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- PDB-3o4f: Crystal Structure of Spermidine Synthase from E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o4f
タイトルCrystal Structure of Spermidine Synthase from E. coli
要素Spermidine synthase
キーワードTRANSFERASE / AMINOPROPYLTRANSFERASE / POLYAMINE SYNTHASE / ROSSMANN FOLD / POLYAMINE BIOSYNTHESIS / SPERMIDINE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


spermine synthase / spermine synthase activity / cadaverine aminopropyltransferase activity / thermospermine synthase / thermospermine synthase activity / spermidine synthase / spermidine synthase activity / spermidine biosynthetic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Spermidine synthase, tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis domain, conserved site / Polyamine biosynthesis (PABS) domain signature. / Spermidine/spermine synthases / Polyamine biosynthesis domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain superfamily / Spermidine synthase tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis (PABS) domain profile. / Spermine/spermidine synthase domain ...Spermidine synthase, tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis domain, conserved site / Polyamine biosynthesis (PABS) domain signature. / Spermidine/spermine synthases / Polyamine biosynthesis domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain superfamily / Spermidine synthase tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis (PABS) domain profile. / Spermine/spermidine synthase domain / Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2 / Vaccinia Virus protein VP39 / Roll / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyamine aminopropyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhou, X. / Tkaczuk, K.L. / Chruszcz, M. / Chua, T.K. / Minor, W. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: The crystal structure of Escherichia coli spermidine synthase SpeE reveals a unique substrate-binding pocket
著者: Zhou, X. / Chua, T.K. / Tkaczuk, K.L. / Bujnicki, J.M. / Sivaraman, J.
履歴
登録2010年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2010年8月18日ID: 3ADN
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_2 ...audit_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI ..._audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Spermidine synthase
B: Spermidine synthase
C: Spermidine synthase
D: Spermidine synthase
E: Spermidine synthase
F: Spermidine synthase
G: Spermidine synthase
H: Spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,46039
ポリマ－265,4828
非ポリマー2,97831
水23413
1
A: Spermidine synthase
B: Spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9478
ポリマ－66,3702
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area22170 Å2
手法PISA
2
C: Spermidine synthase
D: Spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,33112
ポリマ－66,3702
非ポリマー96110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area22200 Å2
手法PISA
3
E: Spermidine synthase
F: Spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,13910
ポリマ－66,3702
非ポリマー7698
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area22130 Å2
手法PISA
4
G: Spermidine synthase
H: Spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0439
ポリマ－66,3702
非ポリマー6727
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area21590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.110, 123.110, 210.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H

-
要素

#1: タンパク質
Spermidine synthase / SpeE / Putrescine aminopropyltransferase / PAPT / SPDSY


分子量: 33185.215 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: SPEE / プラスミド: PCA24N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09158, spermidine synthase
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5M LiSO4, 0.1M Na Hepes, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 69092 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 55.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 1.037 / Net I/σ(I): 20.975
反射 シェル解像度: 2.85→2.97 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.391 / Num. unique all: 6394 / Χ2: 0.426 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0070 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1INL

1inl


解像度: 2.9→48.294 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 36.465 / SU ML: 0.314 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2408 3429 5 %RANDOM
Rwork0.20812 ---
obs0.20975 64857 98.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 110.813 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.294 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17351 0 155 13 17519
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02117927
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0211423
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5651.92624379
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.21327718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.12452191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.05924.227925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.339152675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.7831579
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.22626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0220349
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.023870
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3239 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Atight positional0.160.05
Btight positional0.190.05
Ctight positional0.190.05
Dtight positional0.160.05
Etight positional0.230.05
Ftight positional0.120.05
Gtight positional0.370.05
Htight positional0.180.05
Atight thermal8.90.5
Btight thermal8.540.5
Ctight thermal9.930.5
Dtight thermal8.070.5
Etight thermal8.690.5
Ftight thermal10.40.5
Gtight thermal11.950.5
Htight thermal10.870.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 213 -
Rwork0.341 4263 -
obs--88.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6473-0.8841-0.12572.65420.18252.7034-0.3688-0.17670.64720.22780.2075-0.4318-0.58290.85650.16120.3286-0.1387-0.310.3951-0.13180.516377.6393-35.903839.2055
21.4211-0.3098-0.23213.0518-0.37212.1508-0.2323-0.1010.38430.04180.10750.5807-0.1809-0.4960.12470.14880.1203-0.17710.1632-0.12310.36847.0353-43.542432.4779
32.3454-0.88020.09922.18130.24471.71090.17650.3590.3787-0.2194-0.4172-0.6957-0.60570.55610.24070.3156-0.08170.05990.50550.39960.420727.077215.8008-2.668
42.9868-0.80470.08442.0603-0.19691.98230.10890.3403-0.4717-0.2162-0.2596-0.21360.45190.22110.15070.19820.14380.10060.19080.08620.22518.3677-14.85282.8827
53.4618-0.92260.44191.29950.34042.3564-0.29540.62750.9528-0.36120.0463-0.611-0.70930.77910.24910.424-0.40710.02930.59420.26040.535380.1829-38.4389-1.8323
63.8794-0.13311.21412.22350.95692.49010.30580.373-0.51380.08010.1221-0.42730.60790.9118-0.4280.18870.2172-0.04970.4724-0.10280.199581.4702-69.76985.6799
71.0285-0.4841-0.41564.1732-0.44982.59360.1249-0.21890.27340.7178-0.3406-0.7053-0.77810.61420.21580.5845-0.411-0.24930.3090.12690.225424.839216.681138.4152
81.98621.1273-0.5734.1902-1.6022.59670.29160.20230.63030.93870.20821.2367-1.1053-0.6442-0.49980.54390.27050.27690.18390.08440.4196-6.282520.303331.281
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 280
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 280
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 280
4X-RAY DIFFRACTION4D5 - 280
5X-RAY DIFFRACTION5E5 - 280
6X-RAY DIFFRACTION6F5 - 280
7X-RAY DIFFRACTION7G5 - 280
8X-RAY DIFFRACTION8H5 - 280

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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