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- PDB-3o5d: Crystal structure of a fragment of FKBP51 comprising the Fk1 and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o5d
タイトルCrystal structure of a fragment of FKBP51 comprising the Fk1 and Fk2 domains
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5
キーワードISOMERASE / Fk-506 binding domain / Hsp90 cochaperone / immunophiline / peptidyl-prolyl isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / chaperone-mediated protein folding / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to bacterium / protein folding ...FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / chaperone-mediated protein folding / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to bacterium / protein folding / protein-macromolecule adaptor activity / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Chitinase A; domain 3 - #40 / Tetratricopeptide repeat / Chitinase A; domain 3 / Tetratricopeptide repeat / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / TPR repeat region circular profile. ...: / Chitinase A; domain 3 - #40 / Tetratricopeptide repeat / Chitinase A; domain 3 / Tetratricopeptide repeat / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Bracher, A. / Kozany, C. / Thost, A.-K. / Hausch, F.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structural characterization of the PPIase domain of FKBP51, a cochaperone of human Hsp90.
著者: Bracher, A. / Kozany, C. / Thost, A.K. / Hausch, F.
履歴
登録2010年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月28日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4822
ポリマ－58,4822
非ポリマー00
水00
1
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2411
ポリマ－29,2411
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2411
ポリマ－29,2411
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.730, 113.730, 112.126
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41

-
要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / Rotamase / 51 kDa FK506-binding protein / 51 kDa ...PPIase FKBP5 / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / Rotamase / 51 kDa FK506-binding protein / 51 kDa FKBP / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / FKBP54 / p54 / FF1 antigen / HSP90-binding immunophilin / Androgen-regulated protein 6


分子量: 29241.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIG6, FKBP5, FKBP51 / プラスミド: pProEx-HtA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon+ RIL / 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.2M (NH4)3-citrate, 20% PEG3350, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→80.42 Å / Num. all: 6065 / Num. obs: 6065 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rsym value: 0.177 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
4-4.223.40.711.130168810.7199.8
4.22-4.473.40.5581.428808440.558100
4.47-4.783.40.3322.326367760.33299.9
4.78-5.163.40.32.525077420.399.6
5.16-5.663.40.2862.622136590.28699.7
5.66-6.323.30.2562.920386160.25699.7
6.32-7.33.20.184.117075350.1899.4
7.3-8.943.20.06910.314924680.06999.6
8.94-12.653.50.04513.912293530.04599.9
12.65-35.9673.20.04413.26051910.04494.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.601 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.305
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å35.97 Å
Translation3 Å35.97 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.19データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1Q1C

1q1c


解像度: 4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.854 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.807 / WRfactor Rfree: 0.3706 / WRfactor Rwork: 0.3555 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7054 / SU B: 225.421 / SU ML: 1.368 / SU R Cruickshank DPI: 1.2278 / SU Rfree: 1.2425 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3438 275 4.6 %RANDOM
Rwork0.3174 ---
obs0.3187 6023 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 319.76 Å2 / Biso mean: 164.8201 Å2 / Biso min: 81.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.22 Å20 Å20 Å2
2--9.22 Å20 Å2
3----18.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3742 0 0 0 3742
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223816
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8151.9785120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6585482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.51224.353170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.21315696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2611522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022886
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1640.21530
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.22551
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1660.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0771.52465
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.1423800
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.14331522
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.2554.51320
LS精密化 シェル解像度: 4→4.1 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 18 -
Rwork0.396 419 -
all-437 -
obs--99.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.12070.12734.6965.46174.098516.13760.13382.0809-1.1643-0.61740.11350.6640.9333-1.247-0.24730.1158-0.6161-0.187-0.80790.06610.8141-40.1384-10.11-5.5041
210.31013.87031.803813.42584.802118.6988-0.1332-0.3786-0.058-1.2113-0.28540.35670.59140.64030.4186-0.95810.1386-0.126-0.8776-0.0092-0.9884-22.563115.55655.6966
312.17252.505-5.4417.8198-2.09417.53680.1943-0.5109-0.77341.4222-0.21221.00351.2689-2.10880.0179-0.3456-0.4084-0.1121-0.37150.29540.7373-67.12916.759827.5144
421.02565.55173.659710.59621.612523.69550.4549-0.7671-0.1158-0.3063-0.33470.4651-1.0087-0.5167-0.1203-1.0180.17130.0379-0.95570.1289-0.9467-41.224134.113816.4383
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 138
2X-RAY DIFFRACTION2A139 - 254
3X-RAY DIFFRACTION3B13 - 138
4X-RAY DIFFRACTION4B139 - 254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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