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- PDB-3o0y: The crystal structure of the putative lipoprotein from Colwellia ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o0y
タイトルThe crystal structure of the putative lipoprotein from Colwellia psychrerythraea
要素lipoprotein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Structural genomics / PSI2 / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / lipoprotein
機能・相同性Protein of unknown function DUF885 / Bacterial protein of unknown function (DUF885) / Putative lipoprotein
機能・相同性情報
生物種Colwellia psychrerythraea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zhang, R. / Chhor, G. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the putative lipoprotein from Colwellia psychrerythraea
著者: Zhang, R. / Chhor, G. / Cobb, G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: lipoprotein
B: lipoprotein
C: lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,82220
ポリマ－204,1433
非ポリマー1,68017
水43,2002398
1
A: lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5766
ポリマ－68,0481
非ポリマー5295
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6387
ポリマ－68,0481
非ポリマー5916
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6087
ポリマ－68,0481
非ポリマー5616
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.954, 94.471, 93.894
Angle α, β, γ (deg.)114.32, 91.11, 100.43
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細It looks like the molecules A,B,C form the trimer in the solution.

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要素

#1: タンパク質 lipoprotein


分子量: 68047.602 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Colwellia psychrerythraea (バクテリア)
株: 34H BAA-681 / 遺伝子: CPS_3202 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q47Z72
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.26 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M Bis-tris pH5.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794, 0.9796
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97961
反射解像度: 1.7→85.13 Å / Num. all: 216434 / Num. obs: 206348 / % possible obs: 95.34 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 9.85
反射 シェル解像度: 1.703→1.747 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 16813 / % possible all: 72.08

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→85.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 3.85 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R Free: 0.092
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18545 10876 5 %RANDOM
Rwork0.14599 ---
obs0.14796 206348 95.34 %-
all-216434 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.486 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20.08 Å20.05 Å2
2--1.36 Å20.48 Å2
3----0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→85.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13838 0 102 2398 16338
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.02214228
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029581
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8331.96819281
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.037323440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.55351751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.56325.083665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.446152463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2961572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.22119
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02115748
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022729
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3331.58738
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4721.53552
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.248214071
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.75935490
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7914.55210
LS精密化 シェル解像度: 1.703→1.747 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 589 -
Rwork0.258 11530 -
obs-12119 72.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.24620.0333-0.01850.2058-0.05750.41320.0171-0.00920.02730.00320.0150.0326-0.035-0.0093-0.03210.0182-0.0010.00110.0062-0.00690.02576.10111.99337.992
20.2924-0.1013-0.02910.47380.09620.20120.0051-0.0211-0.06360.0322-0.0266-0.01070.0080.00450.02150.0091-0.00580.00020.00860.00370.023943.105-24.1494.217
30.1621-0.01210.1530.5575-0.48230.74830.02480.0235-0.0002-0.10830.04230.07880.1239-0.0059-0.06710.0388-0.0047-0.01550.0166-0.00050.0159-1.3388.343-24.111
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 100
2X-RAY DIFFRACTION1A101 - 200
3X-RAY DIFFRACTION1A201 - 300
4X-RAY DIFFRACTION1A301 - 400
5X-RAY DIFFRACTION1A401 - 500
6X-RAY DIFFRACTION1A501 - 609
7X-RAY DIFFRACTION2B25 - 100
8X-RAY DIFFRACTION2B101 - 200
9X-RAY DIFFRACTION2B201 - 300
10X-RAY DIFFRACTION2B301 - 400
11X-RAY DIFFRACTION2B401 - 500
12X-RAY DIFFRACTION2B501 - 609
13X-RAY DIFFRACTION3C25 - 100
14X-RAY DIFFRACTION3C101 - 200
15X-RAY DIFFRACTION3C201 - 300
16X-RAY DIFFRACTION3C301 - 400
17X-RAY DIFFRACTION3C401 - 500
18X-RAY DIFFRACTION3C501 - 606

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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