16 - 20
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	21 - 26
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	27 - 31
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	32 - 40
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	41 - 48
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	49 - 54
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	55 - 62
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	63 - 69
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	70 - 74
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	75 - 79
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	80 - 85
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 89
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	90 - 105
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	106 - 113
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	114 - 122
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	123 - 131
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	132 - 137
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	138 - 143
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	144 - 149
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	7 - 12
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	13 - 18
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	19 - 29
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	30 - 34
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	35 - 46
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	47 - 53
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	54 - 61
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	62 - 68
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	69 - 74
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	75 - 80
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	81 - 86
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	87 - 94
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	95 - 100
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	101 - 106
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	107 - 113
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	114 - 122
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	123 - 131
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	132 - 136
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	137 - 147
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	148 - 153

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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