PDB-3o0h: Crystal structure of glutathione reductase from Bartonella henselae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o0h

タイトル

Crystal structure of glutathione reductase from Bartonella henselae

要素

Glutathione reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Bartonella henselae / glutathione reductase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / gluathione reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione-disulfide reductase / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / cellular response to oxidative stress / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bartonella henselae (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of glutathione reductase from Bartonella henselae
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Staker, B.

履歴

登録	2010年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o0h.cif.gz	377.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o0h.ent.gz	305 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3o0h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/3o0h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/3o0h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2tprS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wpc-1 1bwc-1 2woi-2 2w0h-d 2wov-2 2wpe-1 1nda-1 6oey-d 1aog-d 6b4o-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BaheA.00239.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (8) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (8) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Glutathione reductase

B: Glutathione reductase

ヘテロ分子

108 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.470, 64.650, 90.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.24, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glutathione reductase 分子量: 53140.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bartonella henselae (バクテリア) 株: HOUSTON-1 / 遺伝子: gor, BH06430 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q6G3V4, UniProt: A0A0H3LWY9*PLUS, glutathione-disulfide reductase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 808 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.42 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: JCSG+ SCREEN #H8: 200MM NACL, 100MM BISTRIS PH 5.5, 25% PEG 3350; BAHEA.00239.A AT 29.3MG/ML, PH N/A, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月13日 / 詳細: RIGAKU/OSMIC VariMax HF
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 73462 / Num. obs: 72215 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 26.83 Å² / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 16.03
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 5401 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2tpr modified with CCP4 program CHAINSAW

2tpr

解像度: 1.9→43.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 6.45 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.209	3639	5 %	RANDOM
R_work	0.164	-	-	-
all	0.167	73462	-	-
obs	0.167	72087	98.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.186 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.44 Å²	0 Å²	-0.11 Å²
2-	-	-0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6938	0	110	808	7856

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	7236
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4702
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.514	1.976	9849
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.913	3	11511
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.967	5	931
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.9	24.068	295
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.579	15	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.783	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8070
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1456
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.749	1.5	4536
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.237	1.5	1899
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.281	2	7289
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.249	3	2700
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.46	4.5	2549
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.275	249	-
R_work	0.211	4721	-
obs	-	-	92.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6541	-0.4815	1.3389	0.7026	-1.3579	3.6251	0.0276	-0.0352	-0.0454	-0.065	0.0158	0.0336	0.2022	-0.0564	-0.0433	0.0791	-0.0044	0.0074	0.0238	-0.0148	0.0986	13.626	25.159	-3.532
2	1.7065	-0.1612	-0.7762	2.8807	0.9461	2.2447	0.0164	0.0876	0.1128	-0.2807	0.0815	-0.3508	0.0386	0.3479	-0.0979	0.0708	0.0413	0.0046	0.1344	0.0149	0.1387	36.218	30.327	6.845
3	1.5623	0.1202	0.4527	1.3688	-0.6421	4.9988	-0.0807	-0.0765	0.1592	0.1291	0.0385	0.0772	-0.3852	0.0617	0.0422	0.0781	-0.014	-0.0021	0.0153	-0.0126	0.0471	13.723	41.936	-10.938
4	2.6682	-1.0462	-0.1383	2.6669	0.6881	1.5182	0.0392	0.0418	0.1385	0.1205	0.0092	-0.1928	-0.0442	0.0638	-0.0484	0.0693	-0.0013	0.0297	0.027	0.017	0.0814	20.118	44.596	19.945
5	1.2578	0.4772	-0.6658	2.4054	-0.319	1.7541	0.1512	-0.0966	0.1408	0.0844	-0.0947	-0.316	-0.2194	0.1315	-0.0565	0.0686	0.0036	0.0222	0.0314	0.0066	0.1022	14.073	48.394	25.284
6	0.475	-0.587	-0.6546	2.2036	1.7702	2.1157	0.0027	-0.0825	-0.0149	0.0611	0.0597	-0.1309	0.027	0.1554	-0.0624	0.0141	-0.0123	-0.0329	0.0582	0.0427	0.0838	15.069	34.665	48.277
7	2.4911	-0.1466	1.0668	1.6683	-0.3797	3.6489	0.0619	-0.2723	-0.1919	0.2206	-0.0013	0.0776	0.2577	-0.2544	-0.0606	0.0596	-0.0213	-0.0074	0.0363	0.0178	0.0844	0.083	15.55	40.847
8	0.3683	-0.0696	0.1021	0.9687	1.5728	3.6651	-0.0073	-0.024	0.0817	-0.1144	-0.0922	0.0553	-0.3021	-0.2165	0.0995	0.0289	0.0108	-0.0119	0.0345	0.0137	0.056	-0.184	42.861	44.896
9	6.3626	-5.3856	-1.3859	9.4779	1.1726	2.1246	0.0039	0.1408	-0.3659	-0.314	-0.0604	0.4429	0.0895	0.0313	0.0566	0.1091	-0.0101	-0.0623	0.0392	-0.009	0.0592	-3.524	31.261	17.038
10	1.8495	-0.2122	-0.9426	2.6432	-0.311	1.7202	0.0341	0.316	-0.1086	-0.3837	-0.0415	0.2789	0.0162	-0.1524	0.0074	0.087	0.0199	-0.0359	0.0603	-0.0154	0.045	-0.377	37.325	16.373

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 148
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	151 - 263
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	264 - 329
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	333 - 412
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	413 - 462
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	3 - 149
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	151 - 263
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	264 - 359
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	360 - 399
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	400 - 462

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)