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万見
- PDB-3o4r: Crystal Structure of Human Dehydrogenase/Reductase (SDR family) m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o4r
タイトルCrystal Structure of Human Dehydrogenase/Reductase (SDR family) member 4 (DHRS4)
要素Dehydrogenase/reductase SDR family member 4
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / dehydrogenase/reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


3-keto sterol reductase activity / alcohol dehydrogenase [NAD(P)+] activity / 3beta-hydroxy-5beta-steroid dehydrogenase activity / carbonyl reductase (NADPH) / carbonyl reductase (NADPH) activity / alcohol metabolic process / ketone metabolic process / RA biosynthesis pathway / retinal metabolic process / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity ...3-keto sterol reductase activity / alcohol dehydrogenase [NAD(P)+] activity / 3beta-hydroxy-5beta-steroid dehydrogenase activity / carbonyl reductase (NADPH) / carbonyl reductase (NADPH) activity / alcohol metabolic process / ketone metabolic process / RA biosynthesis pathway / retinal metabolic process / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / retinal dehydrogenase activity / peroxisomal membrane / steroid metabolic process / peroxisomal matrix / Peroxisomal protein import / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / peroxisome / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Dehydrogenase/reductase SDR family member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Ugochukwu, E. / Bhatia, C. / Krojer, T. / Vollmar, M. / Yue, W.W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / von Delft, F. ...Ugochukwu, E. / Bhatia, C. / Krojer, T. / Vollmar, M. / Yue, W.W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / von Delft, F. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Dehydrogenase/Reductase (SDR family) member 4 (DHRS4)
著者: Ugochukwu, E. / Bhatia, C. / Krojer, T. / Vollmar, M. / Yue, W.W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / von Delft, F. / Oppermann, U.
履歴
登録2010年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dehydrogenase/reductase SDR family member 4
B: Dehydrogenase/reductase SDR family member 4
C: Dehydrogenase/reductase SDR family member 4
D: Dehydrogenase/reductase SDR family member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,40815
ポリマ－110,7634
非ポリマー3,64411
水10,917606
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20060 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area33860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.070, 132.200, 133.796
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Dehydrogenase/reductase SDR family member 4 / Short-chain dehydrogenase/reductase family member 4 / NADPH-dependent carbonyl reductase/NADP- ...Short-chain dehydrogenase/reductase family member 4 / NADPH-dependent carbonyl reductase/NADP-retinol dehydrogenase / PHCR / CR / Peroxisomal short-chain alcohol dehydrogenase / PSCD / NADPH-dependent retinol dehydrogenase/reductase / NRDR / humNRDR / SCAD-SRL


分子量: 27690.865 Da / 分子数: 4 / 断片: DHRS4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHRS4, UNQ851/PRO1800 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9BTZ2, carbonyl reductase (NADPH)

-
非ポリマー , 5種, 617分子

#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 606 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.71 %
結晶化温度: 277 K / pH: 7
詳細: 0.1M KSCN30% mPEG 2K, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625
検出器タイプ: MAR225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→29.29 Å / Num. obs: 116449 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZAT

2zat


解像度: 1.7→29.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.605 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 5829 5 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.212 110448 98.6 %-
all-110448 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.8 Å20 Å20 Å2
2--4.56 Å20 Å2
3----0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7416 0 235 606 8257
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0227811
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3722.0110642
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.906312695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.54951022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.54624.12267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.247151291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3081551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021449
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.91855030
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.93152068
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.83878116
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.55492781
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.114112518
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1321medium positional0.10.5
2B1321medium positional0.110.5
3C1321medium positional0.130.5
4D1321medium positional0.120.5
1A1372loose positional0.35
2B1372loose positional0.275
3C1372loose positional0.215
4D1372loose positional0.245
1A1321medium thermal1.012
2B1321medium thermal1.072
3C1321medium thermal1.122
4D1321medium thermal0.882
1A1372loose thermal0.8610
2B1372loose thermal0.8810
3C1372loose thermal0.8810
4D1372loose thermal0.7810
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.449 451 -
Rwork0.439 8116 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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