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- PDB-3nxl: Crystal structure of Glucarate dehydratase from Burkholderia cepa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nxl
タイトルCrystal structure of Glucarate dehydratase from Burkholderia cepacia complexed with magnesium
要素Glucarate dehydratase
キーワードLYASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


glucarate dehydratase activity / glucarate dehydratase / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
D-Glucarate dehydratase-like / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily ...D-Glucarate dehydratase-like / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / glucarate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia sp. 383 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.885 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Gerlt, J.A. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Glucarate dehydratase from Burkholderia cepacia complexed with magnesium
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Gerlt, J.A. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2010年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucarate dehydratase
B: Glucarate dehydratase
C: Glucarate dehydratase
D: Glucarate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,18412
ポリマ－208,8474
非ポリマー3378
水15,853880
1
A: Glucarate dehydratase
C: Glucarate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,5926
ポリマ－104,4232
非ポリマー1694
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glucarate dehydratase
D: Glucarate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,5926
ポリマ－104,4232
非ポリマー1694
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Glucarate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2963
ポリマ－52,2121
非ポリマー842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
B: Glucarate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2963
ポリマ－52,2121
非ポリマー842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
C: Glucarate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2963
ポリマ－52,2121
非ポリマー842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
D: Glucarate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2963
ポリマ－52,2121
非ポリマー842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.289, 121.452, 108.652
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a dimer

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要素

#1: タンパク質
Glucarate dehydratase


分子量: 52211.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia sp. 383 (バクテリア)
遺伝子: Bcep18194_A3396 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39KL8, glucarate dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 880 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 3350,0.2M sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月29日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.885→34.235 Å / Num. all: 167926 / Num. obs: 167926 / % possible obs: 97.52 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.885→34.235 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2207 8434 5.02 %RANDOM
Rwork0.1901 ---
all0.1917 167926 --
obs0.1917 167926 97.52 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.642 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.9297 Å2-0 Å2-6.9204 Å2
2---5.8049 Å2-0 Å2
3----2.1249 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.885→34.235 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12942 0 20 880 13842
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713338
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98418156
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0234777
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661983
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042423
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8854-1.90690.3161600.32412973X-RAY DIFFRACTION54
1.9069-1.92930.33282460.30394749X-RAY DIFFRACTION87
1.9293-1.95280.33542420.28515015X-RAY DIFFRACTION93
1.9528-1.97750.28882740.27185367X-RAY DIFFRACTION98
1.9775-2.00360.30172890.25275368X-RAY DIFFRACTION99
2.0036-2.0310.3022550.24795423X-RAY DIFFRACTION99
2.031-2.060.30633070.245446X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.09080.26172870.23625430X-RAY DIFFRACTION100
2.0908-2.12340.27942720.22845370X-RAY DIFFRACTION100
2.1234-2.15820.25733040.22395381X-RAY DIFFRACTION100
2.1582-2.19540.27632700.21215429X-RAY DIFFRACTION100
2.1954-2.23540.24942710.20855457X-RAY DIFFRACTION100
2.2354-2.27830.25272980.20355416X-RAY DIFFRACTION100
2.2783-2.32480.24572850.20365412X-RAY DIFFRACTION100
2.3248-2.37540.23073020.19755414X-RAY DIFFRACTION100
2.3754-2.43060.25592960.19655421X-RAY DIFFRACTION100
2.4306-2.49140.22772920.19955396X-RAY DIFFRACTION100
2.4914-2.55870.25773170.18945407X-RAY DIFFRACTION100
2.5587-2.6340.20612720.18835494X-RAY DIFFRACTION100
2.634-2.7190.25452990.19875420X-RAY DIFFRACTION100
2.719-2.81610.253060.19745395X-RAY DIFFRACTION100
2.8161-2.92880.22533220.19255464X-RAY DIFFRACTION100
2.9288-3.0620.20962890.19515403X-RAY DIFFRACTION100
3.062-3.22330.22293000.18945444X-RAY DIFFRACTION100
3.2233-3.42510.20242630.17785487X-RAY DIFFRACTION100
3.4251-3.68930.18572840.16835483X-RAY DIFFRACTION100
3.6893-4.060.18332690.15445467X-RAY DIFFRACTION100
4.06-4.64630.1662940.14695486X-RAY DIFFRACTION100
4.6463-5.84910.18122750.15755514X-RAY DIFFRACTION100
5.8491-34.24040.17542940.17095561X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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