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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3nxy | ||||||
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タイトル | Preferential Selection of Isomer Binding from Chiral Mixtures: Alernate Binding Modes Observed fro the E- and Z-isomers of a Series of 5-Substituted 2,4-Diaminofuro[2,3-d]pyrimidines as Ternary Complexes with NADPH and Human Dihydrofolate Reductase | ||||||
![]() | Dihydrofolate reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / chiral mixtures preferential binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / axon regeneration / dihydrofolate metabolic process / G1/S-Specific Transcription ...regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / axon regeneration / dihydrofolate metabolic process / G1/S-Specific Transcription / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding / tetrahydrofolate biosynthetic process / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / one-carbon metabolic process / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / NADP binding / negative regulation of translation / mRNA binding / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cody, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Preferential selection of isomer binding from chiral mixtures: alternate binding modes observed for the E and Z isomers of a series of 5-substituted 2,4-diaminofuro[2,3-d]pyrimidines as ...タイトル: Preferential selection of isomer binding from chiral mixtures: alternate binding modes observed for the E and Z isomers of a series of 5-substituted 2,4-diaminofuro[2,3-d]pyrimidines as ternary complexes with NADPH and human dihydrofolate reductase. 著者: Cody, V. / Piraino, J. / Pace, J. / Li, W. / Gangjee, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1014.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1021.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3nxoC ![]() 3nxrC ![]() 3nxtC ![]() 3nxvC ![]() 3nxxC ![]() 1u72S ![]() 3d7x ![]() 3d7y C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21349.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-NDP / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-D2H / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 100 mM K2PO4, 60 % saturated ammonium sulfate, 3% v/v ethanol, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月6日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.975 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→53.3 Å / Num. all: 19048 / Num. obs: 15398 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.278 / Rsym value: 0.307 / Net I/σ(I): 5.3 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.9 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique all: 2789 / Rsym value: 0.037 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1u72 解像度: 1.9→53.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 4.82 / SU ML: 0.138 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.572 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→53.15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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