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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3o4f | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Spermidine Synthase from E. coli | |||||||||
![]() | Spermidine synthase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / AMINOPROPYLTRANSFERASE / POLYAMINE SYNTHASE / ROSSMANN FOLD / POLYAMINE BIOSYNTHESIS / SPERMIDINE BIOSYNTHESIS | |||||||||
機能・相同性 | ![]() thermospermine synthase / spermine synthase / spermine synthase activity / cadaverine aminopropyltransferase activity / thermospermine synthase activity / spermidine synthase / spermidine synthase activity / spermidine biosynthetic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zhou, X. / Tkaczuk, K.L. / Chruszcz, M. / Chua, T.K. / Minor, W. / Sivaraman, J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of Escherichia coli spermidine synthase SpeE reveals a unique substrate-binding pocket 著者: Zhou, X. / Chua, T.K. / Tkaczuk, K.L. / Bujnicki, J.M. / Sivaraman, J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 436.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 361.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 537.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 595.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 81.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 108 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1inlS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33185.215 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.96 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.5M LiSO4, 0.1M Na Hepes, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 69092 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 55.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 1.037 / Net I/σ(I): 20.975 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.97 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.391 / Num. unique all: 6394 / Χ2: 0.426 / % possible all: 94.7 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0070 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1INL 解像度: 2.9→48.294 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 36.465 / SU ML: 0.314 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 110.813 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.294 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3239 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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