PDB-3nyv: Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nyv

タイトル

Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK1) in complex with non-specific inhibitor WHI-P180

要素

Calmodulin-domain protein kinase 1

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / serine/threonine protein kinase / transferase / calcium-binding / ATP-binding / calmodulin / EF hand / bumped kinase inhibitor / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Larson, E.T. / Merritt, E.A. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Binding modes of non-specific inhibitors of Calcium-Dependent Protein Kinase 1 (CDPK1) from T. gondii and C. parvum
著者: Larson, E.T. / Ojo, K.K. / Kim, J.E. / Verlinde, C.L.M.J. / Buckner, F.S. / Hol, W.G.J. / Merritt, E.A. / Van Voorhis, W.C.

履歴

登録	2010年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nyv.cif.gz	205.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nyv.ent.gz	163.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nyv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nyv_validation.pdf.gz	723.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nyv_full_validation.pdf.gz	724.8 KB	表示
XML形式データ	3nyv_validation.xml.gz	19.8 KB	表示
CIF形式データ	3nyv_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/3nyv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/3nyv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3i7cS 3i79 3i7b 3mwu 3n51 3ncg S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3v51-d 3sxf-d 3t3u-d 4m84-d 4tzr-d 3n51-d 3t3v-d 4mx9-d 4wg3-d 3hn5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Calmodulin-domain protein kinase 1

ヘテロ分子

56.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.272, 72.297, 67.174
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.610, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Calmodulin-domain protein kinase 1 分子量: 55977.227 Da / 分子数: 1 / 断片: TgCDPK1, residues 30-507 / 由来タイプ: 組換発現詳細: residues 1-29 were replaced with a 3C cleavable His-tag; tag was cleaved prior to crystallization 由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: AAG53993, CDPK1 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9BJF5, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-DTQ / 4-[3-HYDROXYANILINO]-6,7-DIMETHOXYQUINAZOLINE / WHI-P-180 分子量: 297.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₅N₃O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.56 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 27% PEG 3350, 0.275 M ammonium citrate, 5 mM DTT, 2.3 mM WHI-P180; frozen directly in LN2, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月18日

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 36621 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.048 / Χ²: 1.072 / Net I/σ(I): 13.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.88-1.95	4.1	0.481	2.29	3401	1.226	92.8
1.95-2.03	4.2	0.327	3.32	3678	1.085	99.9
2.03-2.12	4.2	0.23	4.49	3661	1.142	100
2.12-2.23	4.2	0.147	7.19	3667	1.046	100
2.23-2.37	4.2	0.119	8.44	3653	1.088	99.9
2.37-2.55	4.2	0.084	12	3706	1.017	100
2.55-2.81	4.3	0.064	15.47	3692	1.034	100
2.81-3.21	4.3	0.04	23.14	3689	1.02	100
3.21-4.05	4.2	0.032	27.08	3715	1.083	99.9
4.05-50	4.2	0.023	32.19	3759	1	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.5.0110	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 3i7c

3i7c

解像度: 1.88→43.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 6.153 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2218	1873	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1726	-	-	-
obs	0.1751	36601	99.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 103.9 Å² / B_iso mean: 37.7362 Å² / B_iso min: 16.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.56 Å²	0 Å²	1.16 Å²
2-	-	-0.87 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→43.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3674	0	22	230	3926

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	3786
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2624
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.285	1.976	5094
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.853	3	6406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.083	5	462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.453	24.833	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.115	15	732
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.901	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	562
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4157
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	745
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.228	4	2278
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.721	4	936
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.428	6	3678
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.193	6	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.382	10	1412

LS精密化シェル

解像度: 1.88→1.928 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	128	-
R_work	0.202	2547	-
all	-	2675	-
obs	-	-	98.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.24	-1.2009	1.1089	4.6126	-1.4864	3.7939	-0.1197	-0.1114	0.1074	0.4243	0.0412	-0.0846	-0.2451	-0.0072	0.0785	0.1431	-0.0096	-0.0433	0.1467	-0.0116	0.1319	13.5696	15.1256	73.8118
2	0.7108	-0.2792	0.5118	1.2494	-0.6149	1.6162	0.0146	-0.0176	0.0507	-0.0106	-0.0677	-0.0891	0.0651	0.0394	0.0531	0.0951	-0.0022	-0.0086	0.1122	-0.0097	0.1258	8.8139	13.9602	58.4228
3	1.1912	-0.2057	0.095	2.2487	0.4602	1.3155	0.0678	0.1334	0.055	-0.3968	-0.0567	-0.1384	0.0248	0.1297	-0.0111	0.1326	0.0257	0.0061	0.112	0.0013	0.0571	8.0195	20.9479	40.4456
4	0.7416	-0.1844	0.3465	0.7961	0.3227	7.9411	-0.1036	-0.0758	0.0503	0.2911	0.1412	-0.1469	-0.2019	-0.1716	-0.0376	0.1419	0.0677	-0.041	0.0977	-0.0034	0.1369	25.1096	34.7475	75.4909
5	2.0858	-2.5016	0.8865	3.2845	-2.2879	5.7359	0.0704	0.0194	-0.0397	-0.1143	-0.0141	0.0574	0.0894	-0.0053	-0.0563	0.1509	0.0205	-0.0845	0.0942	-0.0002	0.0741	30.1772	26.3991	84.1625
6	5.4335	-1.1416	-1.047	0.6785	1.0644	3.2487	-0.0463	0.1309	0.1607	0.012	0.0289	0.1256	-0.1891	0.0048	0.0174	0.0771	-0.002	-0.0026	0.0877	0.0241	0.1497	30.5497	37.9625	53.3718

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	42 - 89
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	90 - 214
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	215 - 334
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	335 - 373
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	374 - 440
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	441 - 507

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