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- PDB-3ny6: Catalytic fragment of cholix toxin from vibrio cholerae in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ny6
タイトルCatalytic fragment of cholix toxin from vibrio cholerae in complex with inhibitor V30
要素Cholix toxin
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / ALPHA-BETA COMPLEX / ADP-ribosyl Transferase / NAD+ binding / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase / NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity / toxin activity
類似検索 - 分子機能
Exotoxin A catalytic domain / Exotoxin A, binding / Exotoxin A, middle domain / Exotoxin A, middle domain superfamily / Exotoxin A catalytic / Exotoxin A binding / Exotoxin A, targeting / Diphtheria Toxin; domain 1 / Diphtheria Toxin, domain 1 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Exotoxin A catalytic domain / Exotoxin A, binding / Exotoxin A, middle domain / Exotoxin A, middle domain superfamily / Exotoxin A catalytic / Exotoxin A binding / Exotoxin A, targeting / Diphtheria Toxin; domain 1 / Diphtheria Toxin, domain 1 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Chem-V30 / Cholix toxin
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Merrill, A.R. / Jorgensen, R.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2011
タイトル: Newly discovered and characterized antivirulence compounds inhibit bacterial mono-ADP-ribosyltransferase toxins.
著者: Turgeon, Z. / Jorgensen, R. / Visschedyk, D. / Edwards, P.R. / Legree, S. / McGregor, C. / Fieldhouse, R.J. / Mangroo, D. / Schapira, M. / Merrill, A.R.
履歴
登録2010年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cholix toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9275
ポリマ－23,3351
非ポリマー5934
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.489, 64.973, 86.603
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cholix toxin


分子量: 23334.842 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal catalytic domain, residues 459-665 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: TP / 遺伝子: chxa, toxA / プラスミド: pET28A+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: Q5EK40, NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-V30 / 2-[(5,6-dimethyl-4-oxo-3,4-dihydrothieno[2,3-d]pyrimidin-2-yl)sulfanyl]-N-(2-hydroxyethyl)acetamide


分子量: 313.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15N3O3S2
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% PEG-8000, 0.02 M KH2PO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.03796 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月27日
詳細: Multilayer mirror, curved to focus in the vertical (R = 400 m)
放射モノクロメーター: Bent Si (111) crystal, horizontally focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→30 Å / Num. all: 23603 / Num. obs: 23558 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 23.237 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 19.59
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
1.68-1.725.40.5233.790951695169599.9
1.72-1.775.70.4064.4951016831683100
1.77-1.825.70.3235.6911616011601100
1.82-1.885.70.2437.289911586158699.9
1.88-1.945.70.1839.186341525152599.8
1.94-2.015.70.13911.8850114981498100
2.01-2.085.70.1213.4815714411441100
2.08-2.175.70.09716.278781383138399.9
2.17-2.275.70.08418.775141324132499.9
2.27-2.385.60.06921.271801276127699.9
2.38-2.55.70.06323.168771210121099.8
2.5-2.665.70.05725.565151151115199.7
2.66-2.845.60.04928.861961101110199.9
2.84-3.075.60.04132.3565110101010100
3.07-3.365.60.03538530394394399.6
3.36-3.765.50.03243.3471785885899.7
3.76-4.345.40.02947.8422878278299.6
4.34-5.315.40.02648.4346064264299.2
5.31-7.515.20.02746.62798537537100
7.51-304.60.02246144032731295.4

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 39.4 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å29.31 Å
Translation2.5 Å29.31 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2Q6M

2q6m


解像度: 1.68→29.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / WRfactor Rfree: 0.197 / WRfactor Rwork: 0.168 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.87 / SU B: 3.738 / SU ML: 0.059 / SU R Cruickshank DPI: 0.108 / SU Rfree: 0.107 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 1178 5 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.176 23557 100 %-
all-23557 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 43.25 Å2 / Biso mean: 17.342 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å20 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→29.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1547 0 37 266 1850
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0211628
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3631.9562216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7975198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.33223.54479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.4415247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8691513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211264
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6221.5985
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.06121588
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8693643
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0324.5627
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.724 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 84 -
Rwork0.259 1608 -
all-1692 -
obs-1608 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0092-0.30950.077420.70080.06694.36160.05790.02220.0284-0.6813-0.1913-0.81860.4060.35220.13350.14770.03310.04650.14050.03850.18940.76212.399-19.538
24.689-0.79680.17946.1574-2.91365.20850.1050.29420.1016-0.4753-0.0332-0.19330.0260.0632-0.07180.05550.00180.04240.0708-0.00510.05691.828-2.295-21.353
31.9625-0.00840.01512.5693-0.48961.19840.0041-0.15870.18160.14380.01370.0179-0.1113-0.0153-0.01780.0416-0.0040.01310.0498-0.00190.0335-10.974.915-10.046
411.0922-4.65873.643131.172613.389714.5907-0.1416-0.417-0.17752.0968-0.30210.8390.3265-0.22940.44370.25180.01860.05960.2033-0.00870.0717-16.61225.77-9.45
50.2296-1.03740.15664.91-0.68890.4313-0.0197-0.00390.05390.013-0.0076-0.093-0.1455-0.09080.02730.07820.0107-0.02190.0757-0.00440.1156-11.40219.718-16.229
65.38690.4357-0.91193.2825-1.00460.5366-0.0169-0.0934-0.33140.0043-0.0462-0.17180.1011-0.00710.06310.0943-0.0111-0.0250.05520.0130.0339-11.908-10.837-7.085
73.9737-1.24613.59543.0569-1.84957.60570.0278-0.30560.06760.20660.06230.3083-0.146-0.2153-0.09010.0575-0.02320.03550.08440.00430.0499-24.797-7.4320.947
82.5620.7326-0.56851.12620.02350.19470.0561-0.20310.04110.1179-0.0559-0.0005-0.02460.0349-0.00010.0522-0.0002-0.00740.0455-0.0110.008-14.119-2.299-5.876
91.9933-1.8235-0.121611.9084.90854.3029-0.01090.19270.1527-0.5497-0.00650.3582-0.2343-0.12130.01740.0865-0.0227-0.00850.08550.04510.0664-13.9589.965-24.38
106.01744.8232-6.75557.4963-7.094711.222-0.29370.3309-0.225-0.40330.22610.10920.5035-0.42560.06760.0613-0.0004-0.02450.0537-0.01680.0457-12.896-9.181-17.062
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A425 - 435
2X-RAY DIFFRACTION2A436 - 452
3X-RAY DIFFRACTION3A453 - 507
4X-RAY DIFFRACTION4A508 - 513
5X-RAY DIFFRACTION5A514 - 531
6X-RAY DIFFRACTION6A532 - 545
7X-RAY DIFFRACTION7A546 - 562
8X-RAY DIFFRACTION8A563 - 598
9X-RAY DIFFRACTION9A599 - 616
10X-RAY DIFFRACTION10A617 - 628

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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