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- PDB-3o5b: Crystal structure of dimeric KlHxk1 in crystal form VII with gluc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o5b
タイトルCrystal structure of dimeric KlHxk1 in crystal form VII with glucose bound (open state)
要素Hexokinase
キーワードTRANSFERASE / RNASEH-LIKE FOLD / HEXOKINASE / GLYCOLYSIS / GLUCOSE REPRESSION / ATP BINDING / MIG1 BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


mannokinase activity / hexokinase / fructokinase activity / glucokinase activity / mannose metabolic process / D-glucose binding / intracellular glucose homeostasis / glycolytic process / glucose metabolic process / mitochondrion ...mannokinase activity / hexokinase / fructokinase activity / glucokinase activity / mannose metabolic process / D-glucose binding / intracellular glucose homeostasis / glycolytic process / glucose metabolic process / mitochondrion / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1250 / Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. ...Helix Hairpins - #1250 / Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / Hexokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Kuettner, E.B. / Kettner, K. / Keim, A. / Kriegel, T.M. / Strater, N.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of Hexokinase KlHxk1 of Kluyveromyces lactis: A MOLECULAR BASIS FOR UNDERSTANDING THE CONTROL OF YEAST HEXOKINASE FUNCTIONS VIA COVALENT MODIFICATION AND OLIGOMERIZATION.
著者: Kuettner, E.B. / Kettner, K. / Keim, A. / Svergun, D.I. / Volke, D. / Singer, D. / Hoffmann, R. / Muller, E.C. / Otto, A. / Kriegel, T.M. / Strater, N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of hexokinase KlHxk1 from Kluyveromyces lactis
著者: Kuettner, E.B. / Kriegel, T.M. / Keim, A. / Naumann, M. / Strater, N.
履歴
登録2010年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年9月27日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_detector / software / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_source ...chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hexokinase
B: Hexokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,9937
ポリマ－107,3442
非ポリマー6495
水6,359353
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.140, 122.200, 92.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Hexokinase


分子量: 53672.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 株: CBS2359/152 / 遺伝子: KLLA0D11352g, RAG5 / プラスミド: pTSRAG5 / 発現宿主: Kluyveromyces lactis (酵母) / 株 (発現宿主): JA6-delta-rag5 / 参照: UniProt: P33284, hexokinase
#2: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.29 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 1microL reservoir + 1microL protein, reservoir: 18% PEG6000, 0.9M LiCl, 2mM MgCl2, 0.1M Bicine pH 9.0, protein: 10mg/ml Klhxk1, 10mM Tris pH 7.4, 1mM EDTA, 1mM DTT, 0.5mM PMSF, VAPOR ...詳細: 1microL reservoir + 1microL protein, reservoir: 18% PEG6000, 0.9M LiCl, 2mM MgCl2, 0.1M Bicine pH 9.0, protein: 10mg/ml Klhxk1, 10mM Tris pH 7.4, 1mM EDTA, 1mM DTT, 0.5mM PMSF, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8148 Å
検出器タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月19日 / 詳細: Bent, vertically focussing
放射モノクロメーター: Si (111), horizontally focussing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8148 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→30 Å / Num. all: 79077 / Num. obs: 78731 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 38.3 Å2 / Rsym value: 0.035 / Net I/σ(I): 28.4
反射 シェル解像度: 1.97→2.02 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.87 / Num. unique all: 5724 / Rsym value: 0.492 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3O08

3o08


解像度: 1.97→29.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 10.868 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. FULL B FACTORS AND ANISO RECORDS WERE COMPUTED BY CCP4 PROGRAMM TLSANL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25506 1153 1.5 %RANDOM
Rwork0.20437 ---
obs0.20511 77579 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.129 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.95 Å20 Å20 Å2
2--3.38 Å20 Å2
3----2.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→29.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7443 0 39 353 7835
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0227648
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7091.98410366
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9865961
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.26325.227331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.82151350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4011532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.21164
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8374.54756
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.89667690
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.62992892
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.65413.52673
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 87 -
Rwork0.29 5610 -
obs--99.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.55160.56420.13531.30060.70292.4754-0.19640.2117-0.1449-0.17650.1128-0.03880.3383-0.02610.08360.1444-0.04770.02590.0362-0.00030.14182.6709-24.4836-13.2831
22.9365-1.1952-0.66641.8767-0.5612.6107-0.1387-0.1759-0.0402-0.00320.0169-0.16920.18830.25030.12180.07770.0234-0.00250.03060.0030.114425.0323-15.85395.8149
31.7135-0.50642.37250.3644-0.62396.4876-0.27190.30460.08070.0402-0.0374-0.0206-0.30640.62950.30920.0853-0.11110.00180.18250.02410.133435.1853-8.092-35.0681
41.59180.3576-0.74782.883-0.81134.8119-0.0754-0.0227-0.4093-0.1213-0.06770.02530.8289-0.19430.14310.2193-0.12470.01540.2741-0.04560.163614.9578-21.5633-54.666
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 76
2X-RAY DIFFRACTION1A210 - 456
3X-RAY DIFFRACTION2A77 - 209
4X-RAY DIFFRACTION2A457 - 485
5X-RAY DIFFRACTION3B1 - 76
6X-RAY DIFFRACTION3B210 - 456
7X-RAY DIFFRACTION4B77 - 209
8X-RAY DIFFRACTION4B457 - 485

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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