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- PDB-3o36: Crystal structure of TRIM24 PHD-Bromo complexed with H4(14-19)K16... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o36
タイトルCrystal structure of TRIM24 PHD-Bromo complexed with H4(14-19)K16ac peptide
要素
  • Histone H4
  • Transcription intermediary factor 1-alpha
キーワードTRANSCRIPTION/Protein Binding / TRIM24 / PHD finger / Bromodomain / H4K16 acetylation / breast cancer / TRANSCRIPTION-Protein Binding complex
機能・相同性
機能・相同性情報


perichromatin fibrils / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / negative regulation of megakaryocyte differentiation / calcium ion homeostasis / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome ...perichromatin fibrils / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / negative regulation of megakaryocyte differentiation / calcium ion homeostasis / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / : / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Signaling by FGFR1 in disease / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / telomere organization / Inhibition of DNA recombination at telomere / RNA Polymerase I Promoter Opening / Meiotic synapsis / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA methylation / regulation of signal transduction by p53 class mediator / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / epithelial cell proliferation / nuclear receptor binding / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / male germ cell nucleus / HDACs deacetylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / protein catabolic process / Transcriptional regulation by small RNAs / euchromatin / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / HDMs demethylate histones / response to peptide hormone / G2/M DNA damage checkpoint / RING-type E3 ubiquitin transferase / NoRC negatively regulates rRNA expression / regulation of protein stability / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / negative regulation of epithelial cell proliferation / HCMV Early Events / p53 binding / ubiquitin protein ligase activity / structural constituent of chromatin / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / nucleosome / nucleosome assembly / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / regulation of apoptotic process / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / chromosome, telomeric region / protein kinase activity / protein ubiquitination / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / signaling receptor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / chromatin / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger ...B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger PHD-type signature. / Ring finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Bromodomain-like / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone Acetyltransferase; Chain A / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Histone-fold / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription intermediary factor 1-alpha / Histone H4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Wang, Z. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: TRIM24 links a non-canonical histone signature to breast cancer.
著者: Tsai, W.W. / Wang, Z. / Yiu, T.T. / Akdemir, K.C. / Xia, W. / Winter, S. / Tsai, C.Y. / Shi, X. / Schwarzer, D. / Plunkett, W. / Aronow, B. / Gozani, O. / Fischle, W. / Hung, M.C. / Patel, D.J. / Barton, M.C.
履歴
登録2010年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription intermediary factor 1-alpha
B: Transcription intermediary factor 1-alpha
D: Histone H4
E: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4368
ポリマ－44,1754
非ポリマー2624
水6,161342
1
A: Transcription intermediary factor 1-alpha
E: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2184
ポリマ－22,0872
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area580 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area11000 Å2
手法PISA
2
B: Transcription intermediary factor 1-alpha
D: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2184
ポリマ－22,0872
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area410 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area10650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.754, 36.347, 126.963
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.67, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Transcription intermediary factor 1-alpha / TIF1-alpha / Tripartite motif-containing protein 24 / RING finger protein 82


分子量: 21318.395 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 824-1006 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM24, RNF82, TIF1, TIF1A / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O15164
#2: タンパク質・ペプチド Histone H4 / H4(14-19)K16ac histone peptide


分子量: 768.888 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 15-20 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62805
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50 mM Bis-Tris (pH 6.5), 30% Polyethylene glycol 3350, 100 mM ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 197 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月22日
放射モノクロメーター: SI mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 43068 / Num. obs: 42284 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2077 / Rsym value: 0.445 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→40 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 2095 -RANDOM
Rwork0.191 ---
all-43068 --
obs-42258 98.1 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2964 0 4 342 3310
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.76 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 195 -
Rwork0.249 --
obs-3927 91.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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