PDB-3o1k: Crystal structure of putative dihydroneopterin aldolase (FolB) fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o1k

タイトル

Crystal structure of putative dihydroneopterin aldolase (FolB) from Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961

要素

Dihydroneopterin aldolase FolB, putative

キーワード

LYASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / clan THBO-biosyn (CL0334) / (PF02152) / dihydroneopterin aldolase / FolB / folic acid and derivative metabolic process (GO:0006760)

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydroneopterin aldolase / dihydroneopterin aldolase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 2o90 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Nocek, B. / Zhou, M. / Papazisi, L. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative dihydroneopterin aldolase (FolB) from Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961
著者: Nocek, B. / Zhou, M. / Papazisi, L. / Anderson, W. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年7月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o1k.cif.gz	205.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o1k.ent.gz	170.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3o1k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/3o1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/3o1k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2o90
類似構造データ	6ojo-1 3r2e-1 1nbu-d 1u68-1 1rry-1 2o90-1 2nm3-1 1rrw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: idp01380

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dihydroneopterin aldolase FolB, putative

B: Dihydroneopterin aldolase FolB, putative

C: Dihydroneopterin aldolase FolB, putative

D: Dihydroneopterin aldolase FolB, putative

ヘテロ分子

59.5 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Dihydroneopterin aldolase FolB, putative

B: Dihydroneopterin aldolase FolB, putative

C: Dihydroneopterin aldolase FolB, putative

D: Dihydroneopterin aldolase FolB, putative

ヘテロ分子

A: Dihydroneopterin aldolase FolB, putative

B: Dihydroneopterin aldolase FolB, putative

C: Dihydroneopterin aldolase FolB, putative

D: Dihydroneopterin aldolase FolB, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
119 kDa, 8 ポリマー
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2

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.098, 101.734, 116.397
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Dihydroneopterin aldolase FolB, putative 分子量: 14870.187 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌) 株: N16961 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q9KUJ6
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.02 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5% isopropanon, 0.1 M Hepes, 10%Peg 4K, 25 % sucrose as cryo protectant, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月19日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→40 Å / Num. all: 41310 / Num. obs: 41277 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 44.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 30
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2045 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: 2o90 / 解像度: 1.95→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 9.444 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24619	2069	5 %	RANDOM
R_work	0.19413	-	-	-
all	0.2	41150	-	-
obs	0.19689	39077	99.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.428 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.21 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3728	0	4	135	3867

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	3804
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2572
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.857	1.962	5147
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.023	3	6281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.969	5	471
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.185	24.475	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.91	15	701
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.567	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	604
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4190
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	734
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.153	1.5	2352
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.353	1.5	955
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.036	2	3795
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.239	3	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.416	4.5	1351
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.951→2.002 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	150	-
R_work	0.274	2782	-
obs	-	-	96.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2494	0.2487	6.0593	0.8489	1.5266	10.3318	-0.1953	0.2363	0.2691	-0.099	-0.0929	0.0385	-0.3388	0.275	0.2882	0.1847	0.0114	-0.0055	0.2148	0.0089	0.1736	24.0032	41.07	37.3297
2	7.5622	3.0301	3.4975	1.7608	-0.0055	4.0422	0.0799	-0.0872	-0.0008	0.052	-0.1326	0.0094	-0.0125	0.2017	0.0528	0.155	0.0451	0.019	0.316	-0.0199	0.1418	41.0393	42.854	50.3892
3	15.875	4.8977	-5.9233	17.6397	-4.624	14.7286	0.2768	-0.3943	0.0712	-0.0011	-0.4173	-0.5749	-0.688	0.7835	0.1405	0.0546	-0.0312	-0.0152	0.6039	0.0351	0.0328	52.9616	47.9858	53.9672
4	12.9143	-0.8158	4.6846	0.353	1.7015	7.7425	0.2395	-0.6643	0.0439	0.0128	0.1191	-0.0802	0.2801	0.0911	-0.3586	0.1884	0.0132	-0.0136	0.314	-0.0265	0.1538	41.2001	44.0068	52.8169
5	3.3009	1.8202	2.7655	1.9042	1.0272	3.7526	-0.0815	0.1888	-0.095	-0.1139	0.0609	-0.0145	-0.1437	0.3224	0.0206	0.1749	0.0356	0.0167	0.205	-0.0099	0.1422	26.5797	39.0825	36.3671
6	1.5885	-2.9997	0.0407	5.8496	-1.9243	4.8767	-0.2049	0.059	-0.0024	0.0451	0.1389	-0.0856	0.3129	0.0166	0.0661	0.3193	-0.0326	0.0005	0.2871	-0.076	0.1636	16.9925	27.6006	32.3659
7	3.8579	5.0663	-3.3847	5.2194	-4.5614	2.3901	0.3009	-0.3097	-0.2878	0.2862	-0.4619	-0.257	-0.1445	0.3174	0.161	0.4498	0.1388	-0.0967	0.295	-0.1102	0.1432	25.8591	29.1258	37.0779
8	26.9184	6.9618	5.9	2.507	0.2154	1.8332	-0.1249	0.0141	-0.6025	-0.4722	-0.0284	-0.4261	0.4623	0.0721	0.1533	0.5189	0.2137	0.1021	0.2986	-0.0145	0.1128	37.1784	32.2488	43.6023
9	2.3152	6.7939	-5.6039	14.0879	-13.6557	15.6504	0.277	-0.0169	-0.9509	0.0832	-0.3739	-1.3379	0.5795	0.9678	0.0969	0.2359	0.2779	-0.2518	0.5498	-0.0374	0.621	46.8111	36.5739	47.6736
10	3.2513	0.9558	-2.5829	0.347	-1.2175	2.1055	0.1732	-0.0957	-0.0849	-0.0365	-0.2797	-0.065	-0.0305	0.3712	0.1065	0.15	0.0198	0.019	0.359	-0.0031	0.1499	45.7694	45.0029	41.2169
11	6.9251	6.8404	5.0295	13.2381	6.9083	23.6776	0.0271	0.3183	0.0783	-0.1185	-0.3027	-0.4377	0.3557	0.6783	0.2757	0.1189	0.0697	0.0345	0.3192	-0.0394	0.1493	38.6285	37.782	34.6918
12	6.5305	-5.4199	0.2869	19.2662	-0.2601	1.7042	-0.244	-0.3111	-0.2865	-0.6005	0.5815	0.3104	0.7415	0.0238	-0.3375	0.397	0.0696	-0.076	0.3314	-0.0729	0.1361	35.0962	33.403	32.198
13	3.2275	3.4954	6.5819	3.8575	6.7733	16.596	-0.0896	0.0669	0.1282	-0.0903	-0.0138	0.0622	-0.0115	0.1414	0.1034	0.1685	0.0069	0.0006	0.2669	0.0255	0.1657	34.0884	47.0319	41.0121
14	3.3222	-0.5487	3.2754	3.7662	3.5747	7.6604	-0.0139	-0.0901	-0.0781	0.054	0.1685	-0.0621	0.0728	0.21	-0.1546	0.2253	-0.0292	0.0164	0.3356	0.0604	0.1179	38.4685	56.4929	52.8455
15	4.2981	3.6745	0.6481	6.9964	7.8067	13.292	-0.2993	0.3406	-0.13	-0.0693	0.2437	-0.1349	0.2104	0.3721	0.0557	0.1695	-0.0104	0.0317	0.4322	0.054	0.1209	36.173	46.4096	33.0132
16	7.1031	-2.2359	-5.3942	4.054	1.5469	8.4373	-0.1552	0.7415	-0.2073	-0.5387	-0.2488	0.1891	0.5118	-0.3367	0.404	0.3803	-0.0531	0.0012	0.2615	0.024	0.1392	23.5636	67.6055	34.9298
17	15.2191	3.769	-8.4344	1.3171	-2.7184	7.0439	-0.0783	-0.0762	-0.2324	0.0637	-0.0735	-0.0135	-0.0817	0.1156	0.1518	0.2246	-0.006	-0.0183	0.1514	-0.021	0.1591	11.8943	63.6405	52.1936
18	9.2623	-0.8	-4.4538	11.6425	2.3104	9.2766	-0.3247	-0.2548	0.1168	-0.3381	0.2274	0.6449	0.5959	-0.7849	0.0973	0.1873	-0.0489	-0.0079	0.3681	0.0203	0.1424	-7.6289	55.5631	53.5468
19	9.9215	1.6847	-5.1696	0.2986	-1.8414	8.8338	0.0697	-0.2179	-0.1158	0.0134	0.0308	-0.0161	-0.0364	-0.2571	-0.1005	0.2088	0.0069	-0.0124	0.1722	0.0057	0.1892	1.9972	58.7635	55.9184
20	4.0498	3.5606	-2.4906	5.491	-3.0275	3.7171	-0.0053	0.0976	0.1148	-0.0913	0.0609	0.1093	-0.0656	-0.058	-0.0556	0.2306	-0.0183	-0.0254	0.1541	0.005	0.1588	17.5438	68.9043	41.524
21	-0.8002	0.7217	0.7734	17.9863	14.557	18.6117	-0.0698	0.1126	-0.0149	0.4835	-0.3407	0.4206	-0.8112	0.5767	0.4105	0.4421	-0.2304	0.0314	0.2049	0.0599	0.1814	28.1856	81.3986	40.6961
22	9.4387	4.2568	-1.367	2.7043	0.8828	0.5193	0.2063	-0.2749	0.4591	-0.0344	-0.2326	0.1425	-0.1366	-0.1578	0.0263	0.4589	-0.106	-0.0592	0.1164	0.052	0.2337	19.1827	79.002	45.4821
23	21.1934	6.0613	-0.8708	5.028	-0.6065	1.7399	0.0081	-0.1363	0.5975	0.121	0.0042	0.283	-0.7283	-0.0145	-0.0123	0.3125	0.0179	-0.0028	0.1133	-0.0193	0.1841	7.4599	73.3047	50.3257
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43	X-RAY DIFFRACTION	43	C	103 - 111
44	X-RAY DIFFRACTION	44	C	112 - 121
45	X-RAY DIFFRACTION	45	C	122 - 128
46	X-RAY DIFFRACTION	46	D	11 - 19
47	X-RAY DIFFRACTION	47	D	20 - 28
48	X-RAY DIFFRACTION	48	D	29 - 33
49	X-RAY DIFFRACTION	49	D	34 - 40
50	X-RAY DIFFRACTION	50	D	41 - 45
51	X-RAY DIFFRACTION	51	D	46 - 53
52	X-RAY DIFFRACTION	52	D	54 - 63
53	X-RAY DIFFRACTION	53	D	64 - 70
54	X-RAY DIFFRACTION	54	D	71 - 76
55	X-RAY DIFFRACTION	55	D	77 - 81
56	X-RAY DIFFRACTION	56	D	82 - 87
57	X-RAY DIFFRACTION	57	D	88 - 100
58	X-RAY DIFFRACTION	58	D	101 - 105
59	X-RAY DIFFRACTION	59	D	106 - 111
60	X-RAY DIFFRACTION	60	D	112 - 128

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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