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- PDB-3o0t: Crystal structure of human phosphoglycerate mutase family member ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o0t
タイトルCrystal structure of human phosphoglycerate mutase family member 5 (PGAM5) in complex with phosphate
要素Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Phosphoglycerate mutase family member 5 / PGAM5 / BXLBv68 / MGC5352 protein / Serine/Threonine phosphatase / mitochondrial protein
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cold-induced thermogenesis / myosin phosphatase activity / positive regulation of mitochondrial fission / Receptor Mediated Mitophagy / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase activity / necroptotic process / GTPase activator activity / macroautophagy ...negative regulation of cold-induced thermogenesis / myosin phosphatase activity / positive regulation of mitochondrial fission / Receptor Mediated Mitophagy / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase activity / necroptotic process / GTPase activator activity / macroautophagy / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / protein-containing complex binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Alfano, I. / Picaud, S. / Filippakopoulos, P. / Barr, A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. ...Chaikuad, A. / Alfano, I. / Picaud, S. / Filippakopoulos, P. / Barr, A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Takeda, K. / Ichijo, H. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structures of PGAM5 Provide Insight into Active Site Plasticity and Multimeric Assembly.
著者: Chaikuad, A. / Filippakopoulos, P. / Marcsisin, S.R. / Picaud, S. / Schroder, M. / Sekine, S. / Ichijo, H. / Engen, J.R. / Takeda, K. / Knapp, S.
履歴
登録2010年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年7月26日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
B: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,06917
ポリマ－46,0072
非ポリマー1,06315
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,06917
ポリマ－46,0072
非ポリマー1,06315
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y+1/2,-z-1/21
Buried area4130 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.960, 73.090, 81.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial / Phosphoglycerate mutase family member 5 / Bcl-XL-binding protein v68


分子量: 23003.281 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 90-289 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGAM5 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3
参照: UniProt: Q96HS1, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG-smear (PEG3350 & PEG MME5K), 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年12月13日
放射モノクロメーター: Flat graphite crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→36.54 Å / Num. all: 34056 / Num. obs: 33999 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 34.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 4896 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0066精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→36.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 6.974 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS BUT NOT OUTPUT TO COORDINATE FILE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22813 1697 5 %RANDOM
Rwork0.18299 ---
obs0.18524 32302 99.98 %-
all-33999 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.081 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.05 Å20 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3----0.94 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.246 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3039 0 64 178 3281
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0213207
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022273
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6721.9664324
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88635466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.835393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.50521.818154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.3915545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.6231540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2477
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02693
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.435 116 -
Rwork0.373 2368 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.03890.1441-0.6660.5370.02841.8417-0.173-0.1745-0.18180.03120.0534-0.01930.44020.270.11960.25480.11480.00940.15850.02520.035118.04-7.137-19.742
22.71311.16232.61622.15140.77034.815-0.25050.10180.1066-0.16150.05250.15180.07660.17330.19790.2381-0.0469-0.01310.11290.01750.06750.287-6.156-22.007
30.36720.4045-0.15370.4737-0.11470.9941-0.0188-0.03590.0380.00490.02590.05440.14120.161-0.00720.1920.049-0.00770.16850.00780.038612.5283.086-17.878
41.4025-1.3926-0.24582.86920.54772.68280.2545-0.0650.7607-0.29430.1641-0.7904-0.46990.4368-0.41860.1524-0.13330.17360.1479-0.06730.446324.36324.867-23.557
51.128-2.0014-0.03153.81190.8682.6260.09830.04070.4084-0.3497-0.1109-0.7028-0.4503-0.07950.01260.27720.031-0.0190.0495-0.00580.1699.56431.527-23.622
61.1784-0.9015-0.26741.7250.48251.08550.051-0.00550.2445-0.12060.0493-0.0685-0.1150.1618-0.10030.1422-0.0159-0.01630.1233-0.00660.075415.26516.971-23.569
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 177
2X-RAY DIFFRACTION2A178 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3A215 - 289
4X-RAY DIFFRACTION4B-1 - 175
5X-RAY DIFFRACTION5B176 - 219
6X-RAY DIFFRACTION6B220 - 289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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