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- PDB-3o48: Crystal structure of fission protein Fis1 from Saccharomyces cere... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o48
タイトルCrystal structure of fission protein Fis1 from Saccharomyces cerevisiae
要素Mitochondria fission 1 protein
キーワードPROTEIN BINDING / tetratricopeptide repeat fold / TPR / scaffold / mitochondria / peroxisome / membrane fission
機能・相同性
機能・相同性情報


Class I peroxisomal membrane protein import / peroxisome organization / peroxisome fission / mitochondrial fission / peroxisomal membrane / positive regulation of mitochondrial fission / peroxisome / molecular adaptor activity / mitochondrial outer membrane / apoptotic process ...Class I peroxisomal membrane protein import / peroxisome organization / peroxisome fission / mitochondrial fission / peroxisomal membrane / positive regulation of mitochondrial fission / peroxisome / molecular adaptor activity / mitochondrial outer membrane / apoptotic process / lipid binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Mitochondria fission 1 protein / Fis1, N-terminal tetratricopeptide repeat / Fis1, C-terminal tetratricopeptide repeat / Mitochondria fission protein Fis1, cytosolic domain / Fis1 N-terminal tetratricopeptide repeat / Fis1 C-terminal tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial fission 1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Tooley, J.E. / Khangulov, V. / Heroux, A. / Bosch, J. / Hill, R.B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: The 1.75 Angstrom resolution structure of fission protein Fis1 from Saccharomyces cerevisiae reveals elusive interactions of the autoinhibitory domain
著者: Tooley, J.E. / Khangulov, V. / Lees, J.P. / Schlessman, J.L. / Bewley, M.C. / Heroux, A. / Bosch, J. / Hill, R.B.
履歴
登録2010年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondria fission 1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8401
ポリマ－15,8401
非ポリマー00
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.020, 46.020, 139.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Mitochondria fission 1 protein / Mitochondrial division protein 2


分子量: 15840.047 Da / 分子数: 1
断片: cytosolic domain of fission protein Fis1, UNP residues 1-127
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: FIS1, MDV2, YIL065C / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: P40515
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 20% PEG 8000, 0.2M ammonium sulfate, 0.05 M Tris, 0.05 M NaCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月19日
詳細: meridionally-bent fused silica mirror with palladium and uncoated stripes
放射モノクロメーター: Double silicon (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 15603 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 23.26 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 10.21
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID
1.75-1.826.160.516.840.141
1.8-1.925.330.457.940.111
1.9-223.990.449.130.091
2-2.523.130.3410.640.071
2.5-422.220.3211.740.051
4-521.730.3111.950.041

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
BALBES位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2pqn

2pqn


解像度: 1.75→19.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 4.184 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18788 807 5.3 %RANDOM
Rwork0.16523 ---
obs0.16635 14487 100 %-
all-15294 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.962 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1074 0 0 231 1305
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221137
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8531.9691544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77731954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1055142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.92424.26261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.51415216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.803159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2163
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02239
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0044663
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2774267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79161079
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3986474
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.02510458
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.844 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.189 110 -
Rwork0.159 2031 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.81660.20620.07964.96222.23133.2222-0.04490.3184-0.0688-0.53330.0017-0.1279-0.10780.05710.04320.0949-0.0190.05120.0738-0.01450.077416.59693.12225.264
22.0433-0.2615-0.37692.1445-0.0052.4841-0.00590.04260.07560.01320.0371-0.0879-0.03820.0175-0.03120.00440.0004-0.00280.0065-0.00520.012310.0362.54717.4615
37.4117-3.4129-7.897.62481.382314.70560.20390.9236-0.344-0.4882-0.41570.11280.2173-1.26190.21180.0812-0.0129-0.01050.1493-0.04670.03921.5874-8.682211.5651
42.8754-2.25560.94232.9481-0.3221.5808-0.0661-0.0320.03620.0540.0197-0.07480.1702-0.02330.04630.05150.01170.02130.0227-0.00130.023616.8945-9.868310.0202
56.71791.10614.524.00181.419417.34480.09650.1557-0.40560.0754-0.15860.28181.0391-0.70470.06210.1078-0.06370.05140.0578-0.05040.094710.0785-17.47953.8998
64.8198-3.54643.50153.4348-2.33563.00380.17870.28190.0242-0.1196-0.21220.04980.0050.09380.03350.05810.04030.01780.0652-0.01330.031323.726-17.03852.7825
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2A21 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3A68 - 78
4X-RAY DIFFRACTION4A79 - 96
5X-RAY DIFFRACTION5A97 - 108
6X-RAY DIFFRACTION6A109 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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