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- PDB-3o5w: Binding of kinetin in the active site of mistletoe lectin I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o5w
タイトルBinding of kinetin in the active site of mistletoe lectin I
要素(Beta-galactoside-specific lectin 1 chain ...) x 2
キーワードHYDROLASE / microgravity / cytokinin / active site / Viscum album / Ribosome Inactivating Proteins / kinetin
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
triacetyl-beta-chitotriose / N-(FURAN-2-YLMETHYL)-7H-PURIN-6-AMINE / Beta-galactoside-specific lectin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Viscum album (ヤドリギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Malecki, P.H. / Meyer, A. / Rypniewski, W. / Szymanski, M. / Barciszewski, J. / Betzel, C.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2012
タイトル: Binding of the plant hormone kinetin in the active site of Mistletoe Lectin I from Viscum album.
著者: Malecki, P.H. / Rypniewski, W. / Szymanski, M. / Barciszewski, J. / Meyer, A.
履歴
登録2010年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月10日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / diffrn_source / entity / entity_name_com / exptl_crystal_grow / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-galactoside-specific lectin 1 chain A isoform 1
B: Beta-galactoside-specific lectin 1 chain B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,29716
ポリマ－56,5512
非ポリマー2,74614
水5,585310
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area20530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.573, 107.573, 310.633
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-49-

HOH

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要素

-
Beta-galactoside-specific lectin 1 chain ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-galactoside-specific lectin 1 chain A isoform 1 / Beta-galactoside-specific lectin I / Viscumin / Beta-galactoside-specific lectin I chain A isoform ...Beta-galactoside-specific lectin I / Viscumin / Beta-galactoside-specific lectin I chain A isoform 1 / ML-I A / MLA / rRNA N-glycosidase


分子量: 27881.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Viscum album (ヤドリギ) / 組織: semiparasitic plant / 参照: UniProt: P81446, rRNA N-glycosylase
#2: タンパク質 Beta-galactoside-specific lectin 1 chain B / Beta-galactoside-specific lectin I / Viscumin / Beta-galactoside-specific lectin 1 chain B / Beta- ...Beta-galactoside-specific lectin I / Viscumin / Beta-galactoside-specific lectin 1 chain B / Beta-galactoside-specific lectin I chain B / ML-I B / MLB


分子量: 28670.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Viscum album (ヤドリギ) / 組織: semiparasitic plant / 参照: UniProt: P81446, rRNA N-glycosylase

-
糖 , 3種, 4分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / triacetyl-beta-chitotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 627.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: triacetyl-beta-chitotriose
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 320分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-H35 / N-(FURAN-2-YLMETHYL)-7H-PURIN-6-AMINE


分子量: 215.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9N5O / コメント: ホルモン*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT THE PLANT PROTEINS CAN DIFFER IN SOME CODONS DEPENDING ON THE SEASON AND ON ...THE AUTHORS STATE THAT THE PLANT PROTEINS CAN DIFFER IN SOME CODONS DEPENDING ON THE SEASON AND ON THE HOST WHERE THE MISTLETOE HAS GROWN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: counter-diffusion / pH: 2.5
詳細: 1.0M ammonium sulphate, 0.2M glycine/HCl, pH 2.5, counter diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8162 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月7日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8162 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 30058 / Num. obs: 30058 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
2.7-2.759.1199
2.75-2.89.1199
2.8-2.859.1199.10.899
2.85-2.919.1199.20.828
2.91-2.979.1199.30.668
2.97-3.049.1199.20.583
3.04-3.129199.20.465
3.12-3.29199.30.381
3.2-3.299.1199.30.314
3.29-3.49199.30.255
3.4-3.529199.40.229
3.52-3.669199.10.165
3.66-3.838.9199.60.132
3.83-4.038.9199.50.109
4.03-4.288.8199.40.082
4.28-4.68.8199.50.074
4.6-5.068.7199.50.072
5.06-5.778.6199.40.081
5.77-7.228.4199.40.08
7.22-207.9199.10.036

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1M2T

1m2t


解像度: 2.7→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 18.481 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.305 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22586 1517 5 %RANDOM
Rwork0.17409 ---
obs0.17669 28527 99.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.371 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.52 Å20.76 Å20 Å2
2--1.52 Å20 Å2
3----2.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3922 0 181 310 4413
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0224188
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0491.9845709
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3995508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.0324.121182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.3315627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6511529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2661
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6681.52528
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29324092
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2431660
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6174.51617
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.697→2.767 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 118 -
Rwork0.317 2026 -
obs--98.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.21511.35911.56151.89680.86134.10810.01220.8294-0.384-0.23730.2533-0.4302-0.04870.6085-0.26550.15640.0843-0.01780.3975-0.15820.2282-3.85931.597-24.866
22.40020.76011.55421.17430.78391.67310.04340.4340.0348-0.07580.0010.0742-0.1240.1172-0.04440.14780.0181-0.05840.2059-0.02980.0908-12.81138.689-16.409
31.2335-0.91352.394411.40893.11373.5686-0.0611-0.0169-0.17920.0680.23060.9174-0.25690.0818-0.16960.1755-0.1203-0.10130.21470.03710.1554-3.60545.775-5.157
44.51541.2095-1.31432.7079-0.12684.29710.09010.42730.3788-0.58780.02720.292-0.2621-0.2915-0.11730.18120.026-0.070.02960.02480.06647.99858.99710.653
52.92731.86851.40592.56541.14661.28620.1575-0.0349-0.0863-0.0379-0.04720.1570.1424-0.2115-0.11020.13580.0068-0.08210.06890.01540.05980.94641.19612.984
67.6547-6.88367.164815.2467-4.90468.07520.3116-0.0085-1.36920.43750.34341.38120.7976-0.6575-0.65490.3987-0.1248-0.08680.1853-0.15740.4036-7.30624.4446.597
73.22630.17724.5738-0.62250.46789.949-0.26010.84570.1235-0.4210.20290.081-0.93890.81470.05720.3889-0.1121-0.14610.30630.06670.71033.14754.893-2.853
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2A120 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3A220 - 248
4X-RAY DIFFRACTION4B249 - 315
5X-RAY DIFFRACTION5B316 - 482
6X-RAY DIFFRACTION6B483 - 510
7X-RAY DIFFRACTION7A255 - 257
8X-RAY DIFFRACTION7A500
9X-RAY DIFFRACTION7A601
10X-RAY DIFFRACTION7A801 - 802
11X-RAY DIFFRACTION7B600 - 607
12X-RAY DIFFRACTION7B1
13X-RAY DIFFRACTION7B511
14X-RAY DIFFRACTION7B800
15X-RAY DIFFRACTION7B803

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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