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Yorodumi- PDB-2yp6: Crystal structure of the pneumoccocal exposed lipoprotein thiored... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2yp6 | ||||||
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Title | Crystal structure of the pneumoccocal exposed lipoprotein thioredoxin sp_1000 (Etrx2) from Streptococcus pneumoniae strain TIGR4 in complex with Cyclofos 3 TM | ||||||
Components | THIOREDOXIN FAMILY PROTEINThioredoxin domain | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE TIGR4 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.767 Å | ||||||
Authors | Bartual, S.G. / Shalek, M. / Abdullah, M.R. / Jensch, I. / Asmat, T.M. / Petruschka, L. / Pribyl, T. / Hermoso, J.A. / Hammerschmidt, S. | ||||||
Citation | Journal: Embo Mol.Med. / Year: 2013 Title: Molecular Architecture of Streptococcus Pneumoniae Surface Thioredoxin-Fold Lipoproteins Crucial for Extracellular Oxidative Stress Resistance and Maintenance of Virulence. Authors: Saleh, M. / Bartual, S.G. / Abdullah, M.R. / Jensch, I. / Asmat, T.M. / Petruschka, L. / Pribyl, T. / Gellert, M. / Lillig, C.H. / Antelmann, H. / Hermoso, J.A. / Hammerschmidt, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2yp6.cif.gz | 246.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2yp6.ent.gz | 200.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2yp6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/2yp6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/2yp6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4hqsC 4hqzC 2h1bS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20724.902 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE TIGR4 (bacteria) Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q97R36, UniProt: A0A0H2UPR5*PLUS #2: Chemical | ChemComp-C6W / #3: Chemical | ChemComp-MLI / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.03 % / Description: NONE |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-1 / Wavelength: 1 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Nov 8, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.77→32.81 Å / Num. obs: 82391 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 37.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.77→1.86 Å / Redundancy: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2H1B Resolution: 1.767→32.813 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.33 / Phase error: 18.9 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.767→32.813 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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