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- PDB-3nyb: Structure and function of the polymerase core of TRAMP, a RNA sur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nyb
タイトルStructure and function of the polymerase core of TRAMP, a RNA surveillance complex
要素
  • Poly(A) RNA polymerase protein 2
  • Protein AIR2
キーワードTRANSFERASE/RNA BINDING PROTEIN / polyA RNA polymerase / zinc knuckle protein / RNA surveillance / Mtr4p binds to Trf4p/Air2p heterodimer / TRANSFERASE-RNA BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


polyadenylation-dependent RNA catabolic process / polyadenylation-dependent ncRNA catabolic process / polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / TRAMP complex / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / meiotic DNA double-strand break formation ...polyadenylation-dependent RNA catabolic process / polyadenylation-dependent ncRNA catabolic process / polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / TRAMP complex / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / meiotic DNA double-strand break formation / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / RNA fragment catabolic process / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / U4 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / RNA 3'-end processing / histone mRNA catabolic process / tRNA modification / negative regulation of DNA recombination / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / base-excision repair / protein-macromolecule adaptor activity / molecular adaptor activity / cell division / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Poly(A) polymerase complex subunit Air1/2, budding yeast / Nucleotidyltransferase Trf4-like / : / : / AIR2-like, CCHC-type 1 zinc finger 4 / Zinc finger, CCHC-type / HIV-1 Nucleocapsid Protein / Poly(a)-polymerase, middle domain - #10 / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase ...Poly(A) polymerase complex subunit Air1/2, budding yeast / Nucleotidyltransferase Trf4-like / : / : / AIR2-like, CCHC-type 1 zinc finger 4 / Zinc finger, CCHC-type / HIV-1 Nucleocapsid Protein / Poly(a)-polymerase, middle domain - #10 / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / : / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Poly(a)-polymerase, middle domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Poly(A) RNA polymerase protein 2 / Protein AIR2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7007 Å
データ登録者Reinisch, K.M. / Hamill, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structure and function of the polymerase core of TRAMP, a RNA surveillance complex.
著者: Hamill, S. / Wolin, S.L. / Reinisch, K.M.
履歴
登録2010年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(A) RNA polymerase protein 2
B: Protein AIR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9904
ポリマ－45,8592
非ポリマー1312
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area18930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.720, 92.720, 103.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 Poly(A) RNA polymerase protein 2 / DNA polymerase sigma / DNA polymerase kappa / Topoisomerase 1-related protein TRF4


分子量: 36459.453 Da / 分子数: 1
断片: central and catalytic domains of Trf4p (UNP residues 161-481)
変異: D293A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PAP2, TRF4, YOL115W, O0716, HRC584 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P53632, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: タンパク質 Protein AIR2 / Arginine methyltransferase-interacting RING finger protein 2


分子量: 9399.759 Da / 分子数: 1
断片: fourth and fifth zinc knuckles of Air2p (UNP residues 118-198)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: AIR2, YDL175C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12476
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 100 mM sodium citrate at pH 5.8, 200 mM sodium acetate, 11% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.28215 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月19日
放射モノクロメーター: cryogenically cooled Si double crystal (111) monochromator
プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28215 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→25 Å / Num. all: 16163 / Num. obs: 16163 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.077
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym value% possible all
2.6-2.690.0822.30.86100
2.69-2.80.1094.30.64100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
SHARP位相決定
CNS精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7007→24.656 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 0.14 / 位相誤差: 27.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2581 979 6.94 %random
Rwork0.1935 ---
obs0.1982 14108 96.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.544 Å2 / ksol: 0.315 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0538 Å2-0 Å20 Å2
2---1.0538 Å2-0 Å2
3---2.1076 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7007→24.656 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3079 0 2 58 3139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063152
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0344260
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1271142
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07464
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004546
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7007-2.84290.32981060.24451727X-RAY DIFFRACTION89
2.8429-3.02080.30171380.23161774X-RAY DIFFRACTION93
3.0208-3.25350.33631410.23631845X-RAY DIFFRACTION97
3.2535-3.580.31371550.21591883X-RAY DIFFRACTION99
3.58-4.0960.2431490.17931916X-RAY DIFFRACTION100
4.096-5.15280.20531390.14461960X-RAY DIFFRACTION100
5.1528-24.6570.21481510.17582024X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2468-0.6808-0.7511.71380.19051.03540.04610.0256-0.2468-0.3362-0.1998-0.11110.08640.2312-0.11510.22450.05490.09860.18110.01110.171558.4413.7212-26.4413
20.76510.2214-0.42291.3288-0.0180.5820.0853-0.1517-0.0211-0.0871-0.1486-0.325-0.05930.1553-0.06630.0443-0.0578-0.01140.17450.05830.176664.887116.7498-1.5634
30.02770.0217-0.01190.02420.08910.04910.51090.6855-0.0929-0.4244-0.67260.36980.0695-0.1318-00.75650.08390.0480.4997-0.2570.39547.5781-2.6239-44.3231
40.1909-0.15690.17680.0797-0.06730.0111-0.14010.111-0.6752-0.8346-0.1662-0.32380.17380.4882-0.00030.7030.0820.260.4914-0.24630.568665.5754-7.4108-38.4191
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1RESSEQ 159:189 OR RESSEQ 303:481
2X-RAY DIFFRACTION2RESSEQ 190:302
3X-RAY DIFFRACTION3RESSEQ 1122:1146 OR RESSEQ 2147
4X-RAY DIFFRACTION4RESSEQ 1160:1198 OR RESSEQ 2148

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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